纳米孔测序

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纳米孔测序

文章数：10篇

纳米孔测序

国内团队开展大队列纳米孔测序快速鉴定下呼吸道感染病原临床研究

作者提出了一种基于双条码体系结合无偏宏基因组（Meta流程）和靶向扩增（Panel流程）的纳米孔Meta-Panel双流程（NanoMP）。利用人群中常见的DNA病毒（HSV1、EBV和CMV）以及曲霉菌烟曲霉（Aspergillus fumigatus）和RNA病毒（鼻病毒Rhv），用于Panel流程的方法学评估。首次建立起病原水平的方法学性能评价和样本水平的临床性能评价结合的两级性能评价体系，更符合临床宏基因组学在临床应用的真实性能。

纳米孔测序宏基因组学下呼吸道感染机器学习靶向扩增

基因中心宏基因组学

iMeta：南方科技大学团队综述二三代宏基因组分析的策略和工具

本综述旨在为那些对宏基因组分析中的illumina短读（Short Reads, SRs）和Nanopore长读（Long Reads, LRs）测序整合感兴趣或正在努力的研究人员提供一个及时的知识框架。本综述提出的讨论将促进人们对自然、工程和人类菌群的群落功能和组装的生态学理解的改善，使来自多个学科的研究人员受益。

基因中心宏基因组学基因组中心宏基因组学宏基因组学纳米孔测序

污水处理厂

南方科技大学：纳米孔宏基因组揭示污水受纳水体耐药菌/基因特征及耐药基因富集机制

作者利用第三代纳米孔测序技术（Nanopore Technology），对污水厂出水受纳水体中的耐药基因及其细菌宿主携带者的进行快速检测，并且自主开发了一个快速检测耐药基因和细菌宿主的宏基因组学分析工具ARGPore2（https://github.com/sustc-xylab/ARGpore2），实现了对耐药细菌及所携带耐药基因的精准检测。该方法也能应用于复杂的环境样品，能对环境中爆发的病原菌及其耐药基因的进行有效的监测和预防。

污水处理厂宏基因组纳米孔测序抗生素耐药基因传播受纳水体

马郁芳+马骁驰：肠道宏病毒组扩增和测序方法的优化及评价

由于生物量较低，宏病毒组测序中难免需要多次PCR扩增以获取足量的DNA，可能导致病毒基因组的测序覆盖分布不均匀，对基因组组装产生影响。大连医科大学马郁芳和马骁驰团队在Journal of Advanced Research发表了最新研究，建立了一种优化的、可重复的宏病毒组扩增和测序工作流程，并结合二三代混合测序策略，有效提升了宏病毒组的组装性能，为未来在基因组水平研究复杂的肠道病毒群落提供了有效的方法支撑。

宏病毒组噬菌体方法学测序纳米孔测序

纳米孔测序

Nature子刊：纳米孔R10.4测序无需矫正，可获得更高水平的细菌基因组

Oxford Nanopore测序平台具有高通量、信息丰富、平台设备多样化的特点。纳米孔测序无读长限制，能够对包括短读长在内的任何DNA序列片段进行测序。纳米孔测序的准确度一直被大家关注，研究人员也通过不断更新纳米孔设计和改造马达蛋白酶来提高测序准确度。近日，丹麦奥尔堡大学在Nature Methods发表最新研究，他们通过模拟数据测评了R9.4.1和R10.4纳米孔芯片产生的数据，发现R10.4组装精度提升，主要归结于对均聚物处理能力的提高。此外，R10.4可从纯培养物或宏基因组数据中生成更高水平的细菌基因组，而无需短读长序列校正。但是R9.4.1纳米孔芯片的数据产出量大和成本较低，因此，目前选择R9.4.1加Illumina短读长测序校正的性价比更高，值得相关人员进一步关注和测试。

纳米孔测序细菌基因组研究论文基础研究牛津纳米孔测序

用rrn长扩增子技术评估FMT治疗代谢综合征中的肠菌转移

Gut Microbes近期发表的一项研究，采用基于纳米孔的rrn长扩增子测序，分析了粪菌移植（FMT）供体和受体的肠道菌群，发现供体菌群的植入在一定程度上与接受者的代谢健康的改善相关，而基线肠道菌群组成、性别和供体年龄等参数与FMT的疗效相关。

粪菌移植纳米孔测序代谢综合征

iMeta：南方科技大学夏雨组利用纳米孔测序揭示微生物可减轻高海拔冻土温室气体排放

该文章使用牛津纳米孔宏基因组测序和Illumina高通量RNA-seq技术，以青藏高原祁连山地区的3000、3500和4000米三个不同海拔高度的永久冻土活动层为研究对象，比较了融化期（8月采样）和冻结期（11月采样）的3500米冻土活动层的微生物代谢活动变化，以探究祁连山冻土活动层冻融循环中的微生物功能活性，研究发现冻土融化状态的增加促进了异养氮和甲烷代谢，但甲基单胞菌可以作为生物过滤器来减轻冻土融化过程中的甲烷排放。

移码校正全球变暖高海拔冻土宏转录组学纳米孔测序

纳米孔测序

Nature子刊：房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法，助力菌群研究

美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章，从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集，并开发了一种名nanodisco（https://github.com/fanglab/nanodisco）的新方法，利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序，并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。

纳米孔测序 DNA甲基化 PacBio测序宏基因组组装可移动原件

医院微生物组

Nature子刊：深入分析医院环境微生物组，揭示隐藏的致病菌和抗生素耐药性

院内感染是全球医疗系统共同面临的挑战，尽管消毒是控制感染的关键，但我们对医院环境微生物的定殖分布和抗生素耐药性情况，仍缺乏了解。《Nature Medicine》最新发表了来自新加坡基因组研究院Niranjan Nagarajan团队主导的研究，李陈浩博士为并列第一作者。该研究对新加坡一家医院45张床位相关的179个位置进行多时间点的重复采样，通过深度鸟枪法宏基因组测序、富集培养结合二三代测序等方法，首次深入刻画了医院中的微生物组、病原体和抗生素耐药基因及相关可移动元件的时空分布和动态变化，表明一些多重耐药致病菌株可在医院内广泛传播并稳定长期留存，从而伺机造成院内感染。这些发现为未来进一步研究如何预防院内感染提供了宝贵信息。

医院微生物组 disease prevention Microbial genetics 院内感染多重耐药微生物

可移动抗性基因组

Microbiome：港大张彤组纳米孔测序解析污水处理中可移动抗性基因组

为了能够全面了解污水处理体系中抗生素抗性基因以及多抗耐药菌株的动态传播过程，我们需要解析不同抗生素抗性基因的遗传背景、宿主信息并且追踪它们在整个污水处理体系过程中的变化。然而不管是基于传统的耐药菌株分离培养的方法，还是基于二代测序组装、或者epicPCR的方法都不能达到理想的解析效果。随着三代测序技术的发展，长读长的特点为我们解析复杂的遗传元件提供了可能性。该研究充分利用了Nanopore测序长读长以及实时测序的优势，开发了一套基于高通量测序的抗性基因遗传背景解析、宿主鉴定的分析流程。该论文所构建的分析流程不仅使我们对污水处理体系可移动抗性基因组有了全新的认识，同时为进一步解析耐药菌株的产生以及传播机制提供了重要参考。

可移动抗性基因组纳米孔测序接合质粒遗传背景宿主追踪