Faith系统发育多样性

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Faith系统发育多样性

Rob Knight团队：Faith系统发育多样性的高效计算及其在菌群特征分析中的应用

基于系统发育、系统基因组树和稀疏数据分析的算法和资源进步的推动，作者开发了一种新的算法——即 Stacked Faith 的系统发育多样性 (SFPhD)，用于快速计算 Faith's PD。此外，作者旨在证明基于系统发育分析的在宏基因组研究中是值得关注的角度，之前在这些研究中该指标不常使用。基准测试的代码可在 GitHub (https://github.com/biocore/faiths-pd-benchmarking) 上找到。对 FINRISK 宏基因组数据进行基准测试所需的数据和代码也可在 GitHub 上获得。SFPhD 代码可在 unifrac Python 包 (https://github.com/biocore/unifrac) 中找到。

Faith系统发育多样性 SFPhD 计算资源多样性差异算法