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Jiayue Xu
文章数:4篇
宏基因组
王军+宋默识Nature子刊:二代+三代测序,深挖人类肠道菌群
中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作,在Nature Communications发表文章,报道了一种新方法,结合短读长的二代测序(Illumina)和长读长的三代测序(纳米孔)数据进行宏基因组分析,深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件,在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。
宏基因组
三代测序
牛津纳米孔测序
菌株水平
肠道菌群
三代测序技术的宏转录组
王军+周宏伟+解立新:建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS
以牛津纳米孔测序技术(ONT)为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势,能有效提高临床样本中病原的检测,而ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。为此,中科院微生物所王军、南方医科大学珠江医院周宏伟、解放军总医院第八医学中心解立新与研究团队,收集了肺泡灌洗液、脑脊液和血液样本,建立了RNA/cDNA靶向测序(mtNGS(使用二代测序技术的宏转录组)),以减少临床样本中的宿主核苷酸比例,并通过与ONT相结合(mtTGS(使用三代测序技术的宏转录组))以缩短测序时间。
三代测序技术的宏转录组
牛津纳米孔技术
病原检测
宏基因组测序
小檗碱
仝小林、王军等:葛根芩连汤调菌群降血糖,小檗碱是关键成分
葛根芩连汤(GQD)是一种常用于2型糖尿病的中药配方。来自中科院微生物所的王军团队、广安门医院的仝小林院士和赵林华与团队,在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究,发现GQD可通过其关键组分——小檗碱调节肠道菌群的组成,富集丁酸盐产生菌,调控回肠基因表达,并降低全身及胰岛的炎症因子表达,从而降低糖尿病大鼠的血糖。
小檗碱
葛根芩连汤
研究论文
基础研究
动物实验
人类肠道病毒组
微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法
Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日,中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室,中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序,基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列,提供有关病毒多样性的更多信息,且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外,使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰(甲基化)信号进行检测。
人类肠道病毒组
富集
扩增
牛津纳米孔技术
表观基因组学