鸟枪法宏基因组学

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鸟枪法宏基因组学

文章数：8篇

再添新证据，早产或与女性阴道菌群存在关联

早产与孕妇阴道菌群的关联一直是妇产科学界感兴趣的话题。科学家们致力于在阴道菌群中寻找早产可能的机制，或者早产的生物标志物，并希望借此预防和控制早产。本研究利用宏基因组学的测序，在这个话题上再添新证据，证明了早产与阴道菌群的结构和功能上的关联。但是，阴道菌群结构相对比较简单，常规临床上所用的细菌性阴道炎BV的判断方法在一定程度上可以反映菌群的信息，是否需要对阴道菌群进行测序分析，值得进一步探索。

阴道菌群研究论文医学研究病例对照孕妇

肠道真菌组

国内团队：中国六族人群的肠道真菌组

昆明医科大学第一附属医院缪应雷、王昆华和香港中文大学黄秀娟与团队，近期在Gastroenterology发表了一项关于中国人肠道真菌组的重要研究。该研究纳入了香港和云南不同地区的6个民族的900多名健康人，系统性地分析了宿主、环境、饮食等多种因素（共118个变量）与肠道真菌组的关联，揭示了地理、城市化、民族和饮食习惯等在塑造肠道真菌组中的重要影响。

肠道真菌组 Mycobiome geography Ethnicity urbanization

苏晓泉等：菌群大数据挖掘的机遇和挑战（综述）

在过去的十年中，已经产生了大量的微生物组测序数据来研究微生物组成与环境之间的动态关联。如何准确，有效地破译大规模的微生物组数据，并进一步利用，已成为目前微生物组研究的瓶颈之一。在本综述中，青岛大学苏晓泉与团队重点分析了交叉研究微生物组数据集的三个关键步骤，包括微生物组分析，数据整合和数据挖掘。通过介绍当前的生物信息学方法并讨论其局限性，作者展望了开发这三个步骤的计算方法的机会，并提出了多组学数据分析的可能的解决方案，以便从不同的角度全面理解和快速研究微生物组，从而可以通过提供“微生物组数据空间”的更广阔视野，更有效地促进数据驱动的研究。

微生物组鸟枪法宏基因组学扩增子测序数据挖掘微生物组搜索

脑海绵状血管瘤

Nature子刊：肠道特征菌可用于海绵状血管瘤（CA）的诊断和分型

海绵状血管瘤(CA)是常见的血管异常导致脑出血的疾病，16S宏基因分析显示，非CA和CA个体肠道微生物组差异。近期一篇发表在《Nature Communications》的文章通过宏基因组鸟枪测序法详细分析了CA个体以及不同亚型的CA个体的肠道菌群差异和特征菌群变化。研究结果提示微生物组变化联合临床血浆炎症生物标志物的加权组合可以增强对疾病严重情况的评价。

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宏基因组分析工具

青岛能源所苏晓泉：一种对鸟枪宏基因组进行全面分类和系统发育比较的新方法

目前用于计算微生物鸟枪宏基因组之间距离时使用的方法，常会忽略物种之间的进化关系，进而推算出错误的微生物组β多样性模式。中科院青岛能源所的苏晓泉团队开发了一个新工具——动态Meta-Storms，通过整合分析宏基因组组装与系统进化树，提高了运算速度和分类准确性。软件使用GPL许可发布，可以在GitHub(https://github.com/qibebt-bioinfo/dynamic-meta-storms)获取。

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移植物抗宿主病

Science：限制饮食中的乳糖，抑制移植物抗宿主病的肠菌推手

同种异体造血干细胞移植（allo-HCT）是治疗一些血液癌症的有效手段，但有引起移植物抗宿主病（GVHD）的风险。Science发表的一项最新研究，通过临床样本分析和小鼠试验表明，肠球菌过度生长可增加allo-HCT治疗后发生GVHD的风险。这些细菌的生长依赖于乳糖，因此，无乳糖饮食或是减少患者发生GVHD和耐万古霉素肠球菌感染的潜在方法。Science同期配发了解读评论文章（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1053529409），不妨搭配阅读。

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鸟枪法宏基因组学

除了鸟枪法宏基因组测序，我们还能做什么

扩增子测序是使用最广泛但功能有限的入门技术、鸟枪法宏基因组正在逐渐成为本领域的主流方法，但受限技术本身多方面的限制。除了他们还有什么更好的选择吗？本文从三方面对大家将来工作的改进提出展望和指导方向，包括稳定同位素示踪技术(南土所贾仲君组有很多相关文章和提供技术培训)，单细胞分选(中科院北京生科院赵方庆团队在Nature子刊发表过相关方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1087459080）和综述（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1034764561）），和三代测序及宏表观组，纽约西奈山医学院有Nature Biotechnology上有2篇相关技术应用成果的报导（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1052032728）及Nature综述文章供学习。

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高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

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