功能基因注释

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文章数：5篇

深度神经网络

Nature子刊：使用geNomad识别可移动遗传元件

识别和描述测序数据中的可移动遗传元件对于理解它们的多样性、生态学、生物技术应用和对公共卫生的影响至关重要。本研究介绍了一种名为 geNomad 的分类和注释框架，geNomad 是一个从核苷酸序列中识别病毒和质粒基因组的工具，它提供了最先进的分类性能，并可用于快速从基因组、宏基因组或宏转录组中找到可移动遗传元件。geNomad 的处理速度显著快于类似工具，可用于处理大型数据集。geNomad 可在 https://portal.nersc.gov/genomad 获取。

深度神经网络功能基因注释病毒基因组分类条件随机场模型噬菌体

GutSMASH：自动识别肠道菌群中的主要代谢基因簇的网站

人类菌群中厌氧细菌衍生的初级代谢物很重要，但不存在预测负责其产生的基因簇的工具。为此，本文推出了gutSMASH。GutSMASH 可以预测 41 种不同的已知途径，包括涉及生物能量学的初级代谢基因簇 (MGC)。为了使该工具更加用户友好和易于访问，作者开发了gutSMASH网络服务器，网址https://gutsmash.bioinformatics.nl/。用户可以输入 GenBank 程序集登录名或上传 FASTA 或 GenBank 格式的基因组文件。或者，用户可以启用其他分析，以进一步了解预测的MGC。交互式 HTML 输出提供了一种用户友好的方式来浏览功能基因注释和与参考基因簇以及其他基因组中预测的基因簇的序列比较。因此，该网络服务器提供了一个简化且用户友好的界面，以分析肠道菌群的代谢潜力。

肠道菌群代谢基因簇 GutSMASH网络服务器功能基因注释数据库

微生物组功能注释和结果优化工具DRAM

微生物(含病毒)群落改变了地球化学生态系统，但是由于缺乏可扩展的、分解代谢的注释软件，这些生物催化的特定反应难以解读。本文介绍了DRAM（新陈代谢的精炼注释），一个将海量的微生物基因组信息转化为微生物性状集的框架，本文表明，DRAM精确地分配了微生物对地球化学循环的贡献，并在底物水平自动划分肠道微生物碳水化合物代谢。作为DRAM的病毒模式，DRAM-v建立了识别病毒编码的辅助代谢基因(AMGs)的规则，从而对来自土壤和肠道的数千个假定的辅助代谢基因进行了代谢分类。DRAM和DRAM-v一起提供了关键的代谢谱分析功能，这些功能可用于破解微生物组功能。

DRAM 碳水化合物代谢 AMGs 数据库功能基因注释

eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库重大更新

eggNOG是一个公共数据库，包含了直接同源关系、基因进化史和功能注释。本次仅从4.5更新到5.0版，数据量就增加了一倍，共计算了分布在379个分类水平上的4.4百万个直系同源群（OGs），以及它们的相关序列比对、系统发育、HMM模型和功能描述，同时改进了在线使用的易用性。

数据库功能基因注释 eggNOG 宏基因组参考基因集

高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

eggNOG 功能注释同源基因鸟枪法宏基因组学功能基因注释