16s扩增子测序

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16s扩增子测序

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Taxa4Meta可识别临床菌群失调特征

靶向宏基因组测序用于调查疾病特异性微生物标志物，是临床诊断和预后的重要方法，但分析结果准确性受序列偏倚等因素影响。近日，美国贝勒医学院研究人员在Journal of Clinical Investigation发表最新研究，设计并验证了Taxa4Meta系统，用于对不同测序策略获得的16S扩增子数据进行准确分类分析，发现Taxa4Meta可识别临床菌群失调特征并对腹泻进行分类，准确度较好，值得关注。

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简化宏基因组测序实现菌株水平物种分类

作为全鸟枪测序的替代方法，作者研究了使用简化宏基因组测序（RMS）方法来评估菌群组成的方法。这涉及使用双重消化的限制性相关DNA测序，这意味着仅对较小部分的基因组进行了测序。通过这种方法获得的读长集具有与扩增子和鸟枪法数据不同的特性，作者在 https://github.com/larssnip/microRMS 上以R包的形式提供了一个数据分析流程。作者发现，在菌株水平上解析菌群时，RMS是宏条形码或鸟枪测序的良好替代方案。像鸟枪宏基因组学一样，它需要一个良好的基因组参考数据库，非常适合研究人类肠道或存在许多参考基因组的其他菌群。

菌群组成读长 16s扩增子测序简化的宏基因组测序婴儿肠道

16s扩增子测序

苏晓泉：菌群16S扩增子测序的功能校正算法Meta-Apo

5月29日上午的新技术大会上，青岛大学苏晓泉教授报告了菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo。利用Meta-Apo可以让低成本的16S扩增子测序产生与WGS相近的、可靠的、高分辨率的菌群功能图谱。Meta-Apo能够综合16S扩增子测序的较低成本和WGS的较高精确度两方面的优势，使大规模的菌群研究受益匪浅。对于之前和新兴菌群项目，借助Meta-Apo等新工具，16S扩增子的测序和分析策略将继续为菌群的功能研究做出贡献。作者在GitHub上提供了Meta-Apo优化的C ++实现（https://github.com/qibebt-bioinfo/ meta-apo）。

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