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宏基因组数据

对于宏基因组测序，数据测得越多越好？

在鸟枪法宏基因组测序 (SM) 中，处理大量数据需要密集的计算和磁盘存储空间，有研究报道浅层测序是解析SM数据分析有前途的途径，但缺乏使用真实数据的详细基准。近日，研究人员在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，纳入1个测序量大的数据集（12232Gbp，912个中国人肠道样本）、和3个测序量较小的数据集包含南极极端自然环境SM数据集（523.16Gbp，18个样品）、农业土壤样本（202.09Gbp，72个样品）和一个含20个细菌基因组的模拟群落，使用迭代子采样策略对其进行处理，以确定在这些数据集中抽取更小子集是否可得出合理的生物学结论。对质控序列进行子采样，得到0.1M（相当于0.03G）、0.5M（0.14G）、1M（0. 27G）、4M（1.07G）、8M（2.14G）和12M（3.21G）个测序簇（每个测序簇代表两个150 bp的reads）。发现浅层SM测序是获得可靠微生物群落结构的可行途径，与低测序深度数据集相比，高测序深度数据集可发现罕见的分类群和功能，但不会影响整个生态结构。但对于组装MAGs，超深度测序和最大限度利用数据是有益的。

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