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Matthew R Olm
文章数:3篇
人类肠道微生物组
Cell:超深度测序揭示出原始部落中惊人的肠道微生物多样性
目前的人类微生物组研究中,大部分数据都来自工业化人群,而对非工业化人群的微生物组所知有限。Cell最新发表了来自斯坦福大学Sonnenburg团队的研究,对351份坦桑尼亚哈扎人(Hadza)的粪便样本进行了难得的超深度测序,获得了迄今最大规模的狩猎采集者肠道微生物组测序数据,极大扩充了对人类肠道微生物组多样性的认知。通过对这些数据进行深入分析,该研究探究了哈扎人的肠道微生物组特征、微生物复制率和人际间的菌株共享规律等方面,并与其他生活方式人群进行了对比,鉴定出与生活方式(工业化vs非工业化)有关的肠道物种及其功能特征和差异。该研究显示了超深度测序在研究人类微生物组方面的潜力,再次强调了伴随工业化进程而大量消失的肠道微生物多样性(哈扎人的平均肠道物种数为730,而加州人只有277),且工业化和非工业化人群中独有的肠道微生物类群在功能上并不冗余,可能反映了微生物对不同生活方式下的肠道环境的适应。该研究的所有数据和分析结果都免费公开,为人类肠道微生物组研究提供了宝贵资源,也为理解共生肠菌的生态学和演化提供了新信息。
人类肠道微生物组
宏基因组
工业化
狩猎采集者
超深度宏基因组测序
婴儿菌群
Science:人类婴幼儿期的肠道菌群多样性
关于人类生命早期的肠道菌群建立和演变的规律,目前的研究主要集中在工业化地区的人群中,而对非工业化人群的婴幼儿肠道菌群还少有研究涉足。Science最新发表了来自斯坦福大学Justin Sonnenburg团队的研究,对全球不同生活方式的婴儿肠道菌群大数据进行了荟萃分析,并纳入了非洲哈扎部落婴儿的新样本,揭示出生活方式对生命早期菌群组成和功能的巨大影响。该研究特别关注了3个问题:不同生活方式的婴儿的肠道菌群组成和功能在何时开始“分道扬镳”,不同生活方式如何影响婴儿的特征微生物和功能,以及源自母亲的垂直传递在生活方式相关的婴儿菌群差异中所起的作用。该研究揭示了人类婴幼儿期的肠道菌群多样性,强调了研究工业化地区以外人群的重要性,也再次提出生命早期菌群多样性的丧失对工业化人群的长期健康有何影响这个问题。有兴趣的读者可以看看Martin Blaser教授的书《消失的微生物》和他的肠·道演讲,也许会有些答案。
婴儿菌群
肠道菌群多样性
生活方式
多组学揭示近平滑念珠菌对新生儿菌群的遗传和行为适应
近平滑念珠菌病是侵袭性念珠菌病的常见原因之一,尤其是在新生儿中,且其感染率逐年增加。目前对近平滑念珠菌的研究主要集中在其纯培养物中进行,目前尚不清楚其在菌群环境中的功能。发表在Microbiome上的这篇文章,利用鸟枪法宏基因组学、宏转录组学和宏蛋白质组学研究近平滑念珠菌在新生儿肠道和医院环境中的行为和进化,发现近平滑念珠菌在肠道与实验室环境中的功能的具有显著差异,造成医院菌株持续存在并转移到新生儿菌群,从而引发近平滑念珠菌感染。