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Yancong Zhang
文章数:3篇
菌群产物
Nature:用新方法系统性挖掘IBD相关的菌群蛋白
菌群中具有生物活性的微生物产物,在微生物之间以及微生物-宿主间的相互作用中发挥关键介导作用,但目前人们对于这些菌群产物的了解仍然有限。Nature最新发表了来自哈佛大学公共卫生学院的一项研究,开发了一套用于鉴定微生物组中的新型生物活性基因产物的计算系统 MetaWIBELE,并用其分析了炎症性肠病(IBD)队列宏基因组数据,鉴定出大量未被表征的有潜在生物活性的IBD相关微生物蛋白家族,对研究菌群相关的IBD疾病机理和相关疗法具有重要意义。
菌群产物
菌群研究工具
炎症性肠病
肠道菌群
宏基因组学
免疫耐受
Cell子刊:细菌胆汁酸代谢物的抗炎新机制
Cell Host and Microbe近期发表的文章,发现拟杆菌属细菌可将次级胆汁酸3-oxoLCA转化为isoalloLCA,isoalloLCA通过核激素受体NR4A1增强Treg细胞的分化,提示共生菌参与免疫耐受稳态的形成。
免疫耐受
胆汁酸
Treg
Nr4a1
肠道菌群
Microbiome:PMA-seq或不能准确定量微生物群落活性
这是发表在Microbiome上的一份工作,作者对目前广泛应用于测序前清除胞外DNA的单叠氮化丙锭(PMA)技术进行了评价,将其应用于人工合成微生物群落和环境微生物群落。结果表示PMA-seq能够定量重建简单的人工合成群落,但在复杂环境群落中总出现失真,该结果受初始生物量、样品类型和组成多样性等影响,同时PMA处理前后,有部分微生物会出现相应即发生显著变化,当微生物来自不同的生态系统时,PMA的响应性差异很大,不同的研究中在相似的环境中是可复制的。这份工作系统评估了PMA-seq的重建能力,建议PMA-seq仅用于简单合成群落半定量或复杂群落的定性研究。