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绝对定量
文章数:4篇
定量PCR
相对丰度会歪曲实际丰度,联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗?
微生物组研究主要使用16S rRNA基因扩增子测序来评估细菌类群的相对丰度。但是16S rRNA基因扩增子测序不能准确反映物种的绝对丰度。本研究试图确定通过细菌16S通用引物qPCR获得总细菌载量和16S rRNA基因扩增子测序获得的物种相对丰度的两者乘积是否可以准确地代替特异性qPCR所检测的单个物种的绝对丰度。总体而言,基于两种技术联合推断的特定物种的绝对丰度在某种程度上是物种特异性qPCR检测结果的合理替代,尤其是当细菌以较高的相对丰度存在时。这种方法提供了一个机会来评估细菌物种的绝对丰度,而无需为每个特定物种开发单独的qPCR分析方法。
定量PCR
阴道微生物组
绝对定量
绝对丰度
相对丰度
根际
Science Bulletin:上海植生所王二涛组发表基于绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型
2020年3月7日,Science Bulletin在线发表中科院分子植物科学卓越创新中心/植物生理与生态研究所王二涛课题组及其合作团队完成的题为 “An amplification-selection model for quantified rhizosphere microbiota assembly” 的研究论文,该研究基于微生物绝对丰度提出了植物根际微生物群落 “扩增-选择” 组装的新模型,其将指导我们定量追踪植物不同生长周期下其根际微生物的绝对丰度的变化,将根际微生物与植物定量性状关联起来,更好利用根际微生物提升农业的可持续发展。
根际
定量微生物群落
根微生物群落装配
绝对定量
组装模型
植物微生物组
中科院遗传发育所开发定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术
健康的植物根系定植着复杂多样的微生物组,对于植物的营养吸收、胁迫适应以及疾病抵抗具有重要的作用。当前,植物根系微生物组的检测主要是基于扩增子高通量测序产生的相对丰度,却无法评估微生物相对于宿主的总量(the total microbial load)。而在微生物总量未知的前提下,经典的相对丰度分析有时会产生“欺骗性”的结果,这也是目前微生物组研究的局限。2019年9月17日,Plant Communications 在线发表了中科院遗传与发育生物学研究所白洋组和傅向东组合作完成的论文,报道了一种定量检测宿主微生物组的新技术。此外,之前Nature也报导过一种结合流式细胞术的微生物组绝对定量方法(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1062816672)。
植物微生物组
绝对定量
内参
扩增子测序
新方法
早产
饶驰通:早产儿生命早期肠道菌群建立的生态驱动机制
母婴健康与微生态大会上,来自哈佛医学院波士顿儿童医院的饶驰通博士后发表题为《早产儿生命早期肠道菌群建立的生态驱动机制》的报告,介绍了一种可靠而便捷的测定跨界微生物绝对丰度的实验方法,其有望在未来肠道菌群研究中推广和使用。
早产
肠道菌群
绝对定量