扩增子测序

搜索
登录

扩增子测序

文章数：13篇

多部位微生物群改变是肾结石形成的标志?

对肾结石病 (KSD) 中微生物群参与的调查主要集中在肠道细菌潜在的草酸盐处理能力以及与抗生素暴露的相关性增强。近日，西安大略大学研究人员在Microbiome发表最新研究，通过比较83名结石患者和30名健康对照的口腔、尿液和粪便微生物群，发现患者存在多部位微生物群失调现象，其变化可能由有害环境因素导致，值得关注。

肾结石菌群失调研究论文基础研究宏基因组测序

嗜酸性粒细胞性哮喘患者肠道菌群组成有何特征？

越来越多的证据表明，肠道菌群与哮喘有关，然而，成人哮喘患者肠道菌群的改变尚未得到很好的证实。近日，韩国釜山大学研究人员在Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology发表最新研究，纳入28名嗜酸性粒细胞性哮喘患者（EA）、18名健康对照及13名慢性咳嗽患者，采集粪便测序，调查有症状性嗜酸性粒细胞炎症的成年哮喘患者的肠道菌群有何特征，发现这类患者的肠道菌群发生改变，多种物种与血液嗜酸性粒细胞增多和肺功能下降有关，总之，该研究进一步强调了肠肺轴在哮喘相关疾病中的重要性，也为未来制定合理策略提供了新思路，值得关注。

哮喘肠道菌群研究论文基础研究 2型炎症

王佳堃等：母体瘤胃菌群或会影响幼刍菌群及生长发育？

多样研究发现，母婴间存在较强的菌群传递，“菌脉相连”极大促进了幼儿的免疫和生长发育。但关于反刍动物母婴间菌群传递的研究仍然有限。近日，浙江大学王佳堃、俄亥俄州立大学 Zhongtang Yu及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，通过采集母胡羊及幼刍的瘤胃样品测序，发现胡羊瘤胃菌群中约有4%可遗传，具有系统发育多样性，代表多种细菌类群，且与幼刍的生长发育和瘤胃发酵特性有关，值得关注。

瘤胃菌群生长发育研究论文基础研究母婴传递

用于扩增子测序数据分析的超快、高精度工具LotuS2

扩增子测序是分析微生物群落的最常用技术之一，许多处理这些数据的可用工具需要较高的生物信息学技能和计算能力。近日，英国Quadram生物科学研究所在Microbiome发表最新研究，开发了LotuS2（https://github.com/hildebra/lotus2）扩增子测序分析工具，其程序设计轻巧、易于使用、速度快、且不影响重建微生物群落的质量（支持16S、18S和ITS扩增），支持DADA2、uparse、unoise3、cd-hit和vsearch等不同的序列聚类算法。在真实和模拟数据中，LotuS2性能优越，处理速度更快。此外，其输出数据还可直接导入R或作为文本文件导入其他程序。总之，该工具的开发促进了科研人员便捷的挖掘相关数据，值得关注和测试。

LotuS2 生信分析工具研究论文基础研究扩增子测序

共生功能体

阻断扩增子测序中宿主和非靶点的简易方法

本文介绍了“阻断寡核苷酸”，这是一种低成本、灵活的方法，使用标准寡核苷酸来阻断不同非靶标的扩增，并使用软件来辅助其设计。通过使扩增子测序更具针对性，这种方法有可能使各种研究系统中的问题更加容易处理，从而导致对微生物发现的更深入的、基于系统的见解。为了在其他研究系统中快速简便地设计出用于阻断任何非靶标DNA的寡核苷酸的方法，本研究还开发了一个公开可用的R软件包以供使用。

共生功能体菌群扩增子测序菌群多样性非目标扩增

苏晓泉等：菌群大数据挖掘的机遇和挑战（综述）

在过去的十年中，已经产生了大量的微生物组测序数据来研究微生物组成与环境之间的动态关联。如何准确，有效地破译大规模的微生物组数据，并进一步利用，已成为目前微生物组研究的瓶颈之一。在本综述中，青岛大学苏晓泉与团队重点分析了交叉研究微生物组数据集的三个关键步骤，包括微生物组分析，数据整合和数据挖掘。通过介绍当前的生物信息学方法并讨论其局限性，作者展望了开发这三个步骤的计算方法的机会，并提出了多组学数据分析的可能的解决方案，以便从不同的角度全面理解和快速研究微生物组，从而可以通过提供“微生物组数据空间”的更广阔视野，更有效地促进数据驱动的研究。

微生物组鸟枪法宏基因组学扩增子测序数据挖掘微生物组搜索

相对丰度会歪曲实际丰度，联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗？

微生物组研究主要使用16S rRNA基因扩增子测序来评估细菌类群的相对丰度。但是16S rRNA基因扩增子测序不能准确反映物种的绝对丰度。本研究试图确定通过细菌16S通用引物qPCR获得总细菌载量和16S rRNA基因扩增子测序获得的物种相对丰度的两者乘积是否可以准确地代替特异性qPCR所检测的单个物种的绝对丰度。总体而言，基于两种技术联合推断的特定物种的绝对丰度在某种程度上是物种特异性qPCR检测结果的合理替代，尤其是当细菌以较高的相对丰度存在时。这种方法提供了一个机会来评估细菌物种的绝对丰度，而无需为每个特定物种开发单独的qPCR分析方法。

定量PCR 阴道微生物组绝对定量绝对丰度相对丰度

植物微生物组

中科院遗传发育所开发定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术

健康的植物根系定植着复杂多样的微生物组，对于植物的营养吸收、胁迫适应以及疾病抵抗具有重要的作用。当前，植物根系微生物组的检测主要是基于扩增子高通量测序产生的相对丰度，却无法评估微生物相对于宿主的总量（the total microbial load）。而在微生物总量未知的前提下，经典的相对丰度分析有时会产生“欺骗性”的结果，这也是目前微生物组研究的局限。2019年9月17日，Plant Communications 在线发表了中科院遗传与发育生物学研究所白洋组和傅向东组合作完成的论文，报道了一种定量检测宿主微生物组的新技术。此外，之前Nature也报导过一种结合流式细胞术的微生物组绝对定量方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1062816672）。

植物微生物组绝对定量内参扩增子测序新方法

扩增子测序

“扩增子”VS“宏基因组”——到底谁可以描绘宿主和微生物共生体进化蓝图

高通量测序使微生物组的研究走上了快车道，与宿主相关的微生物往往更受研究者青睐。不仅仅作为人类的第二基因组，微生物其实与大量的动植物都有互作关系。这一宿主微生物共生体对于生态系统的稳定、发展和进化尤其重要。在微生物协同宿主进化研究中，基于扩增子和宏基因组都可以对微生物群落结构进行表征。为了比较它们表征微生物群落和功能的异同，同时为广大研究者提供方法上的优化和参考，基于两种不同方法，作者使用不同环境的宿主相关微生物进行了深入的讨论。并且在宿主和微生物互作方面提出了自己独特的见解。相信在今后可以为我们研究宿主微生物进化之路提供有力的技术参考和重要的认识。

扩增子测序宏基因组分析方法系统综述 Animal microbiome

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：测序识别人类菌群

测序技术的发展有助于人类探索和自身相关的微生态结构和功能。本文回顾了检测人体相关菌群的测序方法，介绍了从一代Sanger测序到三代长度长测序在研究菌群特征中的优缺点，以及近期在人类菌群参考基因组构建、新基因组组装上获得的进展。

Milestones in human microbiota research Sanger测序扩增子测序鸟枪法测序参考基因组

苯并恶唑嗪酮类化合物

苯并恶唑嗪酮类化合物对玉米根际菌群的代谢调控

作者采用了一种全球性的方法来研究苯并恶唑嗪酮类化合物(Benzoxazinoids, BXs)对玉米根部代谢组以及相关细菌和真菌群落的调控活性。通过研究BX生物合成途径中独立突变对根部代谢和菌群的影响，作者对塑造玉米根际菌群的因素有了新的认识。作者的研究越来越支持这样的观念，即BX在地下植物与生物的相互作用中代表着重要的信号分子。此外，本文概述的实验策略代表了一种新颖的方法，可以产生新的假设和工具来研究根际菌群对植物生长的影响。

苯并恶唑嗪酮类化合物根际菌群代谢产物扩增子测序类黄酮

生物信息学工具

R软件包 decontam 可用于去除污染序列

基于污染序列特征，在结果分析时去除污染序列的生物信息学工具 decontam 应该不仅仅会提高分析结果的准确性，或许还能发现那些实验本身存在问题的数据集。

生物信息学工具 16S rRNA gene DNA contamination Marker-gene metagenomics

限制性内切酶助力寄生虫18S rRNA基因测序分析

在利用rRNA基因测序分析宿主体内的寄生虫时，寄生虫与宿主的18S rRNA基因的高度保守限制了该方法的应用。Microbiome上发表的一项最新研究，发现在进行PCR对18S rRNA进行扩增之前，利用限制性内切酶特异性消化宿主序列，可得到更好的测序结果。

寄生虫 Amplicon sequencing Blood microbiota Molecular parasitology Parasite biodiversity