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genome-wide association studies
文章数:5篇
UC
北京朝阳医院:中国溃疡性结肠炎患者特有的细胞亚群
溃疡性结肠炎(UC)是一种慢性炎症性疾病。该病主要在欧美等国家流行,然而近年来,随着生活水平的提高以及临床检测能力的提升,我国的UC呈逐年递增。目前无论是基于全基因组测序关联分析(GWAS)还是转录组分析,或是单细胞测序分析等对于UC的大数据研究基本都是基于欧美的人群,真多我国人群的相关研究仍然欠缺。近期首都医科大学附属北京朝阳医院刘心娟团队针对5名中国UC患者,进行了单细胞测序的研究,填补了这一空白。他们研究发现,尽管中国UC患者的单细胞亚群和相关UC特征基因的表达的基本趋势与欧美研究结果一致,但是在中国UC患者中发现了两个新的与UC相关的细胞亚群。此外,研究还发现差异基因表达在UC和正常人相比与UC患者正常组织和病变组织相比存在细胞类群的不同。前者的差异主要在免疫细胞中,而后者的差异更多的出现在上皮和基质细胞中。
UC
浆细胞
溃疡性结肠炎(UC)
单细胞测序
研究论文
遗传-菌群互作
Nature子刊:近9000人的微生物组GWAS,发现血型影响肠菌
Nature Genetics最新发表的另一项微生物组全基因组关联研究,纳入了德国近9000人数据,鉴定出38个遗传-肠菌关联,包括ABO血型对特定肠道细菌的影响,并通过孟德尔随机化分析挖掘了潜在的肠道菌群与疾病间的因果效应。
遗传-菌群互作
Genetic association study
Genetics
genome-wide association studies
INFLAMMATORY BOWEL DISEASE
遗传-菌群互作
Nature子刊:1.8万人数据揭示遗传因素如何影响人肠道菌群
肠道菌群的组成受到饮食、药物等诸多因素的影响,宿主遗传因素也在一定程度上影响菌群特征,但相关研究还比较缺乏。Nature Genetics最新发表了由荷兰格罗宁根大学医学中心团队领导的MiBioGen国际联盟研究,中科院微生物所王军研究员是该论文的共同第一作者,格罗宁根大学傅静远教授为共同作者。该研究纳入了欧美、中东、东亚多个国家和种族的24个队列、超过1.8万人的基因组和肠道菌群数据,揭示了肠道菌群在不同人群间的异质性,鉴定出若干可遗传的细菌类群以及31个影响菌群组成特征的基因位点(例如:乳糖酶基因可影响双歧杆菌、岩藻糖转移酶基因可影响特定瘤胃球菌),并通过基因集富集分析、全表型组关联研究和孟德尔随机化方法等,探索了遗传-微生物关联对宿主健康相关特征的潜在影响,包括特定肠道细菌与人类疾病间的因果效应等。该研究是迄今规模最大的人类遗传与肠道菌群的关联性研究,推荐专业人士参考和研读。
遗传-菌群互作
genome-wide association studies
Microbiology
微生物组全基因组关联分析
人肠道菌群
溃疡性结肠炎
Cell:溃疡性结肠炎中哪些细胞和基因出了问题?
上周Cell发表的又一篇单细胞RNA测序研究,对18名溃疡性结肠炎(UC)和12名健康人的结肠粘膜样本进行单细胞RNA测序,揭示出基因表达模式和细胞类群的变化在UC发生和药物应答中的作用,以及风险基因与特定细胞类型和功能通路的关系。
溃疡性结肠炎
INFLAMMATORY BOWEL DISEASE
ULCERATIVE COLITIS
Inflammation
anti-TNF resistance
CAD risk factors
Cell子刊:利用小鼠模型研究心血管疾病,靠谱么?(综述)
一篇综述,跟菌群无关,但关注小鼠模型,必须值得读读。
CAD risk factors
common and complex disease
Diabetes
engineered mouse models
genome-wide association studies