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文章数：7篇

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Nature子刊：向公共数据库提交未培养的病毒基因组序列用于分类的指南

Nature Biotechnology近期发表的文章，提出了向公共数据库提交未培养的病毒基因组序列用于分类的指南。

病毒基因组指南

病毒基因组

一种快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具vRhyme

通过分箱技术从宏基因组数据中恢复细菌、古菌甚至真核生物至关重要，但针对病毒基因组的组装恢复工具相对较少。近日，研究者在Nucleic Acids Research发表最新研究，他们开发一个快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具—vRhyme（https://github.com/AnantharamanLab/vRhyme）。vRhyme它是一种多功能工具，利用覆盖度方差比较和序列特征的监督机器学习分类来构建vMAGs，值得相关生信人员进一步尝试和比较。

病毒基因组 vRhyme 研究论文基础研究机器学习

IMG/VR数据库

IMG/VR v3：一个用于查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架

本研究中，作者提出了IMG/VR的第三个版本，其由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组(UViGs)组成，与之前的版本相比，序列总数几乎增加了两倍。新的IMG/VR界面使用户能够根据基因组特征和/或序列相似度有效地浏览、搜索和选择UViG。IMG/VR v3可在 https://img.jgi.doe.gov/vr 登入，基础数据可在 https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG_VR 下载，完整的 IMG/VR 数据库可在 https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=IMG_VR 上下载。

IMG/VR数据库病毒基因组基因组质量评估功能注释宿主预测

Nature子刊：CheckV评估宏基因组组装病毒基因组的质量和完整性

本文介绍了CheckV（一种用于评估单重叠群病毒基因组质量的自动化流程），以及从环境数据源中系统地识别出的完整病毒基因组的扩展数据库。作者预计，CheckV将在未来的病毒宏基因组学研究和MIUViG清单所需的质量统计报告中广泛使用，也期望CheckV的完整病毒基因组数据库将成为一个有用的群落资源，其中包含对来自不同环境的大量未开发新型病毒的见解。

CheckV 病毒基因组宏基因组装配数据库重叠群

三代测序该用在何处？（综述）

长读长测序有助于解读复杂DNA序列、全长RNA分子和基因组重头组装，近年来越来越流行于科研与临床检测。《Trends in Microbiology》近期发表综述，总结了长读长测序的优势与缺陷，强调了其在研究病毒基因组中的重要价值，值得参考。

三代测序综述病毒基因组 RNA测序三代测序

病毒基因组

Nature子刊：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）

扩增子的最小信息标准发表在2011年的Nature子刊上（NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)），在最小信息标准发表后的2012年，扩增子测序逐渐开始蔓延，2015-2016年火热，在最近两年才慢慢平稳。时隔7年的2018年，同样在NBT上发表了病毒测序的最小信息标准。病毒研究确实是一个新领域，并且能看到这两年逐渐升温，新型冠状病毒的出现可能会加速病毒领域的研究，这将进一步加速病毒测序技术方法和生物信息学分析的成熟，相信大爆发时间不会太晚，也许在本年末，还是明年？反正是发展迅速并且很有前途的方向。我们是否也要当弄潮儿呢?

病毒基因组标准序列重叠群数据库

全基因组测序

Nature Reviews：对病毒的全基因组测序至关重要

我们对病毒的了解仍然很有限，对病毒的全基因组测序至关重要，这篇文章，值得一读。

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