Tommi Vatanen

婴儿肠道菌群母婴菌群传递水平基因转移肠道代谢组

肠道菌群在生命早期的健康和发育中有重要作用。Cell最新发表的一项研究，对222名孟加拉国婴幼儿出生后前两年中的粪便微生物组和代谢组进行了纵向分析，结合菌株分离培养，鉴定出3个长双歧杆菌分支，其中过渡长双歧杆菌分支在这些婴幼儿断奶期间演替为优势分支，与其既能利用母乳寡糖又能利用植物多糖的能力有关，该分支可能在断奶阶段的肠道生态系统转变和宿主发育中具有关键作用。

婴儿肠道菌群长双歧杆菌肠道代谢组断奶婴儿肠道菌群发育

阴道菌群

剖宫产婴儿是否需要接种母亲阴道菌群？存争议！

既往研究认为，母亲阴道菌群在新生儿的生长发育，尤其是在肠道菌群定植方面具有重要的作用。然而，这种研究结论仅仅局限在观察性研究的关联上。本研究通过随机对照试验设计，将阴道菌群通过口服的方式播种给剖宫产的婴儿，结果具有更强的说服力。但有趣的是，干预组婴儿的肠道菌群并没有发生显著的变化，这不禁给之前研究认为的阴道菌群具有不可或缺的重要作用打上一个问号。

阴道菌群研究论文婴儿肠道菌群剖宫产

粪菌移植

JAMA子刊：FMT未能改善青少年肥胖，但能缓解代谢综合征

JAMA Network Open上发表的一项RCT研究结果，对87名肥胖青少年（14-18岁）进行单次粪菌移植干预（口服粪菌胶囊），粪菌移植无法显著降低BMI，且未能改善胰岛素抵抗、肝功能、炎症、血压、体脂、生活质量等指标，但能够更好地改善代谢综合征。

粪菌移植研究论文随机双盲对照实验（RCT）肥胖青少年肥胖【无任何改善】

粪菌移植

菌株定殖影响粪菌移植对克罗恩病的疗效

越来越多的证据表明粪菌移植或是一种治疗克罗恩病（CD）的有效手段。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，对8名接受粪菌移植治疗的CD患者在移植前后的粪便菌群进行分析后发现，特定菌株的定殖或丢失与患者的复发相关，其中部分放线菌门菌株的定殖与更好的结局相关，而拟杆菌门菌株的定殖则与较差的结局相关。

粪菌移植 Crohn’s Disease (CD) Fecal microbiota transplantation (FMT) relapse metagenomes

纵向组学分析

Nature子刊：使用LonGP分析医学纵向组学数据

医学纵向组学数据分析常出现无法恰当选择斜变量结构，无法处理无规律取样时间点和数据缺失，无法考虑随时间变化的斜变量和无法选择合适的非线性模型等困难。LonGP专为这种纵向数据分析设计，可解决以上常见的问题，软件工具储存在 https://github.com/chengl7/LonGP

纵向组学分析高斯过程模型 Xianghui Liang Zhipeng Zhang Yongyi Shen

粪菌移植

粪菌移植中的超级供体现象（综述）

《Frontiers in cellular and infection microbiology》近期发表的一篇综述，探讨了粪菌移植（FMT）中的超级供体现象，以及可能影响/预测超级供体的多种因素，对于改善FMT治疗效果等有参考意义。

粪菌移植超级供体 Zachary Fitzpatrick Dorian B McGavern Menna R Clatworthy

肠道菌群建立

Nature子刊：人类幼年的肠道菌群基因组和功能具有高度多样性

肠道菌群的早期建立对研究菌群结构和功能具有重要意义。本研究利用DIABIMMUNE研究中从芬兰、爱沙尼亚和俄罗斯收集到的儿童菌群数据数据，研究了微生物基因组多样性对肠道微生物组发育的影响，重点阐释了拟杆菌属、双歧杆菌属的多样性和差异性，在菌株水平拓展了对菌群早起建立的认识，值得参考。

肠道菌群建立儿童肠道菌群拟杆菌双歧杆菌

炎症性肠病

Nature子刊：IBD的肠道宏基因组与代谢组

炎症性肠病克罗恩病溃疡性结肠炎队列研究肠道微生物组

Nature：早发1型糖尿病的早期菌群特征

1型糖尿病（T1D）是一种自身免疫疾病，与遗传和环境因素有关。TEDDY研究是一项美国和欧洲的多中心纵向队列研究，分析有T1D遗传风险的婴幼儿的肠道菌群等潜在T1D风险因素。Nature刚刚上线两项基于该队列的研究，本研究主要分析了与T1D相关的肠道菌群功能和组成特征，表明短链脂肪酸对T1D有潜在预防作用。该研究也分析了婴幼儿期肠道菌群发育的规律，不妨与另一项研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1083526450）搭配阅读。

1型糖尿病

Nature：早发1型糖尿病的早期菌群特征

1型糖尿病（T1D）是一种自身免疫疾病，与遗传和环境因素有关。TEDDY研究是一项美国和欧洲的多中心纵向队列研究，分析有T1D遗传风险的婴幼儿的肠道菌群等潜在T1D风险因素。Nature刚刚上线两项基于该队列的研究，本研究主要分析了与T1D相关的肠道菌群功能和组成特征，表明短链脂肪酸对T1D有潜在预防作用。该研究也分析了婴幼儿期肠道菌群发育的规律，不妨与另一项研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1083526450）搭配阅读。

1型糖尿病 TEDDY研究婴儿肠道菌群母乳喂养 Chikako Shimokawa

婴儿肠道菌群

Nature：婴幼儿肠道菌群发育的3个阶段

Nature刚刚上线的第二篇基于TEDDY研究的论文，由美国贝勒医学院主导，用16S和宏基因组学法分析903名婴幼儿从3月龄至接近4岁期间的1.2万份粪便样本，主要总结了幼年期人体肠道菌群的发育特征，也分析了1型糖尿病相关的菌群因素，可与另一项研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1056909634）搭配阅读。相关发现对于理解婴幼儿肠道菌群建立和发育规律、喂养方式对肠道菌群的影响，以及以此为基础的菌群相关疾病研究，都有重要参考价值，不过这些规律背后的生理意义和对健康的影响，仍需后续研究阐释。

婴儿肠道菌群母乳喂养肠道菌群发育分娩方式环境因素

多组学研究

GB：一文读懂菌群多组学分析（必读综述）

这是Genome Biology[IF：11.908]发表的关于如何通过整合多组学数据对菌群进行研究分析的必读综述，这是很有指导意义的方法学干货集合，值得专业人士细读精读。

多组学研究分子流行病学定量分析 Lee-Ching Lew Heping Zhang

氧化应激

GM：IBD患者肠道里富集的活泼瘤胃球菌

这是Genome Medicine[IF：7.071]发表的针对IBD患者肠道菌群的分析，明确活泼瘤胃球菌的富集，值得专业人士关注。

氧化应激炎症性肠病活泼瘤胃球菌 Alexander Khoruts Michael J Sadowsky

微流控

NC：DNA量降百倍，通量大幅提升的样品制备方法

重要的方法学突破文献，必须读一读。

微流控测序样本制备 Ohad Lewin-Epstein Ranit Aharonov Lilach Hadany

婴儿肠道菌群

STM：抗生素，到底对婴儿肠道菌群有何影响？

39个孩子，3年持续不断的收集样本并分析肠道菌群，发现了什么规律？有什么巨大参考意义？请看文献。

婴儿肠道菌群抗生素抗性基因拟杆菌剖腹产

免疫原性

Cell：不得自身免疫病，靠儿时细菌的免疫训练？

最新Cell，再次证明肠道菌群在正常免疫系统发育过程中的重要作用。

LPS 免疫原性自身免疫 Maartje van der Heijden Louis Vermeulen

无谷蛋白饮食

短期无谷蛋白饮食对人肠道菌群的影响

① 21名健康志愿者食用无谷蛋白饮食（GFD）4周后，对比基线时、食用GFD期间及恢复正常饮食后的粪便菌群的变化；② 短期GFD干预个体肠道菌群变化保持稳定，有些类群出现差异，特别是梭状芽胞杆菌纲显著减少，但未引起常量营养素吸收种类的显著改变；③ 显著变化的细菌类群与淀粉代谢相关；④ 功能预测分析发现21个代谢通路的活性与饮食改变相关，如色氨酸代谢、丁酸盐代谢和脂肪酸代谢等；⑤ GFD影响肠道微生物组成，改变微生物代谢途径的活性。

无谷蛋白饮食肠道菌群 Molly Gibson Gautam Dantas

一型糖尿病

Cell子刊：易感一型糖尿病婴儿的肠道菌群动态变化

① 对33个具有I型糖尿病（T1D）遗传倾向的婴儿进行肠道微生物组分析；② 尽管特征物种的菌株组成在个体间是高度可变的，但在整个婴儿期内，高丰度的菌株组成在个体内是稳定的；③ 婴儿期肠道微生物的代谢组成和代谢途径的丰度相对稳定；④ 血清转化后，T1D发病前的这段时间，婴儿的肠道菌群α多样性显著下降，炎症相关的有机物、基因功能以及血清和粪便代谢物增加。

一型糖尿病婴儿肠道微生物 Anja Pomowski Isabel Uson Zuzanna Nowakowska