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Xiaowei Zhan
文章数:4篇
预测模型
MB-SupCon—基于微生物群的监督对比学习预测模型
有效整合微生物组和代谢组数据有利于更准确地预测不同的疾病,然而,大多数数据集只测量微生物组数据,而没有配对的代谢组数据。近日,美国南卫理公会大学研究人员在Journal of Molecular Biology发表最新研究,设计一种新的、基于微生物组的监督对比学习框架(MB-SupCon),用于提高仅测量微生物组数据的集合预测准确性,并在不同队列中做了验证,值得相关人员测试。
预测模型
MB-SupCon
Microbiome
Prediction model
Contrastive learning
菌群模拟
通过生成对抗网络模型进行微生物组模拟
在本文介绍了一个新颖的菌群模拟模型MB-GAN,并表明它可以模拟高保真微生物组丰度。作者通过修改鉴别器网络,从而纳入基于菌群多样性的测量。与原始GAN框架相比,此算法可以快速、稳健地收敛。因此,可以在无需明确建模的情况下轻松地基于一组输入的微生物组丰度来模拟新的数据集。在真实的数据研究中,作者证明了模拟的菌群丰度具有相似的数据特征,包括一阶(样本水平属性,如稀疏性和多样性)和二阶特性(分类群间的相关性)。总之,MB-GAN通过为真实数据提供高保真度的模拟数据,可以评估各种类型的菌群研究。
菌群模拟
生成对抗网络
深度学习
短肠综合征
JPEN:短肠综合征儿童肠道菌群严重失调
关注儿童短肠综合征中的肠道菌群失调,推荐看一看。
短肠综合征
肠杆菌
儿童肠道菌群
Abigail P Lauder
Aoife M Roche
缺氧诱导因子-1α
【耐药专题】Nature子刊:肠道细菌如何抑制白色念珠菌定殖?
① 拥有成熟且完整的肠道菌群的成年小鼠对白色念珠菌在胃肠道的定殖有抗性;② 共生厌氧细菌——特别是厚壁菌门中的梭菌属(IV及XIVa簇)及拟杆菌门对维持白色念珠菌的定殖抗性十分关键;③ 缺氧诱导因子-1α(HIF-1α,活化先天性免疫效应细胞的重要转录因子)及抗菌肽LL-37(小鼠中的CRAMP)在抗白色念珠菌定殖中发挥决定性作用;④ 抗生素处理可使白色念珠菌定殖,药物激活Hif1a可诱导CRAMP表达,并显著降低白色念珠菌定殖。
缺氧诱导因子-1α
抗菌肽LL-37
白色念珠菌
Briana Vecchio-Pagan
Sharon Bewick