Michael C Wu

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Michael C Wu

文章数：12篇

新方法鉴定影响肠道菌群β多样性的宿主遗传因素

Microbiome发表的这项研究建立了一个创新的全基因组关联分析方法——KRV框架，用于揭示影响肠道微生物组多样性的宿主遗传变异，相关发现现实免疫相关基因在塑造肠道微生物组成中具有重要作用。

Nature子刊：消除微生物组数据分析中批次效应的新方法

许多大规模微生物组研究需要跨时间或地点收集样本，并在不同的流程下进行处理，还会汇集多项研究样本进行综合分析，这将引入批次效应导致数据的系统性变化，进而模糊微生物和元数据之间的真实联系，引起更多的假阳性，阻碍了预测建模和生物标志物的开发。近期发表于Nature Communications的一项研究开发了基于条件量化回归的R包——ConQuR，可有效消除微生物数据分析中的批次效应，并保留样本中的关键信号。随着未来微生物组研究规模的不断扩大，批次效应难以避免，ConQuR将发挥更大的作用，推荐专业人士关注。

批次效应微生物组

系统发育指导的菌群OTU特异性关联检验

为了解决系统发育信息整合中的一些挑战，作者提出了系统发育引导的菌群 OTU 特异性关联检验 (POST)，它通过自适应地从系统发育上临近的 OTU 中借用信息来提高目标 OTU 的检测能力。通过广泛的数值研究，作者表明 POST 在识别相关 OTU 方面优于模拟和实际数据应用中的现有方法，并开发了一个用户友好的 R 包 POSTm，可在 CRAN (https://CRAN.R-project.org/package=POSTm) 上免费获得。

关联检验系统发育树核机器回归

早产风险或与孕期阴道菌群结构存在关联

虽然既往的研究认为女性阴道菌群或许与不良妊娠结局风险之间存在关联，但由于阴道菌群结构的影响因素众多，缺乏对阴道菌群影响因素的全面探索的文章。本研究通过对妊娠期阴道菌群结构的分析，发现种族、年龄、阴道盥洗等因素在其中的作用，并且也证实了阴道菌群与自发性早产的关联。提示未来在对阴道菌群研究时，应该注意采集其阴道盥洗习惯等信息。

阴道菌群研究论文孕妇阴道盥洗自发性早产

JAMA子刊：雌二醇调节绝经后阴道菌群，效果好

本研究通过临床随机对照试验发现，对于有泌尿生殖道症状的女性来说，使用雌二醇干预可以有效改善阴道菌群结构，降低阴道pH。而直接用低pH的阴道保湿剂并没有达到这样的效果。

阴道菌群研究论文双歧杆菌乳酸杆菌

基于零膨胀分位数的方法

通过零膨胀分位数法 (ZINQ) 对微生物组数据进行非参数关联检验

本研究提出了 ZINQ，这是一种微生物群与二分或定量临床变量之间基于分位数的关联检验，基于一系列场景中的真实数据和对真实数据集的应用的全面模拟表明，与现有检验相比，即使它提供了更好的假阳性控制，ZINQ 通常具有相等或更高的功效，其为当前的菌群差异丰度分析提供了强大而可靠的替代方案。这项工作为菌群数据的关联检验提供了一种稳健而强大的非参数回归方法。

基于零膨胀分位数的方法 I类错误控制菌群差异丰度分析异质性

移民因素如何影响拉美裔美国人的肠道菌群

Genome Biology上发表的一项最新研究，对移民至美国的西班牙裔/拉美裔受试者的肠道菌群组成进行横断面分析，发现移民时间（生命早期移民或成年后移民）对肠道菌群的多样性及组成有着不同影响。

移民 Microbiome epidemiology Hispanic population Mycobiome

HIV感染者的中性粒细胞存活与肠道菌群组成相关

《PLoS Pathogens》上发表的一项最新研究，发现在HIV感染者中，肠道菌群的组成可能影响了结直肠粘膜中的中性粒细胞存活，体外实验证实乳杆菌属中的特定菌株可降低中性粒细胞的存活率。

HIV感染者的中性粒细胞存活与肠道菌群组成相关

《PLoS Pathogens》上发表的一项最新研究，发现在HIV感染者中，肠道菌群的组成可能影响了结直肠粘膜中的中性粒细胞存活，体外实验证实乳杆菌属中的特定菌株可降低中性粒细胞的存活率。

HIV感染 HIV感染中性粒细胞肠道菌群 Brigitta Stockinger

菌群差异分析

分析成对、纵向样本菌群差异性的R语言程序包

人类肠道内的微生物环境对于人的健康具有重要的影响。《Bioinformatics》近期发表的文章介绍了一种基于UniFrac距离的差异性评估的新方法，可分析成对样品、同一个体不同时间段样品中的菌群差异，有助于减小宿主个体差异对菌群相关研究的影响。

菌群差异分析方法学 Ping Lan Jingrong Weng Yichen Li

遗传流行病学：不同小样本菌群关联分析数学模型的优劣

生物信息学文献一篇，据说热心肠先生看不懂，特别请了锐翌基因的专业人员传到了日报，看得懂的人好好看啊！

Bray-Curtis Kernel association test Multivariate outcomes Small sam- ple UniFrac.

微生物丰度

AJHG：检验微生物组丰度的新方法MiRKAT

① 高通量测序技术为揭示人体微生物组在疾病机理中的作用提供基于群体的研究可能；② 本文构建了一种新的方法MiRKAT，一种半参数核回归框架，可以将研究结果很好地回归对应到微生物组丰度上；③ 它使用方差分量打分统计方法来检验基于P值分析的关联；④ 这种方法在文中的案例应用中显示出较好的效果。

MiRKAT 微生物丰度丰度方法学 Yvonne J Huang