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Na Zhao
文章数:9篇
宏基因组
王军+宋默识Nature子刊:二代+三代测序,深挖人类肠道菌群
中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作,在Nature Communications发表文章,报道了一种新方法,结合短读长的二代测序(Illumina)和长读长的三代测序(纳米孔)数据进行宏基因组分析,深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件,在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。
宏基因组
三代测序
牛津纳米孔测序
菌株水平
肠道菌群
三代测序技术的宏转录组
王军+周宏伟+解立新:建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS
以牛津纳米孔测序技术(ONT)为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势,能有效提高临床样本中病原的检测,而ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。为此,中科院微生物所王军、南方医科大学珠江医院周宏伟、解放军总医院第八医学中心解立新与研究团队,收集了肺泡灌洗液、脑脊液和血液样本,建立了RNA/cDNA靶向测序(mtNGS(使用二代测序技术的宏转录组)),以减少临床样本中的宿主核苷酸比例,并通过与ONT相结合(mtTGS(使用三代测序技术的宏转录组))以缩短测序时间。
三代测序技术的宏转录组
牛津纳米孔技术
病原检测
宏基因组测序
人肠道菌群
王军+张发明:人体肠道菌群的原位重建及昼夜节律
目前对于人肠道菌群的认知大多是源于对粪便菌群的分析,但粪便菌群不能完全反映出菌群在肠道内的原位情况,也限制了对人肠道菌群在更精细时间尺度上的动态变化的研究。中科院微生物所王军团队与南京医科大学第二附属医院张发明团队合作,在Engineering发表研究论文,通过结肠TET方法采集人体原位的回盲部菌群样本,揭示了肠道菌群在泻药扰动后的固有恢复力,以及人回肠菌群在组成和功能层面上的昼夜节律动态,并分析了菌群扰动和重建通过代谢物对宿主的潜在影响。
人肠道菌群
昼夜节律
菌群重建
经内镜肠道植管术
多组学
结肠炎
国内团队:GOLM1限制结肠炎和结肠癌的发生
来自北京协和医学院和中国医学科学院的Pu Yang和Zhang Hongbing,以及大连医科大学的Jin Di合作在Signal Transduction and Targeted Therapy上发表文章,发现高尔基膜蛋白GOLM1通过调控肠上皮细胞中Notch信号通路的平衡,维持肠上皮屏障稳态,从而抑制结肠炎和结直肠癌变的发生。
结肠炎
结肠癌
肠屏障稳态
Notch通路
GOLM1
新冠肺炎
杨鹏辉&王军团队:新冠肺炎患者的特征肠道病毒和细菌组
肠道是新冠病毒感染的器官之一,研究肠道微生态在新冠肺炎发生发展中的作用或有助于新冠肺炎的诊疗。中国解放军总医院杨鹏辉团队和中科院王军团队近期在Gut Microbes发表研究,对比了13名新冠肺炎患者与5名健康人的肠道细菌组与病毒组变化规律,发现两者的组成和变化在新冠患者中具有特殊性,受药物的影响也各有不同,而且在不同疾病严重程度的患者中具有差异。上述结果在小鼠实验中得到证实。本研究的成果,对于研究新冠肺炎的病程特征、感染过程中共生微生态-宿主互作都具有参考价值。
新冠肺炎
研究论文
病毒组
肠道细菌组
人
小檗碱
仝小林、王军等:葛根芩连汤调菌群降血糖,小檗碱是关键成分
葛根芩连汤(GQD)是一种常用于2型糖尿病的中药配方。来自中科院微生物所的王军团队、广安门医院的仝小林院士和赵林华与团队,在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究,发现GQD可通过其关键组分——小檗碱调节肠道菌群的组成,富集丁酸盐产生菌,调控回肠基因表达,并降低全身及胰岛的炎症因子表达,从而降低糖尿病大鼠的血糖。
小檗碱
葛根芩连汤
研究论文
基础研究
动物实验
人类肠道病毒组
微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法
Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日,中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室,中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序,基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列,提供有关病毒多样性的更多信息,且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外,使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰(甲基化)信号进行检测。
人类肠道病毒组
富集
扩增
牛津纳米孔技术
表观基因组学
基因 - 微生物组学互作
王军+朱宝利等:如何研究宿主基因-菌群互作(综述)
Protein & Cell中国肠道大会专刊发布中科院微生物所王军和朱宝利主笔的综述,系统性回顾了宿主基因-菌群互作研究领域的进展,概括目前的主流研究方法手段的同时,也评价了动物模型实验、人群研究\中存在的局限性,指出功能验证和因果关系的确立仍然是许多基因-微生物互作的瓶颈。本文观点全面客观,信息量大,值得专业人士关注。
基因 - 微生物组学互作
宿主遗传学
gene-microbiome association
Gut microbiota
host genetics
大熊猫
中科院团队:因感染CDV死亡大熊猫的肠道菌群特征
2014年底到2015年初,五只大熊猫先后因感染犬瘟热病毒(CDV,曾一度造成野生老虎和野生狮子种群灭绝)死亡,CDV感染会影响熊猫的肠道菌群从而加重感染和死亡么?好好看看这篇来自中科院动物所团队的研究。
大熊猫
犬瘟热病毒
物种多样性
物种灭绝
Ana M Duarte