Baoli Zhu

抗结核治疗研究论文队列研究肺结核肠道真菌组

疾控中心的杨月欣团队与东南大学的孙桂菊团队在Frontiers in Immunology上发表的一项随机对照试验结果，

燕麦高胆固醇血症研究论文医学研究随机对照试验

中国农业大学胡永飞团队在Communications Biology发表研究，结合来自中国和欧洲国家的鸡肠道菌群的宏基因组数据，构建了一个完整的鸡肠道菌群参考基因集和基因组集，并使用多种生物信息学工具和数据库对组装的基因和基因组集进行了注释和分析，同时还使用新组装的宏基因组组装基因组 (MAGs)和基因集对鸡肠道菌群中的耐药基因 (ARGs)进行了分析，并比较了鸡和人类肠道抗生素抗性组。这些整合的基因和基因组集资源对于更好地了解鸡肠道菌群的结构和功能至关重要。本研究提供了迄今为止最大的鸡肠道整合宏基因组数据集，并证明了其在探索鸡肠道菌群基因方面的价值。

鸡肠道菌群肠道抗性组宏基因组组装基因组 (MAGs) 抗生素抗性基因 (ARGs)

小檗碱

吴崇明等：肠道菌群介导小檗碱的降胆固醇作用

中国医学科学院药用植物研究所吴崇明和郭鹏、北京中医药大学吴圣贤、中科院微生物所朱宝利与团队在Journal of Advanced Research发表研究，揭示了肠道菌群在小檗碱降胆固醇疗效中的介导作用，且菌群的基线组成或能用于预测小檗碱的个体化治疗效果。

小檗碱降胆固醇肠道菌群

小檗碱

北医三院段丽萍：小檗碱或可用于治疗IBS

靶向肠道菌群失调的药物或可缓解IBS症状。来自北京大学第三医院的段丽萍团队在Acta Pharmacologica Sinica上发表的一项最新研究，发现小檗碱可通过调节肠道菌群组成，富集短链脂肪酸产生菌，从而在不同大鼠模型中抑制内脏高敏感性及小神经胶质细胞活化。

小檗碱研究论文基础研究其它动物肠-脑轴

小檗碱

仝小林、王军等：葛根芩连汤调菌群降血糖，小檗碱是关键成分

葛根芩连汤（GQD）是一种常用于2型糖尿病的中药配方。来自中科院微生物所的王军团队、广安门医院的仝小林院士和赵林华与团队，在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究，发现GQD可通过其关键组分——小檗碱调节肠道菌群的组成，富集丁酸盐产生菌，调控回肠基因表达，并降低全身及胰岛的炎症因子表达，从而降低糖尿病大鼠的血糖。

小檗碱葛根芩连汤研究论文基础研究动物实验

中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对田鼠种群的上行效应

小型啮齿动物的种群波动现象困惑了生态学家将近百年的时间，种群调节也因此成为了种群生态学中的经典问题。目前，从食谱-肠道微生物相互作用的角度，阐明降雨对种群的上行效应的研究少之又少。本研究中，作者分别开展了野外大型人工增雨实验和室内食谱功能的验证实验。该项研究提供了降雨通过食谱-肠道微生物互作的途径发挥对种群上行效应的实验证据，同时，强调要多多关注动物种群在响应气候变化时，宿主肠道微生物从中起到的重要作用。本研究验证了肠道微生物在降雨对种群的上行效应中发挥的作用机制。

布氏田鼠肠道微生物

中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对田鼠种群的上行效应

小型啮齿动物的种群波动现象困惑了生态学家将近百年的时间，种群调节也因此成为了种群生态学中的经典问题。目前，从食谱-肠道微生物相互作用的角度，阐明降雨对种群的上行效应的研究少之又少。本研究中，作者分别开展了野外大型人工增雨实验和室内食谱功能的验证实验。该项研究提供了降雨通过食谱-肠道微生物互作的途径发挥对种群上行效应的实验证据，同时，强调要多多关注动物种群在响应气候变化时，宿主肠道微生物从中起到的重要作用。本研究验证了肠道微生物在降雨对种群的上行效应中发挥的作用机制。

布氏田鼠肠道微生物降雨上行效应羊草短链脂肪酸

任发政+于政权等：产毒的肠道菌群，或促进肾衰竭

终末期肾病（ESRD）是慢性肾脏疾病的晚期并发症，其发生和进展与有毒代谢物的积累密切相关。动物研究表明许多尿毒症毒素来源于肠道微生物，而这些毒素通常不能通过透析有效去除。中国农业大学任发政院士和于政权教授与团队近期在Gut上发表研究，对223名ESRD患者和69名匹配的健康对照个体进行了多组学分析，揭示了患者肠道微生物组、代谢组和疾病表型组之间的密切关系，表明患者异常的肠道菌群能通过产生有害代谢产物加重临床预后，并用动物模型提供了因果性证据。这些发现提示，调节肠道菌群有望成为降低患者尿毒症毒性的靶标，应作为透析的补充疗法进行深入研究。

终末期肾病

任发政+于政权等：产毒的肠道菌群，或促进肾衰竭

终末期肾病（ESRD）是慢性肾脏疾病的晚期并发症，其发生和进展与有毒代谢物的积累密切相关。动物研究表明许多尿毒症毒素来源于肠道微生物，而这些毒素通常不能通过透析有效去除。中国农业大学任发政院士和于政权教授与团队近期在Gut上发表研究，对223名ESRD患者和69名匹配的健康对照个体进行了多组学分析，揭示了患者肠道微生物组、代谢组和疾病表型组之间的密切关系，表明患者异常的肠道菌群能通过产生有害代谢产物加重临床预后，并用动物模型提供了因果性证据。这些发现提示，调节肠道菌群有望成为降低患者尿毒症毒性的靶标，应作为透析的补充疗法进行深入研究。

终末期肾病肠-肾轴肠道菌群肠道菌群功能代谢组

抗生素抗性基因

中科院微生物所：人、鸡和猪肠道微生物抗生素抗性基因表达谱

肠道微生物是抗生素抗性基因（ARG）的储存宿主。然而，关于肠道微生物中ARG的存在（宏基因组DNA水平）和表达谱（宏转录组RNA水平）的信息有限。中科院微生物研究所高福与团队在《Environment International》发表一项研究，通过宏基因组测序和宏转录组测序对来源于人、鸡和猪肠道微生物中的ARG进行了基因组和转录水平的分析，加深了对ARG在人、鸡、和猪肠道菌群中的分布、进化和传播的理解。

抗生素抗性基因肠道微生物 metagenomics metatranscriptomics gut resistome

候鸟

中科院微生物所团队：候鸟肠道菌群中的耐药组

人及动物的肠道菌群可能作为抗生素耐药基因的“蓄水池”。来自中国科学院微生物研究所的高福团队及朱宝利团队在Microbiome上发表的一项最新研究，对多种不同的候鸟物种的肠道菌群宏基因组进行了分析，重点关注了其中的抗生素耐药基因的多样性与丰度，提示候鸟可能作为环境中抗生素耐药基因的传播者。

候鸟耐药组 Microbiome Resistome antibiotic resistance

生物信息学工具

中国科学院微生物所：全球化的微生物组数据存储和分析平台

中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队日前在 NAR 上发布了“中国制造”的菌群数据存储和标准化分析平台：gcMeta。该平台是一个微生物基因组及微生物组数据的管理、分析和发布平台，为国内外用户提供一站式的从数据存储、数据分析到数据发布的服务，目前已经整合了来自中国科学院微生物组计划及国内外多个重要项目的数据。该平台的发布将有效支撑我国微生物组研究并为未来我国国家微生物组计划的实施提供重要的支持。

生物信息学工具菌群分析平台中国

HIV-1感染

中科院朱宝利+协和李太生：HIV-1感染者的肠道菌群与CD4+ T细胞数量相关

来自中科院微生物所的朱宝利团队与北京协和医院的李太生团队合作在Frontiers in Microbiology上发表的一项最新研究，发现在HIV-1感染者中，肠道菌群的组成发生变化，并且某些特定的分类群与感染者的CD4+ T细胞数量相关。

HIV-1感染 HIV-1感染 CD4 T细胞 Hélène Authier Mouna Rahabi

基因 - 微生物组学互作

王军+朱宝利等：如何研究宿主基因-菌群互作（综述）

Protein & Cell中国肠道大会专刊发布中科院微生物所王军和朱宝利主笔的综述，系统性回顾了宿主基因-菌群互作研究领域的进展，概括目前的主流研究方法手段的同时，也评价了动物模型实验、人群研究\中存在的局限性，指出功能验证和因果关系的确立仍然是许多基因-微生物互作的瓶颈。本文观点全面客观，信息量大，值得专业人士关注。

基因 - 微生物组学互作宿主遗传学 gene-microbiome association Gut microbiota host genetics

Fecal transplant

蔡军+朱宝利+杨新春等：肠道菌群失衡促进高血压

蔡军+朱宝利+杨新春等团队合作的关于肠道菌群促进高血压发展的重要研究，强烈推荐阅读。

Fecal transplant Gut microbiota Hypertension Metabolism Pre-hypertension

Alzheimer’s disease

朱宝利等：肠道菌群如何促进痴呆？（综述）

中科院微生物所的朱宝利老师和合作者近期发表的关于肠脑轴的重要综述，强烈推荐。

Alzheimer’s disease dementia Gut microbiota Inflammation probiotics

细菌系统发生学

朱宝利团队：移动性抗生素耐药基因传播的机制

细菌系统发生学移动抗性组肠道菌群抗生素耐药性 Michelle Grayson

抗生素抗性组

朱宝利综述：肠道菌群携带了怎样的抗性基因？

本文全面综述了目前对肠道微生物菌群携带抗性基因的研究进展。在总结进展的同时，对不同抗性基因数据库特点进行比较，并阐述了如何用于元基因的注释与分析，也指出了目前研究的局限性，指明了这个领域将来的研究方向。

抗生素抗性组抗生素抗药性肠道微生物