遗传

进化失配假说认为：经过漫长生物进化形成的与代谢有关的基因无暇适应晚近时期突如其来的文化进化环境，依旧执行其原始祖先所处环境下的功能（如高效转化糖类为脂肪并储存在体内，以备饥荒），从而使基因与环境间失去了其生物进化以来所固有的、协调配合的自然伦理秩序。Nature Genetics近期发表的文章，探究高糖饮食对果蝇中调控寿命的等位基因频率的影响。研究鉴定出数千个与寿命相关的等位基因。同时发现，将果蝇暴露在高糖饮食中会揭示出大量的遗传变异，而这些变异在对照饮食中是隐藏的。

遗传进化论寿命饮食压力

结直肠癌

Nature：大肠癌演化过程中的表型可塑性和遗传控制

肿瘤内异质性是恶性肿瘤的基本特征之一，影响肿瘤的诊断和治疗。遗传、表观遗传的变异及转录可塑性与肿瘤内异质性的发生密切相关，但这些生物学过程的相互作用及其对肿瘤演化的各自贡献仍然未知。近日，英国伦敦肿瘤研究院、伦敦玛丽女王大学巴兹癌症研究所Trevor A. Graham团队与意大利人类技术中心Andrea Sottoriva团队在Nature合作发表最新研究文章，发现大多数结直肠癌中的遗传变异没有显示出主要表型结果，肿瘤内的基因表达与亚克隆演化较少受共同遗传祖先的影响，而是表现明显的表型可塑性，为理解结直肠癌的遗传控制和克隆演化提供了新的视角。

结直肠癌遗传演化可塑性

结直肠癌

Nature：大肠癌基因组与表观基因组的共同演化

目前关于结直肠恶性肿瘤的遗传进化和肿瘤内异质性的研究有很多，但表观遗传变化也会导致癌细胞之间的表型变异，因此，癌症基因组和表观基因组如何同时进化和塑造肿瘤内遗传和表观遗传异质性仍有待探索。近日，意大利人类技术中心Andrea Sottoriva团队与英国伦敦肿瘤研究院、伦敦玛丽女王大学巴兹癌症研究所Trevor A. Graham团队合作在Nature发表最新文章，使用单个腺体的空间多组学分析研究结直肠肿瘤的基因组和表观基因组的共同进化，该研究提供了遗传和表观遗传肿瘤异质性图谱，对理解结直肠癌生物学具有重要意义。

结直肠癌肿瘤异质性遗传表观遗传共同演化

基因组结构变异

国内团队Nature子刊：表征中国人群队列食管癌体细胞基因组结构变异

食管癌是最具侵袭性的癌症之一，为全球第六大癌症死亡原因。食管鳞状细胞癌（ESCC）是食管癌的主要病理类型，其五年生存率约为30.3%。详细了解ESCC遗传基础和潜在的突变机制对于药物开发和临床治疗至关重要。近日，中国医学科学院詹启敏、刘芝华和山西医科大学崔永萍及团队在Nature Communications发表最新研究，对528个配对基因组进行了全基因组分析，发现不同的重排特征展示了可变的基因组指标（折返倒置往往发生在中心体附近）。此外，功能实验证实了PTHLH基因的致癌作用及其与增强子的相互作用，染色体外环状DNA存在于14%的ESCC中，对驱动基因具有很强的选择性优势。总之，该研究为未来进一步靶向干预食管癌提供了新见解。

基因组结构变异遗传研究论文基础研究全基因组水平

代谢组

傅静远+陈连民Nature子刊：大规模解析！遗传、饮食和肠道菌群如何影响人体代谢？

血浆代谢物可以反映人体不同组织器官的代谢活动，与人体的健康和疾病有者密不可分的关系，并在不同程度上收到遗传、饮食和肠道菌群的影响。Nature Medicine最新发表了荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授研究团队、陈连民博士（现任南京医科大学/江苏省人民医院教授）作为第一作者的重要研究，评估了荷兰Lifelines DEEP等前瞻性多组学队列中1368名有广泛表型数据的个体的1183种空腹血浆代谢物，系统性分析了血浆代谢物与遗传、饮食和肠道菌群间的关联。该研究表明，饮食和菌群在解释机体代谢的个体间差异上起主导作用，且基于血浆代谢组的模型可用于评估饮食质量。此外，该研究还推断了饮食、菌群和代谢物间的潜在因果关系。这些发现极大地促进了人们关于饮食和肠道菌群在人体代谢中的作用的认知，对研发调节饮食或肠道菌群以改善代谢健康的靶向干预方法，具有重要参考价值。

代谢组肠道菌群流行病学饮食遗传

肠易激综合征

遗传区别决定了IBS患者对不同治疗方法的应答差异

奥替溴铵是治疗肠易激综合征（IBS）的常用药，而低FODMAP饮食干预也可以有效缓解IBS症状。此前Gut发表的随机对照试验结果表明，低FODMAP饮食干预对IBS的改善率高于奥替溴铵。近日，前文的作者在Gut上发表文章，比较了该研究中响应低FODMAP饮食干预或奥替溴铵治疗的IBS患者的单核苷酸多态性差异，为IBS的精准治疗提供了依据。

肠易激综合征研究论文低FODMAP饮食遗传治疗应答

肠易激综合征

Nature Reviews：影响IBS的遗传因素（综述）

遗传因素在一定程度上影响肠易激综合征（IBS）患病风险和病理生理学。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表综述，全面概述了IBS的遗传学研究，重点介绍了基于大队列的全基因组关联分析（GWAS）研究进展，推荐专业人士参考。

肠易激综合征遗传全基因组关联分析（GWAS）肠-脑轴肠道菌群

进餐时间

晚餐吃太晚，血糖控制差

近期发表于Diabetes Care的一项随机交叉研究发现同时并存高内源性褪黑激素和碳水化合物摄入，如典型的晚食，会损害糖耐量，特别是在MTNR1B G风险等位基因携带者中，这与胰岛素分泌缺陷有关。注：以往研究发现褪黑素受体1B（MTNR1B）基因变异与2型糖尿病高度相关。

进餐时间 2型糖尿病遗传

代谢

一种肠道酶的功能缺陷，可能有益代谢健康

蔗糖酶-异麦芽糖酶（SI）是肠道表达的一种酶，其c.273_274delAG功能缺失基因变异可导致先天性SI缺陷，无法分解和吸收蔗糖和异麦芽糖。有这种情况的儿童在摄入蔗糖后会引发腹泻腹痛等胃肠症状。Gastroenterology发表的这项研究探索了SI缺陷的成年人的健康情况，却发现该基因突变的纯合携带者有更好的代谢指标，并分析了可能的介导因素。研究者认为，由于SI缺陷者无法有效吸收蔗糖和异麦芽糖，这些碳水化合物可能被肠道菌群发酵产生了更多的乙酸，从而一定程度上促进了代谢健康。该研究提示SI或是改善代谢健康的潜在靶点。

代谢蔗糖酶-异麦芽糖酶遗传治疗靶点

肥胖

Science：让人“免疫”肥胖的万里挑一的基因变异

生活中我们常听有人说自己“喝凉水都发胖”，但有些人却说自己“怎么吃都不胖”，后者听起来挺气人和让人羡慕的。虽然都有夸大说法的嫌疑，但肥胖除了与饮食相关，确实还和基因有关。近期发表于Science的一项研究发现了一些与肥胖抵抗相关的基因变异，特别是鉴定出了与抵抗肥胖相关的GPR75变异，抑制GPR75可能为肥胖提供一种治疗策略。

肥胖遗传

色氨酸代谢产物

糖尿病与哪些色氨酸代谢产物有关？

色氨酸可通过宿主的犬尿氨酸途径和微生物的吲哚途径，代谢为不同的代谢产物，对宿主生理功能产生重要影响。Gut最新发表的一项研究，通过对多种族的5个队列样本进行分析，鉴定出与2型糖尿病相关的色氨酸代谢产物，并进一步揭示了与这些代谢物相关的宿主遗传、饮食和肠道菌群因素。其中，高膳食纤维和特定人群中的牛奶摄入，可能通过宿主-菌群互作将色氨酸代谢转为产生吲哚丙酸，从而发挥对糖尿病的预防保护性作用。

色氨酸代谢产物肠道菌群遗传饮食吲哚丙酸

肠道菌群

郑钜圣+陈裕明+王军：看似不同的疾病，却可能有相似的菌群特征

疾病与菌群之间的因果关系是菌群研究的一大焦点。Microbiome最新发表了西湖大学郑钜圣、中山大学陈裕明和中科院微生物所王军与团队的研究，在中国人群中分析了遗传对肠道菌群的影响，然后通过双向孟德尔随机化分析，研究了人肠道菌群与复杂疾病之间的因果关系，并根据菌群特征的共性和特性对不同疾病进行了聚类，发现一些看似不同的疾病，可能有着相似的菌群特征，提示这些疾病之间可能在病因机制上存在关联。

肠道菌群遗传疾病 gut microbiome host genetics

胆汁酸

傅静远等：遗传和菌群与肥胖者的胆汁酸的关系

胆汁酸 bile acids Genetics gut microbiome Liver

微生物组全基因组关联分析

Nature子刊：遗传与肠道菌群特征的新关联

遗传是影响微生物组的因素之一，但目前人们对这一领域的认识仍很有限。《Nature Microbiology》发表的一项最新研究，在1个比利时队列和2个德国队列中进行了微生物组全基因组关联分析，鉴定出多个菌群与宿主遗传之间的新关联，并用孟德尔随机化方法分析了特定肠道菌与疾病表型的潜在因果关系，推荐专业人士关注。

微生物组全基因组关联分析 Genetics Microbiome Quantitative trait 宿主-菌群互作

瘤胃菌群

遗传因素对奶牛瘤胃菌群和甲烷排放的影响有多大？

ISME Journal发表的一项研究，分析了奶牛的遗传和菌群因素对甲烷排放的影响，揭示了宿主遗传在多大程度上影响了瘤胃菌群的组成，表明通过杂交来获得有助于菌群优化的遗传因素，或能促进奶牛健康。

瘤胃菌群奶牛遗传甲烷排放

结直肠癌

大肠癌患者亲属应何时开始筛查？

虽然结直肠癌（CRC）筛查指南认为有必要对高危个体进行早期筛查，例如具有CRC家族史的人，但并没有明确证据证明这些高危个体应提前多少年开始进行筛查。最新发表在Gastroenterology的研究收集了瑞典全国家庭癌症数据集的数据，为CRC患者的近亲或远亲确定了风险适应的CRC筛查起始年龄。

结直肠癌 familial colon rectal inherited

宿主-菌群互作

宿主遗传影响肠道菌群和胆汁酸谱

肠道菌群的个体间差异，在一定程度上与宿主遗传因素有关。PLoS Genetics发表的一项研究，系统分析了与肠道菌群和胆汁酸谱相关的小鼠遗传因素，表明特定的宿主基因变异可通过影响胆汁酸代谢和肠腔内的胆汁酸含量，来影响肠道细菌，为研究宿主-菌群互作提供新视角。

宿主-菌群互作遗传胆汁酸代谢 Karine Clément Lise Voland

宿主-菌群互作

Science子刊：线粒体基因型可影响肠道菌群多样性和组成

很多因素都可影响肠道菌群的组成，此前研究显示环境因素对菌群的塑造作用可能远超遗传的影响。《Science Signaling》本周以封面文章形式发表的一项研究表明，线粒体基因型通过影响活性氧（ROS）生成及其在体内的水平，可影响小鼠的肠道菌群多样性和组成，显示出遗传因素对菌群组成的影响，抗氧化药物干预或许是提高菌群多样性的潜在方法，或为治疗菌群相关疾病带来启示。

宿主-菌群互作线粒体线粒体DNA 遗传肠道菌群多样性

先天性腹泻

Nature：导致顽固性先天腹泻的遗传缺陷

先天性腹泻是一种遗传疾病，可危及生命。《Nature》近期发表的一项研究，通过测序方法从患者中鉴定出导致婴儿顽固性腹泻综合征（IDIS）的非编码区遗传缺陷，并进一步在小鼠中揭示了被该序列调控一个此前未研究过的基因Percc1，在胃肠道发育中有关键作用，从而串起了IDIS背后的发病机制。该研究是临床结合基础研究鉴定病因学的一个非常好的实例，也再次提示不要忽视非编码区遗传缺陷对疾病的潜在贡献。

先天性腹泻遗传婴儿顽固性腹泻综合征 Baohua Liu Xiaolong Tang

肉鸡

杨宁+郑江霞：肉鸡胖不胖，肠道菌群贡献不小

中国农业大学杨宁团队与郑江霞团队合作的研究，近期在ISME Journal发表。该研究通过全基因组测序和16S rRNA基因测序，分析了肉鸡的遗传因素与肠道菌群，表明遗传因素对菌群的影响有限，而肉鸡的脂肪沉积受十二指肠和盲肠的菌群影响较大，尤其盲肠中两种细菌的丰度与腹部脂肪量显著相关。该研究对于研究宿主遗传对菌群的影响、二者对肥胖的贡献、肉鸡饲养，都很有参考价值。

肉鸡遗传肠道菌群脂肪肥胖

肠道菌群

Nature Reviews：用饮食营养靶向肠道菌群来防治疾病（年度回顾+一图读懂）

肠道菌群的研究今年持续火热，越来越多的证据表明，饮食等环境因素对肠道菌群有很强的塑造作用，用饮食和营养靶向菌群是可行的疾病预防和治疗策略。Nature Reviews的年度回顾系列专门发表短文，介绍了今年该领域的几项重要研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1088753988）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1054681860）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1050487684）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1066456444）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1097013359）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1063070604），非常值得感兴趣的读者认真阅读。

肠道菌群饮食环境因素遗传 2型糖尿病

种族

种族对肠道菌群的影响

PLoS Biology近期发表一项美国研究，对美国肠道计划和人类微生物组计划中4个种族近1700人的数据进行分析，发现种族与肠道菌群存在关联，其关联性甚至超过BMI、年龄和性别等因素，并鉴定出至少12个细菌类别的丰度显著受种族影响，这些发现提示，一些与种族相关的疾病中，肠道菌群可能有潜在作用。

种族人肠道菌群遗传美国肠道计划人体微生物组计划

肥胖与健康

Cell子刊：真胖假胖？代谢组说了算

体质指数（BMI）是目前最常用的肥胖判定指标，但有些人BMI值不高却患有肥胖相关的代谢疾病，有些人人高马大BMI值不低却什么病都没有，说明BMI并不是一个准确的肥胖和健康测量指标。Cell Metabolism本周上线的一项队列研究，分析了约2400人的代谢组和基因组数据，发现代谢组与肥胖相关临床症状的关联极为密切，是比BMI和遗传风险更合适的健康预测指标。这些发现不仅为肥胖、代谢相关疾病的精准医疗提供了宝贵的数据参考，也有助于相关临床试验更有针对性地挑选合适的受试者。

肥胖与健康肥胖 BMI 血液代谢组遗传

儿童肥胖

JAMA子刊：胖爸妈如何不养出胖娃？改变家庭环境或有帮助

儿童肥胖家庭环境遗传 Bo Wang Yingjiang Ye

阴道菌群

Cell子刊：迄今为止最大样本量阴道菌群研究

“话不多说必须读”系列文献之：在宿主遗传因素影响下的阴道菌群中的普氏菌属及其与肥胖的关联，看不看随你[呲牙]

阴道菌群普氏菌属肥胖遗传 Miguel D Regueiro

肠道菌群

Nature子刊：小鼠生命早期，什么因素对菌群和代谢组影响最大？

近期Nature Microbiology上关于小鼠在生命早期的暴露、宿主遗传及饮食对肠道菌群及代谢组的影响的文献，转需。

肠道菌群代谢组饮食遗传 Bethany Warren