环境因素

生物膜biofilm 环境因素其他

中山大学的林华亮团队与空军军医大学的邵中军团队在Environment International上发表的一项前瞻性队列研究结果，对英国生物样本库研究中21万余名受试者超过10年的随访数据进行分析，发现居住范围内的绿化空间及水域空间越多，IBD风险越低。

IBD 研究论文前瞻性队列研究环境因素

生育力

Nature子刊：导致人类生育能力下降的环境因素（综述）

本综述详细总结了目前有关人类出生率的各项数据，并从数据中提出合理推测：人类生育力的下降可能与工业革命、化石燃料的使用存在关联，因此研究环境因素对人类生育力的影响具有重大的意义。本综述为开展进一步的研究提供了重要的思路。

生育力综述环境因素环境污染物生殖健康问题

肠道真菌群落

肠道真菌组影响宿主与肠道菌群的代谢互作

目前研究多聚焦在宿主、饮食和肠道菌群间的互作，其中肠道真菌群落的作用常常被忽略。Communications Biology上发表的一篇文章，研究肠道真菌组成与宿主代谢的关系，并进一步探究其在肠道稳态中的作用。其研究思路和肠道微生物组类似，是值得跟进的领域。

肠道真菌群落环境因素研究论文肠道微生物组-真菌组-宿主共代谢

婴儿菌群发育

新生儿肠道菌群的发育与形成

肠道微生物在宿主早期免疫教育中可能发挥着重要作用，Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表了一项研究，报道了婴儿肠道微生物群的发育，进化，以及与卫生相关的环境因素、特应性疾病和随机引入致敏固体后的组成变化，为临床提供更好的健康诊断和评估奠定了基础。

婴儿菌群发育过敏性皮炎环境因素饮食定植

尿道微生物组

Cell子刊：宿主遗传和环境影响大龄女性的尿道菌群

尿道菌群随性别而变化，且在老年人群中与发病率有关。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对1600位45岁以上女性双胞胎进行尿道菌群分析，发现尿道菌群具有独特组成，且宿主遗传和宿主环境影响尿道菌群组成。

尿道微生物组 Microbiome Genetics urogenital tract Ageing

生活方式

Nature子刊：少数民族的生活方式巨变，对肠道菌群有何影响

现代生活方式增加了患慢性疾病的风险，部分原因是由于改变了微生物群，但少数民族的生活方式改变对其健康影响的研究还较为缺乏。爱尔兰旅行者是一个不同于欧洲其他游牧民族的亚群体，但在基因上与非游牧定居的爱尔兰人非常相似。他们的生活方式随着2002年的立法而改变，随着游牧生活的结束，其生活条件发生巨大变化。最新发表在《Nature Medicine》的研究调查了爱尔兰旅行者最近生活方式的改变是否与微生物群的差异和慢性疾病的风险有关，参与研究的87%爱尔兰旅行者童年时是游牧民族。该研究发现，当少数民族被迫转变生活方式时，其微生物组也会改变，其变化主要与非饮食相关生活因素有关。

生活方式爱尔兰旅行者饮食因素代谢性疾病公共卫生

免疫应答

Cell子刊：个体免疫应答中，环境和遗传因素各有什么影响？

免疫反应在不同个体间可以存在很大差异，受到遗传和环境等多方面因素的影响，Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，将携带炎症性肠病（IBD）易感基因的实验小鼠放到室外围栏，分析野生化后小鼠免疫指标的变化，并通过多组学的机器学习建模，鉴定出环境特异性和遗传特异性的影响。该研究发现，暴露于环境微生物能促进小鼠免疫细胞群的个体差异，而由微生物刺激引起的细胞因子应答，则在更大程度上受到遗传易感性的影响。这些发现对于进一步研究免疫的个体差异，很有参考价值。

免疫应答 rewilded mice machine learning model multi-omic data integration immune variation

菌群恢复力

Cell子刊：缺少膳食纤维不利于抗生素治疗后的肠道菌群恢复

饮食和环境卫生因素如何抗生素干预后的肠道菌群恢复？Cell Host and Microbe近期发表的一项小鼠研究，对抗生素后的肠道菌群恢复进行了系统化的分析，表明低纤维饮食和过于干净的环境（单独饲养）不利于菌群复原，相关发现对于减少抗生素治疗引起的菌群失衡有参考意义。

菌群恢复力 Bacteroides S24-7 antibiotics Co-housing

宏基因组学

Cell子刊：从异质微生物测序数据中快速推断大规模生态网络中的直接相互作用

目前，虚假关联和计算的复杂性阻碍了从跨研究宏基因组学数据推论生态网络。Tackmann等人介绍了FlashWeave，这是一种新颖的共现方法，可通过图形模型推断来预测可解释的微生物相互作用网络。 FlashWeave具有高度可扩展性，可解决数据异质性。他们在广泛的基准测试中对各种综合和现实数据集验证了该方法。

宏基因组学微生物相互作用共现环境因素技术因素

肥胖

BMJ：遗传or环境？什么才是肥胖流行的幕后黑手？

《British Medical Journal》近期发表了的一项长期队列研究，分析了近40多年来挪威的BMI变化情况，表明从80年代中期开始，人群的整体BMI开始上升，且有明显的年轻化趋势，尽管遗传易感性对BMI有显著影响，但饮食和生活习惯等环境因素是导致肥胖流行的主要原因，提示针对环境因素的干预方式是解决全球肥胖问题的关键，特别是对于易胖体质人群。

肥胖 BMI 遗传易感性环境因素纵向研究

炎症性肠病

哪些环境因素与炎症性肠病风险相关？（综述）

炎症性肠病（IBD，包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC））的发病机制中，环境因素起重要作用。《Gastroenterology》近期发表一项对基于流行病学观察性研究荟萃分析的“伞状回顾”研究（对荟萃分析的荟萃分析），评估环境因素与IBD的关联，鉴定出证据强度较高的可增加IBD风险的9个因素和可降低IBD风险的7个因素，以及若干证据强度较弱的关联性环境因素，并指出不同荟萃分析间的方法学质量存在较大差异。该研究对进一步探究IBD发病机制和防治策略，很有参考意义。

炎症性肠病环境因素 umbrella review 观察性研究

炎症性肠病

多角度总结IBD的疾病机制（综述）

梅奥诊所学报近期发表了关于炎症性肠病（IBD）的综述文章，从遗传、环境（包括肠道菌群）、肠道屏障和免疫等角度，总结了与IBD有关的特征和疾病机制，这些研究和发现有助于开发靶向性的个体化疗法。

炎症性肠病环境因素遗传易感性肠道菌群肠道屏障

肠道菌群

Nature Reviews：用饮食营养靶向肠道菌群来防治疾病（年度回顾+一图读懂）

肠道菌群的研究今年持续火热，越来越多的证据表明，饮食等环境因素对肠道菌群有很强的塑造作用，用饮食和营养靶向菌群是可行的疾病预防和治疗策略。Nature Reviews的年度回顾系列专门发表短文，介绍了今年该领域的几项重要研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1088753988）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1054681860）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1050487684）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1066456444）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1097013359）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1063070604），非常值得感兴趣的读者认真阅读。

肠道菌群饮食环境因素遗传 2型糖尿病

菌群结构影响因素

现代化程度影响人群肠道菌群结构

人类肠道菌群结构受现代化水平、生活方式的影响。本论文指出，喜马拉雅地区四个农业化程度不同的传统部族，其肠道菌群结构的差异与生活方式、水源和能源的不同有关；而且随着生活方式的转变，肠道菌群类型的转变可在一个人群世代内发生。该结果对研究人类肠道菌群的影响因素、分析菌群类型转化及其对宿主的影响具有参考价值。

菌群结构影响因素喜马拉雅原始部族生活方式环境因素 Jingsi Yang

婴儿肠道菌群

Nature：婴幼儿肠道菌群发育的3个阶段

Nature刚刚上线的第二篇基于TEDDY研究的论文，由美国贝勒医学院主导，用16S和宏基因组学法分析903名婴幼儿从3月龄至接近4岁期间的1.2万份粪便样本，主要总结了幼年期人体肠道菌群的发育特征，也分析了1型糖尿病相关的菌群因素，可与另一项研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1056909634）搭配阅读。相关发现对于理解婴幼儿肠道菌群建立和发育规律、喂养方式对肠道菌群的影响，以及以此为基础的菌群相关疾病研究，都有重要参考价值，不过这些规律背后的生理意义和对健康的影响，仍需后续研究阐释。

婴儿肠道菌群母乳喂养肠道菌群发育分娩方式环境因素

微生物网络

如何从微生物网络的“毛线球”中理出头绪（综述）

微生物网络是一种越来越流行的研究微生物群落结构的工具。它整合了多种类型的信息，可代表系统级行为。解释这些网络并不简单，网络属性的生物学含义尚不清楚。FEMS Microbiology Reviews就网络的构建、解读、验证等作出详细解读，值得专业人士特别关注。

微生物网络生态网络枢纽物种环境因素

动物模型

肠道菌群的差异可能影响疾病小鼠模型的表型

在格雷夫斯病患者中，促甲状腺素受体自身抗体引起甲状腺功能亢进，许多患者发展出格雷夫斯眼病。在Microbiome上发表的一项最新研究中，发现不同实验室构建的格雷夫斯眼病小鼠模型的表型有所差异，而肠道菌群的差异可能在其中起重要作用。

动物模型环境因素格雷夫斯眼病 Maaike Buskermolen Maaike Buskermolen

寄生虫感染

环境因素影响小鼠对肠道寄生虫感染的易感性

PLoS Biology上发表的一项研究，揭示了环境因素可能影响宿主肠道的寄生虫易感性。

寄生虫感染环境因素

鸡肠道菌群

FM：鸡的肠道菌群，宿主和环境都不可小觑（综述）

Frontiers in Microbiology[IF：4.076]近期发表的关于鸡肠道菌群研究的综述文章，罗列了一系列可能被忽略、但对菌群结构研究至关重要的宿主和环境因素。不仅仅对研究禽类肠道菌群、优化养殖模式具有重要参考价值，也对其他领域的菌群研究——尤其是基于大数据的荟萃分析——具有一定的指导作用，值得参考。

鸡肠道菌群宿主因素环境因素

炎症性肠病

一图读懂：促进IBD的所有已知环境因素（必读）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF：13.678]刚刚Online的关于炎症性肠病中的环境因素的必读综述，最近很长时间没有见到这样简洁明了的文献了，为此我们也特别制作了久违的“一图读懂”，希望能帮助到感兴趣的人。特别推荐！

炎症性肠病环境因素微生态失衡

炎症性肠病

JAMA子刊：遗传之外，已知促IBD因素的全面总结（综述）

这是一篇JAMA Pediatrics[IF：10.251]发出的重要的综述，对所有可能促进炎症性肠病（IBD）发生的环境因素进行了系统性总结，是一篇“知识库”型的综述，值得认真看看。

炎症性肠病环境因素发病机制 Hong Wei Shiming Yang

南极土壤

Microbiome：南极土壤中的病毒组

针对南极土壤中病毒组的研究，特别推荐。

南极土壤环境因素病毒 Antarctica Soil

参考基因集

史上最多双胞胎菌群测序：250人，鉴1140万基因+800万SNP

华大基因参与的一项研究，对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序，建立起包含1140万个基因的肠道菌群参考基因目录（比2014年同样由华大参与并发表在Nature Biotechnology的988万又多了一百多万个），同时还鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP，并明确肠道菌群的可遗传性和环境因素的影响。这又是一篇宏基因组测序的重要文章，特别推荐！值得一提的是，该文主要作者都在我们的Hi Microbes系列群里，这篇文章也是今年群友发出的最重要文献之一。

参考基因集宏基因组测序 SNP 遗传因素环境因素

人体功能性基因组计划

Cell：非基因因素和环境，也影响细胞因子和免疫功能

① 本研究是人体功能基因组学计划的一部分，评估环境及非遗传宿主因素对人体细胞因子反应的影响；② 在534个健康人中，用19种包括细菌、真菌、病毒、非微生物在内的刺激源，分析6种刺激后产生的细胞因子与上述因素之间的关联；③ 非遗传宿主因素（如年龄、性别）对细胞因子产生有很大影响；④ 每年的四季变化是一个影响细胞因子产生的重要环境因素，alpha-1-抗胰蛋白酶的浓度介导细胞因子反应的季节性，维生素D的影响效果则很有限。

人体功能性基因组计划功能基因组细胞因子宿主因素环境因素

怀孕

SR：母亲到底如何影响孩子早期的肠道菌群？

母亲的种族、母乳喂养、生产方式、婚姻状况、吸烟及户内宠物等因素均对新生儿早期肠道菌群的组成有各自独立的影响，具体都有哪些，这个研究值得认真读一读。

怀孕社会文化环境因素早期肠道菌群 Patrice D Cani

饮食

CDR：肠道免疫与一型糖尿病有何关联？（综述）

一型糖尿病是如何发生的？这篇文章给出了一些思路，值得一读。

饮食自身免疫病环境因素肠道菌群一型糖尿病