antibiotic resistance

全球各国均采取了许多卫生措施来控制新冠肺炎流行。来自mSphere上发表的一篇Perspective提出了一种新的观点，认为保持社交距离等卫生措施虽然能够有效地控制新冠病毒的传播，并减少抗生素耐药细菌的传播，但可能破坏人与人之间的菌群共享，而与之相关的菌群失调可能影响各类疾病的易感性及新冠肺炎患者的预后。未来的研究中，需要同时考虑对新冠肺炎流行的控制以及人体菌群的多样性。

COVID-19 Microbiome social distancing person-to-person transmission Dysbiosis

羊毛硫抗生素

羊毛硫抗生素在疾病治疗中的巨大潜力（综述）

开发新的抗菌药物是抑制耐药菌出现的关键，唾液链球菌可能是发现新的唾液链球菌素的丰富宝库。在抗生素耐药性普遍出现的现代，唾液链球菌素的独特结构和作用方式使得其在开发新的抗生素和新颖的抗菌疗法方面具有巨大的价值。发表在Trends in Microbiology的一篇综述描述了羊毛硫抗生素唾液链球菌素的生物合成、抗菌活性、结构和作用方式，并为微生物学这一重要领域的未来发展提供了意见和建议。

羊毛硫抗生素 Bacteriocins antibiotic resistance Streptococcus salivarius lantibiotics

呼吸道菌群

流感病毒感染期间患者上呼吸道的抗生素耐药性及宿主-菌群互作

呼吸道菌群 antibiotic resistance Upper respiratory tract infection Microbiome Influenza infection

肺炎链球菌

Cell子刊：感受态抑制剂阻止抗性基因传播

抗生素耐药性感染是全球公共卫生的主要威胁。某些用于治疗肺炎链球菌（Sp）感染的抗生素可促进其感受态形成和外源DNA摄取，从而加大了其成为多药耐药株的风险，因此亟需开发新的方法防止耐药性扩散。发表在Cell Host & Microbe的一项研究鉴定了一系列Sp感受态抑制剂，通过抑制细菌质子动力防止其感受态形成进而减少水平基因转移。研究表明，该作用方式与抗生素不同，细菌无法通过突变获得对感受态抑制剂的抗性。该研究为防止毒力因子和抗性基因的传播提供了新的策略。

肺炎链球菌感受态抑制剂 antibiotic resistance horizontal gene transfer Streptococcus pneumoniae

候鸟

中科院微生物所团队：候鸟肠道菌群中的耐药组

人及动物的肠道菌群可能作为抗生素耐药基因的“蓄水池”。来自中国科学院微生物研究所的高福团队及朱宝利团队在Microbiome上发表的一项最新研究，对多种不同的候鸟物种的肠道菌群宏基因组进行了分析，重点关注了其中的抗生素耐药基因的多样性与丰度，提示候鸟可能作为环境中抗生素耐药基因的传播者。

候鸟耐药组 Microbiome Resistome antibiotic resistance

新型抗生素研发

Cell：用人工智能发现新型抗生素

抗生素耐药性是普遍存在的公共卫生问题，需要采用创新的方法来开发新药物。近期Cell以封面文章的形式发表了一项用机器学习来研发新型抗生素的研究，使得人们能从化学文库中根据分子结构来找出有潜在抗菌活性的化合物，为研发新型抗生素开辟新道路。

新型抗生素研发 antibiotics antibiotic resistance antibiotic tolerance machine learning

抗生素耐药菌

人类引起环境中的抗生素耐药基因爆发，原因何在？

人类活动可影响环境中的细菌耐药组，但这是否是源于人体耐药菌的直接增殖，尚不清楚。Microbiome发表的这项研究表明，人粪便中的耐药菌携带的抗生素耐药基因，能转移至环境中的近亲细菌中，从而可能造成了环境耐药组的爆发。

抗生素耐药菌 antibiotic resistance Antibiotic resistance gene Resistome mobile genetic element

可移动遗传元件

Cell子刊：用MGEfinder分析细菌中的可移动遗传元件

细菌的演化主要通过DNA突变和可移动遗传元件（MGE）的转移，《Cell Host and Microbe》发表的这项研究介绍了一个用于分析MGE的生信工具MGEfinder，并用其分析了9种细菌病原体，为MGE如何影响抗生素耐药性、毒力和致病性提供了新见解。

可移动遗传元件 Mobile genetic elements transposable elements bacteria Pathogen

抗生素耐药性

抗生素耐药的脱靶效应：有何危害？如何预防？（综述）

抗生素（尤其是广谱抗生素）可影响非目标细菌，这种脱靶效应可导致非目标细菌产生耐药性，可加剧耐药性问题。Trends in Microbiology近期发表的综述对此进行详细讨论，值得关注。

抗生素耐药性 antibiotic resistance antimicrobial stewardship evolutionary medicine Microbiome

纳米孔测序技术

NanoARG:一个用于检测纳米孔测序宏基因组数据中细菌耐药基因的在线平台

NanoARG中的Nano代表着这是一款专门为纳米孔测序结果开发或优化的抗性基因分析软件。

纳米孔测序技术 antibiotic resistance metagenomics Metal resistance Mobile genetic elements

宏基因组分析方法

培养富集+测序可揭示肠道细菌核心及附属基因

宏基因组分析方法 Microbiome antibiotic resistance Pangenome Metagenomics assembly comparative genomics

抗生素耐药性

重视噬菌体在抗生素耐药性发生发展中的作用

抗生素耐药性已经成为危害公众健康的重要因素。《Trends in Microbiology》近期发表评论文章，指出了噬菌体在抗生素耐药性产生、持留和扩散中的重要作用，呼吁建立统一的分析、监测网络来促进耐药性防控。

抗生素耐药性噬菌体 environmental settings bacteria antibiotic resistance

噬菌体疗法

后抗生素时代的噬菌体疗法（综述）

在抗生素时代来临之前（1940左右），噬菌体已经被用于人类疾病的治疗。随着抗生素的发现和广泛应用，噬菌体疗法逐渐式微。如今，由于抗生素耐药性的不断加剧，噬菌体疗法再度进入人们的视线。再度归来的噬菌体疗法同时也带来了新的治疗策略，包括与抗生素联用，利用噬菌体衍生酶、噬菌体抗性和噬菌体生物工程等。

噬菌体疗法抗生素耐药菌 antibiotic resistance bacteriophage therapy Bacteriophages

抗生素耐药性

生食蔬菜具有传播抗生素耐药性的风险

生食蔬菜是传播人类病原菌和耐药基因的重要媒介。本研究通过直接提取菌群基因组、富集培养、质粒提取等手段，发现德国零售的生食蔬菜中含有多种具有传播性的耐药质粒，以及耐药性大肠杆菌，验证了生食蔬菜传播耐药性的潜在作用。该研究利用的检测方法，表明不依赖培养的菌群基因组检测手段具有一定的局限性，检测低丰度菌群时敏感度不足。

抗生素耐药性 Escherichia Coli IncF IncI antibiotic resistance

室内菌群

新开幼儿园的室内菌群如何随时间改变

Microbiome近期发表一项室内菌群研究，分析了挪威一家新开的幼儿园在11个月内的室内地板灰尘菌群的变化，检测了其中含有的抗生素耐药基因，相关发现对研究幼儿园室内微生物暴露对儿童健康的影响有一定参考价值。

室内菌群 antibiotic resistance built environment Dust analysis Indoor microbiome

建筑环境菌群

建筑环境微生物学对健康与设计的启示——NCSE研讨会报告

现代社会中，建筑环境中的菌群可对人体健康产生持续性的长期影响。Microbiome近期发表了美国国家科学与环境委员会（NCSE）2017年“建筑环境微生物学：对健康与设计的启示”研讨会的报告，主要涉及几方面的研究与政策转化问题：室内微生物与儿童哮喘、医院设计对新生儿的影响、建筑管道系统内的菌群、抗生素耐药性和定量微生物风险评估等，值得专业人士关注和参考。

建筑环境菌群 antibiotic resistance bacteria Design Exposure

微流体技术

PNAS：微流体法用于从菌群中高通量筛选新型抗生素

利用微流体技术将病原菌与菌群中的个体包裹，实现了高通量的共培养和筛选，最终发现了具有抑制病原菌活性能力的抗生素生产菌，并分析了抗生素的合成和调控途径。PNAS上的这篇研究再一次凸显出微流体技术在高通量筛选上的巨大优势。

微流体技术药物筛选 Microbiome Microfluidics deep functional profiling

抗生素耐药性

结合进化生物学研究临床相关耐药质粒（综述）

耐药性质粒是临床致病菌获得抗生素耐药性的重要途径。研究耐药质粒在宿主细菌中的持留机制对预测耐药性变化、研究响应耐药性管控措施意义重大。本文作者从进化生物学角度提出了耐药质粒持留的潜在机制，并总结了一系列研究质粒-宿主细菌互作的实验方法和手段，值得专业人士关注。

抗生素耐药性耐药质粒临床菌株基因水平转移 antibiotic resistance

益生菌

益生菌如何抑制食源性感染（综述）

Critical Reviews in Food Science and Nutrition上发表的一篇综述文章，介绍了各种益生菌对大肠杆菌O157:H7等多种食源性致病菌，以及食源性病毒的抑制作用及作用机制。

益生菌食源性感染 antibiotic resistance BACTERIAL INFECTION Foodborne pathogens

抗生素耐药基因

Microbiome：新方法预测ARG，更准确

弗吉尼亚理工学院Zhang Liqing主导，开发了一种新的基于深度学习的方法，以从宏基因组数据中鉴定抗生素耐药基因，并证明了该方法的优越性，该研究在近期的Microbiome[IF：8.496]上线，推荐专业人士参考。

抗生素耐药基因数据处理深度学习 antibiotic resistance Deep learning

抗菌肽研发

Cell：新一代抗菌肽高效筛选平台

抗菌肽是非常有潜力的新一代抗菌剂，有望用于抗击日益严重的抗生素耐药性问题。本研究开发了一个可用于高通量筛选抗菌肽的平台，对于待筛选的肽链的长度、结构和组成均没有限制，可大大拓展我们对抗菌肽理化结构的认识，对开发新一代抗菌药物具有积极的参考价值，值得专业人士关注。

抗菌肽研发高通量筛选平台抗生素耐药性 antibiotic resistance bacteria

AKK菌

彭永正等：对39株Akk菌菌株进行的基因组分析

这是南方医科大学附属珠江医院团队对不同株的Akk菌进行的基因组比较分析，在大家异常关注Akk菌帮助抗肿瘤的日子里，这样比较Akk菌株基因组的研究更很值得关注。特别推荐！

AKK菌 Akkermansia muciniphila antibiotic resistance Genome diversity Mammalian gut microbiota

抗生素耐药

Microbiome：中国城市污水中耐药基因高启，过半或来自人体！

这是来自中科院城市环境研究所和香港大学团队联合完成的研究，对中国城市污水中的耐药基因进行定量分析，这是中国相关领域的里程碑似研究，其中发布的中国不同地区耐药基因丰度图，很直观，很经典，预计会被经常引用。强烈推荐本文！

抗生素耐药耐药基因抗性组污水处理 antibiotic resistance

抗生素耐药性

TG：非抗生素依赖性的耐药性突变（综述）

① 抗生素使用导致耐药性细菌的选择性积累及传播，然而抗生素耐药性也可能在无抗生素暴露的情况下积累；② 抗生素通常被设计为靶向广泛分布的调节性管家基因；③ 一些研究发现，许多抗生素靶向的调节性管家基因可作为条件适应的中心，与抗生素暴露无关，本综述介绍了相关的最新研究进展；④ 调节性管家基因的某些突变为细菌提供了抗生素耐药性及与抗生素暴露无关的适应性作用。

抗生素耐药性 adaptation antibiotic resistance evolution fitness effects

口腔菌群

MOM：如何靶向性消灭口腔致病菌？（综述）

传统方法清除和控制口腔里的致病菌，往往要破坏正常菌群，那可能有哪些靶向性的方法呢？这篇综述系统性总结了相关研究，很值得一读。

口腔菌群靶向性抗菌疗法 antibiotic resistance antibiotics Microbiome

同步疗法

MP：益生菌助力抗幽门螺旋杆菌同步疗法

根除幽门螺杆菌的治疗中，使用益生菌，有益处么？从这篇文章看，还是可期的。

同步疗法益生菌抗幽门螺旋杆菌疗法 antibiotic resistance Concomitant therapy

肠球菌

Cell：从古生代的起源开始，追寻肠球菌的进化足迹

肠球菌的进化史，Cell出品，懂行的人会兴奋的。

肠球菌进化史 Enterococcus Paleozoic antibiotic resistance

antibiotic resistance

Microbiome：人、动物及环境抗性组的结构及多样性

比较人、动物和环境中的抗生素耐药基因、可移动遗传元件（MGE）及细菌分类学组成，会有怎样的发现？看看这篇文章。

antibiotic resistance Biocide resistance Environmental microbiome human microbiome metagenomics

Clostridium difficile

JCM：应对艰难梭菌，有什么疗法？（综述）

关于潜在的艰难梭菌感染疗法的综述，值得一读。

Clostridium difficile antibiotic resistance bacteriocin faecal microbiota transplantation (FMT) genome sequencing