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Shi Huang
文章数:7篇
宏基因组学
诸奇赟+黄适:OGU一种不依赖分类学的宏基因组分析方法
与16S rRNA基因扩增子测序相比,宏基因组学是一种强大的但在计算上具有挑战性的技术,可用于解析微生物群落组成和结构。目前,对于宏基因组数据的分析主要基于分类学,但在特征解析方面存在一定的局限性。亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者,与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章,开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位(OGU),OGU法不依赖于分类学,直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。Woltka(https://github.com/qiyunzhu/woltka)是实现该方法的生物信息学工具,已集成在QIIME2软件包和Qiita平台中,未来,将促进宏基因组学研究中广泛采用OGU方法。
宏基因组学
研究论文
生物信息学分析
鸟枪法宏基因组测序
益生菌
张家超+翟齐啸+黄适:益生菌摄入引起原住肠道菌群普适性改变
海南大学张家超、江南大学翟齐啸和加州大学圣迭戈分校黄适与团队的研究成果。益生菌对原住肠道菌群的影响是益生菌的安全性和有效性的重要评估。本文基于11个开源宏基因组数据库,深入分析了益生菌对SNVs的影响。本文从一定程度上展现了益生菌和本土菌群的共进化,值得相关人士关注。
益生菌
单核苷酸变异体(SNVs)
Faith系统发育多样性
Rob Knight团队:Faith系统发育多样性的高效计算及其在菌群特征分析中的应用
基于系统发育、系统基因组树和稀疏数据分析的算法和资源进步的推动,作者开发了一种新的算法——即 Stacked Faith 的系统发育多样性 (SFPhD),用于快速计算 Faith's PD。此外,作者旨在证明基于系统发育分析的在宏基因组研究中是值得关注的角度,之前在这些研究中该指标不常使用。基准测试的代码可在 GitHub (https://github.com/biocore/faiths-pd-benchmarking) 上找到。对 FINRISK 宏基因组数据进行基准测试所需的数据和代码也可在 GitHub 上获得。SFPhD 代码可在 unifrac Python 包 (https://github.com/biocore/unifrac) 中找到。
Faith系统发育多样性
SFPhD
计算资源
多样性差异
算法
益生菌植物乳杆菌HNU082
张家超+Rob Knight:趋同进化vs.差异调节-益生菌的适应性突变
益生菌在宿主肠道内定植适应的机理尚不清晰,特别是缺乏其遗传进化的体内研究。海南大学张家超团队与UCSD的Rob Knight合作在Microbiome上发表文章,以植物乳杆菌HNU082(Lp082)为益生菌模型菌株,揭示其在不同宿主肠道中高度趋同的适应过程和策略。相反,宿主肠道菌群对Lp082的引入呈现出不同反应与互作。而作为‘暂驻菌’,益生菌的引入对肠道常驻菌群遗传组成的影响常常被忽略。
益生菌植物乳杆菌HNU082
进化适应
研究论文
宏基因组学
Nature子刊:刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响
本文通过严谨的论证分析,量化了宏基因组学物种分类工具所产生的两种相对丰度类型的差别,对于混淆两种丰度所产生的影响进行了全面系统地研究。作者通过数据模拟,对宏基因组物种分类工具的输出结果进行了深度解读,提出了基于不同丰度类型的双层评价标准,为解决微生物组研究中如何选择宏基因组学物种分类工具的问题提供了重要依据,也对微生物组标准化研究提出了一系列建设性的意见。作者呼吁整个菌群研究界应更多地关注由于忽视序列丰度和物种丰度之间的区别而引起的潜在误导性生物学结论。本文第一作者是哈佛大学医学院的孙政博士和加州大学圣地亚哥分校的黄适博士,Rob Knight教授和刘洋彧教授为本文的通讯作者。
宏基因组学
序列丰度
物种丰度
物种分类工具
DNA-to-DNA
衰老
南昌大学徐振江等:微生物组或可预测人的实际年龄
研究表明,肠道微生物组会随着年龄的增长而变化,甚至会加速成年人的衰老。与身体其他部位相比,肠道微生物组的年龄相关变化是否更为显著?能否从微生物组样本中预测一个人的实际年龄?目前并没有定论。最近mSystems发表南昌大学徐振江与UCSD的Rob Knight团队合作的研究,结合了来自包括中国、美国等不同国家的几项大型队列研究,以确定身体哪个部位(肠道、口腔和皮肤)的微生物组可以最准确地预测成年个体的实际年龄。结果发现,皮肤微生物组的预测结果最佳。本研究为进一步研究微生物组在加速或减缓衰老过程中的作用,及在与年龄相关的疾病易感性中的作用奠定了基础,并有助于开发潜在的微生物靶向治疗策略,延缓衰老。推荐阅读。
衰老
肠道菌群
皮肤菌群
口腔菌群
预测年龄
多组学分析
多组学分析饮食、代谢产物和肠道菌群的关系
《Frontiers in Genetics》近期发表一项基于健康人的研究,着重分析了饮食、肠道微生物组和人体代谢组之间的关联。
多组学分析
Microbiome
Diet
metabolome
Multi-omics analysis