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文章数：7篇

刘文俊+刘文君等：暴露于太空环境或会促进益生菌产生荚膜多糖？

太空环境具有强辐射、微重力和超真空的特点，是比其他单一条件更具有诱变性的环境。虽然太空环境极端复杂，但微生物普遍表现出较高的遗传和表型适应性。因此，将微生物暴露在太空中可以产生具有新颖和理想性质的微生物。2020年5月5日，新一代载人飞船试验船发射成功（远地点为7970公里），其中，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室联合华润江中，搭载鼠李糖乳杆菌Probio-M9随飞行任务至太空参与相关试验，希望经过太空的微重力、高能粒子辐射等复杂环境诱导，产生性状更加优良的益生菌菌株。近日，内蒙古农业大学张和平团队刘文俊、华润江中刘文君及团队在Microbiology spectrum发表了相关研究成果，发现暴露在太空中的部分Probio-M9菌株wze (ywqD)基因会突变，产生荚膜多糖（具有潜在的营养价值和生物活性），并可以稳定遗传。总之，该研究表明空间诱变是一种很有前途的诱导益生菌稳定变化的策略，值得关注。

太空环境鼠李糖乳杆菌Probio-M9 研究论文基础研究荚膜多糖

生物信息学工具

BiG-MAP：用于分析菌群中代谢基因簇丰度和表达的自动化流程

本研究讲述了 BiG-MAP，这是一种生物信息学工具，作者描述了该工具及其功能，以及使用模拟群落进行的验证。其用于分析宏基因组和宏转录组数据中基因簇的丰度和表达水平，并评估它们在不同条件下的差异丰度和表达，作者还使用口腔菌群数据集，展示了如何使用它来产生关于基因簇在介导宿主表型中的功能作用的假设。

生物信息学工具口腔菌群基因簇差异丰度

中科院微生物所Science：护卫CRISPR-Cas的全新毒素-抗毒素RNA系统

中科院微生物所向华/李明组在自然界分布最广泛的I型CRISPR-Cas基因簇内部发现了一类特殊的RNA“暗物质”：一类前所未见的对其偶联的CRISPR-Cas系统具护卫功能的一对RNA的毒素-抗毒素（CreTA）系统。由于CRISPR-Cas系统可利用RNA抗毒素CreA控制RNA毒素CreT的表达，使宿主菌无法丢失其CRISPR-Cas系统（对其“上瘾”）。因为一旦CRISPR-Cas组分被破坏，就会诱导CreT毒素的表达，从而抑制甚或杀死该宿主菌，从而保护了CRISPR-Cas系统在细胞群体中的稳定存在。这一“成瘾”机制的发现为理解CRISPR-Cas系统的稳定性维持和广泛性分布提供了全新视角，同时该文还揭示了一大类前所未知、功能多样的小RNA，开辟了一个全新的研究领域。

CRISPR-Cas CreTA 小RNA 基因簇基因调控

华中农大：鉴定植物免疫攻击的病原菌蛋白

植物学权威期刊Nature Plant发表了华中农业大学教授、马普植物分子育种研究所独立PI Kenichi Tsuda团队在植物与病原菌互作领域的研究成果。研究人员利用植物体内原位细菌转录组及蛋白质组学技术，建立了病原细菌基因调控网络，报道了被寄主免疫系统攻击的病原细菌主要调控途径，并发现了植物免疫系统能够靶标病原菌的三型分泌系统元件，进而抑制病原细菌生长。

植物免疫丁香假单胞菌转录组水杨酸基因簇

唾液酸代谢

Nature子刊：肠道活泼瘤胃球菌如何利用唾液酸？

唾液酸（N-acetylneuraminic acid，Neu5Ac）是结肠黏蛋白聚糖最常见的末端结构，可作为多种肠道微生物包括瘤胃球菌（Ruminococcus gnavus）的营养源。此前研究表明，R.gnavus利用反式唾液酸酶降解粘蛋白以释放2,7-脱水唾液酸，而不是唾液酸。《Nature Microbiology》上的一项研究揭示了R.gnavus体内2,7-脱水唾液酸的代谢途径，包括特异性转运蛋白对2,7-脱水唾液酸的转运、氧化还原酶催化其生成唾液酸以及特异性醛缩酶催化唾液酸生成N-乙酰甘露糖胺等过程。进一步体外研究发现，当nan基因簇突变时，R. gnavus无法在唾液酸基质中生成，也无法有效定植到无菌小鼠的肠道黏液层。本研究揭示了细菌中一种独特的唾液酸代谢途径，对阐明健康和疾病宿主肠道内以黏液为生的共生菌群对肠道的空间适应具有重要意义。

唾液酸代谢活泼瘤胃球菌基因簇小鼠实验转运

antiSMASH数据库

antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

源于微生物的天然产品经常用于抗菌和抗癌药物、杀虫剂、除草剂或杀菌剂。近二十年来，基因组数据的不断增加，使通过基因组挖掘来获取化合物的生物合成簇成为可能。antiSMASH是该领域最流行的工具之一。自2011年首次发布以来，antiSMASH已成为次级代谢产物基因组挖掘的标准工具，antiSMASH数据库为许多公开可用的微生物基因组提供预先计算的antiSMASH结果，并允许进行高级跨基因组搜索。目前是该任务最广泛使用的软件流程，引用超3000次。

antiSMASH数据库次级代谢产物预测注释基因簇

SR：长双歧杆菌SC596如何优先利用岩藻糖基化母乳低聚糖？

① 婴儿肠道菌群中通常定殖有长双歧杆菌的两个亚种：B. infantis及B. longum；② 所有B. longum菌株均可有效利用乳-N-四糖，某些菌株可利用岩藻糖基化的母乳低聚糖；③ B. longum SC596能够在母乳低聚糖营养下很好地生长，优先利用岩藻糖基化的母乳低聚糖；④ B. longum SC596含有一种新的基因簇，使其可利用岩藻糖基化的母乳低聚糖；⑤ 基因簇中包括运输岩藻糖基化分子的基因、岩藻糖代谢基因及2种岩α-藻糖苷酶基因。

基因簇长双歧杆菌SC596 岩藻糖基化母乳低聚糖 Mei Zhang