Georg K Gerber

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Georg K Gerber

文章数：9篇

复发性艰难梭菌感染

用肠道代谢物预测艰难梭菌感染复发

艰难梭菌感染（CDI）患者中，有一小部分在抗生素治疗后会复发。Microbiome近期发表研究，对53名CDI患者进行了前瞻性的多时间点采样，揭示了与CDI复发相关的肠道菌群和肠道代谢组特征，表明治疗后的特定肠道代谢物（而非肠道菌群）数据可用于预测后续的复发风险。

复发性艰难梭菌感染肠道菌群肠道代谢组预测模型

细菌间互作

Cell子刊：共生菌塑造肠道环境，影响致病菌感染

肠道共生菌与致病菌间存在复杂的互作关系，Cell Host and Microbe发表的这项研究，采用多组学的系统生物学方法，在艰难梭菌感染小鼠模型中，探索了不同的梭菌属细菌（ Paraclostridium bifermentans 和 Clostridium sardiniense ）如何调控致病菌定植、生长和毒力从而影响宿主生存。这些发现为研发抗艰难梭菌的细菌疗法带来启示。

细菌间互作艰难梭菌感染肠道菌群

高分辨时间剖面揭示菌群-低聚糖互作

研究利用高分辨时间剖面以及MC-TIMME2模型对低聚糖干预的健康人群的肠道菌群进行追踪和分析。研究结果显示，不同低聚糖的干预下，肠道菌群呈现出一致、持续性且差异化的动态变化，且与干预的剂量和顺序无关。菌群对不同低聚糖的发酵代谢机制也不同。

低聚糖 Dynamics gastrointestinal Glycans Human

MITRE ：利用系统发育信息寻找时间序列中微生物组和宿主的关联

肠道微生物与人类多种疾病密切相关。高通量测序让我们看到了整个微生物群落，但庞大的数量对于我们寻找微生物组内，微生物组同宿主之间的关系却不利。本文作者在之前的研究中提出MDSINE算法用于寻找微生物组时间序列中的菌群动态变化特征。在这里作者又试图处理微生物组变化同宿主状态变化之间的联系并尝试预测，进而开发了工具MITRE：一种基于贝叶斯框架开发的有监督的机器学习方法。与传统随机森林，逻辑回归等机器方法所不同的是，这一工具整合了系统发育信息，作者表示这将更容易发现生物学解释。软件采用python编写，可在github上获取供大家使用。

生物信息时间序列关联纵向研究机器学习

Nature子刊：菌群疗法诱导特定T细胞，或是治疗食物过敏新策略

食物过敏（FA）与肠道菌群失调相关，《Nature Medicine》上线的一项最新研究，对FA婴儿的肠道菌群特征进行了纵向分析，鉴定出菌群失调和肠道免疫异常的特征，在小鼠中验证了FA菌群的致病性，通过细菌疗法有效抑制了小鼠FA，并揭示出背后的生物学机制，表明ROR-γt+ Treg细胞在改善FA中具有关键作用，这些发现为深入理解肠道菌群在FA中的作用，以及开发菌群靶向疗法来治疗FA，有重要意义。

食物过敏 Allergy Applied microbiology Dysbiosis immune tolerance

Cell子刊：噬菌体对肠道菌群和代谢组的影响不容小觑

噬菌体如何在体内影响菌群？《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究，使用限菌小鼠模型，揭示出噬菌体对其靶细菌的直接影响，可对菌群造成级联效应，波及其它菌群成员，导致肠道代谢组改变，从而可对宿主产生影响，这些发现对于研究靶向肠道菌群的噬菌体疗法，很有参考意义。

噬菌体 Bacteriophage virus gut microbiome microbiota

数据模型协助开发菌群干预手段

功能菌群的选择是开发菌群干预手段的主要挑战。本研究利用建模和数据分析来选择功能菌群，用于菌群干预、免疫调节，模型预测结果与实验测的数据有显著关联，可用于指导功能菌群的设计和选择。研究成果对于开发菌群干预、免疫调节的新手段具有参考价值，值得专业人士关注。

菌群疗法数据模型计算机辅助菌群设计

肠道炎症监测

Nature子刊：工程改造的细菌，用于长期监测肠道炎症

① 本文报道了一种工程改造后的大肠杆菌，可在小鼠肠道中维持功能稳定达6个月之久；② 可利用这株细菌检测连四硫酸盐，后者主要在炎症过程中产生；③ 在小鼠共生大肠杆菌NGF-1中构建一个“细菌记忆装置”，并同时表达鼠伤寒沙门氏菌的ttrR/S基因、PttrBCA启动子及其调控的Cro基因；④ 连四硫酸盐可使TtrS磷酸化，并磷酸化TtrR，后者在无氧条件下通过PttrBCA激活Cro基因表达；⑤ Cro蛋白的表达可开启记忆装置，伴随着lacZ报告基因的表达。

肠道炎症监测菌株改造连四硫酸盐

多发性硬化

NC：多发性硬化患者的肠道菌群有什么改变？

两篇多发性硬化患者肠道菌群的文章，IF相差一半，差距在哪里？[呲牙] 发Scientific Reports的团队会不会感觉有点小郁闷？

多发性硬化肠道菌群 Q Zhang Kai-Yong Liu