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Microbial diversity
文章数:18篇
早期菌群紊乱
鸵鸟雏鸟高死亡率或与菌群失调有关
菌群失调导致的肠道、自体免疫疾病在脊椎动物包括小鼠、人类IBD中被充分验证。但我们对于非模型动物的菌群紊乱、个体发育与疾病的关系则知之尚少。最新发表的肠道微生物组文章表明,在鸵鸟这种相对长寿的大型禽类中,出生前三个月的死亡率非常高,或可由肠道菌群紊乱导致。值得思考的是鸵鸟肠道菌群失调的特征、致病共生菌和“有益”共生菌的变化模式与人类相似。或许在进化过程中,致病“肠型”在不同物种间相对恒定?
早期菌群紊乱
死亡率相关
Dysbacteriosis
Gut microbiota
Microbial diversity
抗生素抗性组
中科院朱永官团队:家庭灰尘中的微生物组是不应被忽视的抗生素耐药基因来源
中国科学院城市环境研究所和生态环境研究中心朱永官院士及团队在Environment International 发表的文章,调查了北京82个家庭落尘样本中的细菌和真菌群组成及其抗生素抗性组,研究结果令人警醒。
抗生素抗性组
环境微生物组
Microbial diversity
Geographical distribution
bacteria
过敏性疾病
生命早期的菌群发育与过敏性疾病风险
婴幼儿时期的肠道菌群发育影响免疫系统的发育及口服耐受的诱导。Gastroenterology上发表的一项纵向研究结果,对不同年龄的婴幼儿的粪便菌群多样性及组成进行分析后发现,出生方式影响了生命早期的粪便菌群组成,而饮食(特别是停止母乳)显著影响了随后的菌群组成。另外,菌群发育与多种过敏性疾病的风险相关。
过敏性疾病
eczema
Microbial diversity
microbial age
specific IgE
花青素
花青素或通过调节肠道菌群缓解腹部脂肪性肥胖
黄酮类化合物的摄入可以调节体内的肠道菌群。本文重点关注花青素的摄入与人体内脏脂肪以及皮下脂肪的相关性,以及在此过程中肠道菌群的作用。研究结果显示,较高的花青素摄入与人体VAT含量降低有关,且这种相关性的18.5%可由肠道菌群变化解释。肠道菌群的变化主要体现在,高摄入花青素的条件下,人体肠道菌群多样性以及梭菌目丰度增加。
花青素
flavonoids
anthocyanins
Gut microbiota
Microbial diversity
微生物组基因多样性
Cell子刊:人消化道中海量的微生物基因,有一半是“独特的”
人类微生物组中有多少微生物基因?Cell Host and Microbe上周发表的一项研究分析了3600多个人口腔或肠道的宏基因组,鉴定出超过4500万个微生物基因,发现每个人有一半的微生物基因是独特的,这些基因具有多样化的潜在功能,主要存在于稀有菌株中。这些发现揭示了人类微生物组基因巨大的多样性,为进一步分析微生物组基因和功能与宿主健康的关系打下基础。
微生物组基因多样性
Oral microbiome
gut microbiome
metagenomics
gene catalog
环境菌群
国际空间站中的细菌及真菌群落
《Microbiome》上发表的一项最新研究,对国际空间站中不同区域表面的细菌及真菌群落进行了鉴定,该研究有助于研究密闭、洁净空间中环境菌群状况,不仅有助于载人航天相关研究,对于医疗环境菌群研究也有参考价值。
环境菌群
16S rRNA
Built microbiome
Environmental surface
ITS
培菲康
陈廷涛+李金高等:培菲康减轻鼻咽癌患者放化疗后的口腔黏膜炎
来自南昌大学的陈廷涛和江西省肿瘤医院李金高团队的合作研究,说明来自长双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌的菌株组合(益生菌药物培菲康)可显著降低鼻咽癌患者在放化疗后的口腔黏膜炎,且一定程度证明这是通过调节肠道菌群以增强免疫响应实现的。这是国产益生菌药物制剂针对特定适应症有效的临床RCT证据,很值得益生菌领域的专业人士学习和参考,也给肿瘤医生和患者提供了应对放化疗后黏膜炎症的新思路。
培菲康
concurrent radiochemotherapy
Microbial diversity
Nasopharyngeal carcinoma
Oral mucositis
土壤菌群
浙江大学张志剑:土壤菌群与水稻土溶解有机质息息相关
来自浙江大学张志剑团队在Microbiome上发表的一项最新研究,发现水稻土中的溶解有机质的多样性及组成,与土壤菌群的多样性、组成及代谢通路显著相关。
土壤菌群
Chemodiversity
Dissolved organic matter
FT-ICR-MS
Microbial diversity
不可培养的微生物
估量不可培养微生物的庞大数量
mSystems上的一篇评论文章,对“Phylogenetically Novel Uncultured Microbial Cells Dominate Earth Microbiomes”一文发表了看法,提出了一些原文在分析中存在的问题,包括取样偏差、数据分析方法不完全合适等。
不可培养的微生物
地球微生物组
Amplicon sequencing
metagenomics
metatranscriptomics
乳酸菌
张和平等:分析复杂生物样本中乳酸菌群的特异引物
乳酸菌(LAB)对人体健康有重要意义,但其在粪便等样本中的丰度较低,使得分析其多样性有较大难度。Frontiers in Microbiology近期发表了内蒙古农业大学张和平团队主导的最新研究,设计并检测了一系列LAB特异的PCR扩增引物,并鉴定出其中的最佳者,可用于高通量测序,在种水平上分析粪便等复杂样本中的LAB类别和多样性,值得相关研究者参考。
乳酸菌
lactic acid bacteria
Microbial diversity
specific sequence primers
single molecule real-time sequencing
生物炭
NP:优化生物炭对植物的益生作用
生物炭可促进植物生长并帮助植物抵抗病害,但如何同时最大化这两种功效是一大难题。通过对含生物炭的培养基进行灌溉+施肥的预处理,可优化生物炭对植物的两种益生作用。
生物炭
土壤菌群
灌溉施肥
disease suppression
microbial activity
微生物多样性
BMC生信:高效的微生物搜索引擎Visibiome
介绍高效微生物搜索引擎Visibiome的文章,关注生物信息学的人必读。特别推荐!
微生物多样性
微生物
搜索引擎
Microbial diversity
Microbiome
同种异体造血干细胞移植
AH:肠道菌群对造血干细胞移植有何影响?
这是一篇纳入107例患者的研究,研究分析了患者肠道菌群多样性对同种异体造血干细胞移植的影响,总的说来,菌群与临床治疗效果的影响不大,但在对急性移植物抗宿主病患者的分析中也发现厚壁菌门和拟杆菌门丰度的特征,值得后续研究深入。特别推荐!
同种异体造血干细胞移植
急性移植物抗宿主病
Acute gastrointestinal graft-versus-host disease (GVHD)
Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT)
Intestinal Microbiota
16S rRNA基因
JBT:分析菌群,16S目标区域选择比DNA提取方法重要得多
一篇方法学文献,强烈推荐。
fecal samples
Microbial diversity
next-generation sequencing
sample preprocessing
16S rRNA基因
Archaea
mSphere:超过90%的古细菌多样性被忽视!
肠道菌群肠道菌群,其实不止只有细菌,也不止只有某些关键性细菌发挥核心作用,古细菌、真菌、病毒、寄生虫都值得关注,而不要被忽略。
Archaea
gut microbiome
Microbial diversity
species
interactions
Asiatic black bear
MGG:来自中国不同省份的黑熊肠道菌群特征
IF不高,但来自中国团队,我们在编辑日报的时候看到一般还是会特别推荐。
Asiatic black bear
Gut microbiota
high-throughput sequencing
Microbial diversity
Shruti Naik
access and benefit sharing
TM:《名古屋议定书》可能威胁未来的微生物研究
2010年《生物多样性公约》第10次缔约方大会通过了《名古屋议定书》,希望借此保护生态多样性,但这对微生物组的研究带来了障碍,这篇文章值得大家读读。
access and benefit sharing
bioeconomy
Convention on Biological Diversity
genetic resources
Microbial diversity
intestinal domination
Virulence:肠道菌群如何影响干细胞移植?(综述)
一篇肠道菌群与造血干细胞移植的综述,非常值得一读。
intestinal domination
Microbial diversity
Microbiome
stem cell transplantation