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Sofia K Forslund
文章数:19篇
Nature子刊:循环氧化三甲胺与肾功能的双向关系
宿主-肠道菌群共同代谢产物氧化三甲胺(TMAO)与心血管病风险增加相关。TMAO水平与饮食和肠道菌群结构相关,但其循环水平是如何调节的尚不清楚。近日,Nature Communications发表文章,通过数据驱动的“可解释的”机器学习策略结合流行病学数据证实肾功能是血清TMAO水平的主要预测因素,结合体内外实验阐明了TMAO水平影响肾功能的事实和机制,在此基础上,证实具有保护肾功能作用的糖尿病药物能够降低TMAO水平,为降低TMAO相关心血管风险提供了潜在干预措施。
脊柱关节炎
脊柱关节炎及其伴随疾病的肠道菌群特征
脊柱关节炎(Spondyloarthritides,SpA)是一组具有共同临床和遗传特征的慢性炎症性疾病,常伴随指炎、葡萄膜炎、牛皮癣、炎症性肠病(IBD)等。该疾病具有家族聚集现象,并与HLA-B27基因相关。近期在《Arthritis & Rheumatology》上发表的一项研究发现,患有克罗恩病(CD)、急性前葡萄膜炎(AAU)和脊柱关节炎(SpA)的患者存在相似且特定的肠道菌群组成。研究还发现Fusicatenibacter属细菌与炎症性疾病密切相关,但该细菌在相关疾病中的作用仍需进一步研究。
脊柱关节炎
肠道菌群
自身免疫疾病
益生菌
益生菌/合生制剂对有心血管代谢风险因素患者的血脂影响
Cardiovascular Research上发表的一项荟萃分析结果,总结了40项随机对照试验(共2975名有心血管代谢风险因素的患者)的数据,发现补充益生菌/合生制剂可显著改善多项血脂指标,包括甘油三酯、总胆固醇、LDL胆固醇及HDL胆固醇。
益生菌
荟萃分析
合生制剂
血脂
心血管代谢风险
心血管代谢疾病
Nature子刊:从代谢障碍到心血管疾病,菌群和代谢组发生了什么变化
Nature Medicine发表的这项研究,以缺血性心脏病(IHD)为例,对处于心血管代谢疾病谱系中不同阶段的中年人进行了肠道菌群和代谢组分析,并调整了生活方式和用药这些混杂因素的影响,从而鉴定出从代谢障碍(肥胖/糖尿病)发展到缺血性心脏病的疾病进程中的菌群和代谢组的变化特征。
心血管代谢疾病
肠道菌群
代谢组
全球微生物基因目录
Nature:复旦大学与多国合作构建全球微生物基因集并揭示其生物地理分布模式
复旦大学人类脑智能科学与技术研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略(Luis Pedro Coelho)、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克(Peer Bork)与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作研究,基于全球菌群的概念,将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统,运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘,构建了迄今为止最全面的全球微生物基因集 ,为全球菌群研究迈出了重要一步。该研究同时发现,大多数基因具有栖息地特异性,跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。该研究对于理解抗生素抗性的产生,以及未来抗菌药物的研发具有重要的意义,对于理解微生物与人类健康的关系具有重要的作用,该研究将为地球生态研究和人类健康研究做出重要贡献。
全球微生物基因目录
抗生素抗性基因
可移动遗传元件
栖息地特异性
罕见基因
药物-菌群-宿主互作
Nature:药物对肠道菌群的影响比想象的要大
许多常用药物都会对我们的肠道菌群造成影响。Nature最新发表的一项研究提出了一个研究框架,能够分解药物和疾病对宿主和肠道菌群特征的影响,并将其应用于欧洲MetaCardis队列的2173名个体的多组学研究,量化分析了心脏代谢疾病中单个药物、药物组合、药物累加效应和药物剂量与宿主表型、代谢组和肠道菌群的关联,为药物-宿主-微生物组的相互作用提供了新的假设。
药物-菌群-宿主互作
心脏代谢疾病
饮食-免疫互作
吃得太咸如何影响免疫细胞的功能
高盐摄入是死亡及发病的主要风险因素之一。餐后的血清钠水平短暂升高,并可在炎症部位积累,以影响先天性及适应性免疫细胞的分化及功能。来自Circulation上发表的一项最新研究,发现高盐可抑制小鼠及人单核细胞的线粒体呼吸,从而增强M1巨噬细胞的杀菌功能,同时抑制M2巨噬细胞的免疫抑制作用。在2项健康人参与的试验中,14天或单餐的高盐摄入可显著增加血浆中的钠水平,并降低单核细胞的线粒体耗氧量。
饮食-免疫互作
研究论文
基础研究
啮齿动物(小鼠)
线粒体
高血压
肠道菌群与高血压(综述)
Circulation Research近期发表综述文章,总结了近期关于肠道菌群与高血压的研究进展,并对未来的研究方向提出建议和展望。
高血压
肠道菌群
禁食
Nature子刊:禁食可降低代谢综合征患者的血压及BMI
Nature Communications上发表的一项最新研究,71名代谢综合征患者随机均分为2组,36名接受DASH饮食干预,35名在1周禁食(前2天每天摄入不超过1200kcal的严格素食,后5天每天仅摄入300–350kcal蔬菜汤/汁)后摄入DASH饮食,持续3个月的干预后,禁食+DASH饮食可显著降低患者的收缩压及BMI,并改变肠道菌群的组成及功能。多组学数据分析显示,干预前的免疫组及菌群数据可预测患者对禁食+DASH饮食的应答。
禁食
研究论文
以人为对象的临床试验
DASH饮食
代谢综合征
肠道菌群发育
S100蛋白调控新生儿的菌群及免疫系统发育
出生后,免疫系统通过与肠道菌群的互作而发育成熟。S100钙结合蛋白的胞外复合物形式——S100A8与S100A9在母乳中有较高含量。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究,在小鼠及婴儿中均发现,S100蛋白对于新生儿的肠道免疫系统及肠道菌群的发育至关重要,而缺失S100蛋白可增加脓毒症及肥胖的风险。
肠道菌群发育
gut mucosal immunity
NEC
BMI
Treg cells
肠道菌群
微生物组学研究难重复?可能是你的提取方法不对(综述)
最近的技术发展使得人类微生物组的研究以前所未有的速度进行。然而,方法上的差异可能对获得的结果产生相当大的影响,这可能是微生物组学研究实验难以重复的重要原因。发表在《Cardiovascular Research》上的一项研究比较了不同的粪便收集和DNA提取方法对肠道菌群特征的影响。结果显示,DNA提取方法对观察到的肠道菌群组成和多样性的影响最大,使用不同的提取方法获取的结果可能会得出相反的结论,而粪便收集方法的影响则非常小。因此,在进行任何宏基因组比较分析时要谨慎,尤其是要确保DNA提取方法保持不变,以获得可靠结果。
肠道菌群
16S rRNA
多样性分析
研究方法与技术
DNA提取方法
抗生素干预
Gut:抗生素诱导产生的肠道单优势菌
抗生素的使用会导致肠道菌群剧烈的变化,但也为发现一些低丰度细菌提供了可能。本研究发现了使用头孢霉素后显著增殖、获得定殖优势的新菌种,阐释了抗生素使用后对肠道菌群的负面影响,以及停药后菌群恢复特征,对于研究肠道菌群变化、抗生素副作用等具有参考价值。
抗生素干预
antibiotics
bacterial overgrowth
INTESTINAL MICROBIOLOGY
molecular genetics
高血压心血管损伤
丙酸或能改善炎症减轻高血压心血管损伤
高血压及相关器官后遗症与系统性炎症有关,Circulation近期发表的一项动物研究表明,给高血压模型小鼠口服丙酸,可通过调节免疫、改善系统性炎症,减轻其心血管损伤。这些发现说明肠道菌群产生的短链脂肪酸中的丙酸,在心血管健康中有重要作用,通过口服或靶向菌群的方法来增加丙酸,或许是预防高血压心血管损伤的新策略。
高血压心血管损伤
丙酸
高血压
心血管
短链脂肪酸
数据库
eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库重大更新
eggNOG是一个公共数据库,包含了直接同源关系、基因进化史和功能注释。本次仅从4.5更新到5.0版,数据量就增加了一倍,共计算了分布在379个分类水平上的4.4百万个直系同源群(OGs),以及它们的相关序列比对、系统发育、HMM模型和功能描述,同时改进了在线使用的易用性。
数据库
功能基因注释
eggNOG
宏基因组
参考基因集
抗生素影响
Nature子刊:健康成人的肠道菌群对抗生素扰动有较强的恢复力
Nature Microbiology本周上线的一项重要研究表明,健康成年人的肠道菌群经短期广谱抗生素扰动后,整体上有较强的恢复能力,但也有少数潜在的有益菌种和菌株在半年后仍无法恢复,抗生素耐药基因的携带情况可影响细菌在恢复过程中的定植和生存。这些发现提示,健康成年人偶尔短期服用抗生素,应该不会对菌群造成明显的长期不良影响,但长期和经常性服用抗生素的后果,以及抗生素对儿童和老年人菌群的影响,仍需更多研究。
抗生素影响
人体肠道菌群
抗生素耐药基因
生物信息学工具
Nature子刊:带你玩转人微生物组和代谢组数据
本文介绍了一个曾被用于揭示肠道菌群在宿主胰岛素抵抗的背景下如何影响循环系统代谢物的数据挖掘方法。对应研究可参考此前日报中的报道:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1095814020)。
生物信息学工具
微生物组
代谢组
血液代谢组学
Ⅱ型糖尿病
土壤菌群
Nature:土壤菌群特点或影响全球物质循环
土壤菌群的高度多样性在全球物质循环中具有重要作用。本研究通过分析全球189个位点、7560余份土壤样本中的物种和功能基因多样性,发现环境因子和细菌-真菌的相互作用影响全球土壤菌群的丰度、结构和功能,或可为全球物质循环的区域性特点提供解释,值得专业人士关注。
土壤菌群
菌群分布模式
细菌-真菌拮抗作用
Pilar Guallar-Castillón
Ruth Blanco-Rojo
肠道菌群
中亚人群独特的肠道菌群特征
影响肠道菌群的因素众多,比如种族、饮食、生活方式、地理环境等等。BMJ Open近期发表一项研究,首次用宏基因组学方法分析了中亚人群的肠道菌群,揭示出与其它地区人群的差异,有意思的是该队列中,代谢综合征患者的菌群特点都与此前报导的其他地区人群不同,这些差异对健康和疾病的意义,有待进一步研究。
肠道菌群
gut microbiome
metagenomics
Probiotic
肠道菌群
模式生物
狗也可作为研究肠道菌群的模式生物?
来自Microbiome上的最新研究,对狗的肠道菌群基因进行分析,并研究狗的肠道菌群对饮食的应答,发现相比于小鼠和猪,狗的肠道菌群与人类更为相似。
模式生物
狗
Diet
Dog microbiome
human microbiome