采样方法

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Nature：采样胶囊助力人类肠道多组学分析

目前对于肠道的微生物组、蛋白质组和代谢组的研究，基本依赖于分析粪便样本。然而，粪便样本不能反映肠道不同区域的内容物差异，人们对于肠道中的微生物分布、其所处内环境和生化活动仍所知有限。Nature最新发表的重磅研究，开发了可在正常生理状态下从受试者的特定肠段取样的可吞咽胶囊设备，并通过多组学分析鉴定出菌群结构、噬菌体诱导、抗生素抗性基因和胆汁酸谱等沿肠道变化的情况，揭示了肠道样本与粪便样本间存在的显著差异，为进一步研究肠道微生物组和代谢组在人类生理和疾病中的作用提供了有力工具。

采样方法多组学肠道菌群代谢组蛋白质组

粪便样本、厌氧分离培养方法可反映肠道菌群组成

粪便样本常用于检测健康或患病人群的肠道菌群特征。但粪便菌群是否能够反映整个肠道、尤其是肠道黏膜相关的菌群特征存在争议。另外，传统的细菌培养方法对肠道中厌氧菌效果不佳，但厌氧分离培养是否能够反映肠道菌群特征尚缺乏评估。近日，Microbiome发表的研究文章表明，配对的粪便和直肠活检冲洗样本的细菌特征非常相似，肠道细菌的厌氧分离培养也显示出与扩增子测序相似的细菌组成，从而证明粪便样本和厌氧分离培养方法都可以用于反映肠道细菌组成。

肠道菌群采样方法肠道菌群培养组

粘膜细胞刷采样菌群是否更准确？

这是发表在Microbiology spectrum上的一份工作，作者通过粘膜细胞刷和结肠镜活检两种采样方式对5名志愿者进行了肠内微生物采样，并应用宏转录组和代谢组进行比较评估。有趣的是，粘膜细胞刷样品表现出更多的细菌读长数，且不可用读长和宿主读长显著降低，同时菌群分类均匀度以及多样性都有上升趋势，其中α多样性呈总体上升趋势，β多样性显著上升。但在分类概况和功能上，两种样品间差异很小。另外，代谢组学揭示了结肠镜活检样本与粘膜细胞刷样本的不同，似乎表明所谓微生物产生的代谢物和宿主吸收的代谢物之间的区别。因此，针对菌群分类学和功能的研究可使用微创的粘膜细胞帅采样，但涉及代谢物水平研究，应谨慎选择。

采样方法肠道菌群

用于肠道菌群和标志物取样的可吞咽装置

ACS Nano近期发表一项研究，制备了一种能口服的微装置，该装置能在小肠中启动自聚合反应形成凝胶，并在此过程中捕获周围的菌群和生物标志物蛋白，并在大鼠模型中有良好的安全性，或为肠道菌群等的取样提供新助力。

采样方法 gastrointestinal tract radical polymerization gut microbiota 16s rRNA amplicon sequencing protein biomarkers 肠道菌群生物标志物游离基聚合

天津总医院：肠道菌群的采样方法（综述）

对肠道菌群的研究离不开标准化的采样方法，目前的肠道菌群主要采用粪便、肠粘膜活检、肠液等作为研究样本，但都存在一些缺陷，不能完整反映肠道菌群的组成。天津总医院曹海龙和王邦茂与团队，近期在Frontiers in cellular and infection microbiology发表综述，总结了目前常见的肠道菌群采样方法，以及各自的优势和局限性，并对未来开发新的采样方法提出了建议。

采样方法 Gut microbiota sampling methods feces biopsy

粪便菌群≠肠道菌群

目前对于野生动物肠道菌群的研究缺乏统一的标准，很少会同时收集肠道、粪便、肛门拭子多个样品。本研究比较了粪便和肠粘膜菌群的结构，发现两菌群之间结构差异显著，分别反映出不同的宿主信息，并强调了明确采样目的、维持方法一致性的重要性，对菌群相关实验设计具有参考价值，值得专业人士关注。

采样方法野生蝙蝠饮食进化生态学 Zain Kassam