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Arnau Vich Vila
文章数:19篇
炎症性肠病
IBD粪便代谢组及其决定因素
炎症性肠病(IBD)是一种多因素免疫介导的肠道炎症性疾病,包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。近日,发表在Gut上的这篇文章,通过表征粪便中的代谢物并结合粪便宏基因组学、宿主遗传学和临床特征,旨在揭示IBD中的代谢改变。发现IBD患者代谢组的变化与饮食和手术史等通常被忽视的混杂因素无关,与肠道菌群密切相关,为未来针对肠炎的干预措施提供了支持。
炎症性肠病
粪便代谢组
肠道菌群
饮食
胆汁酸
遗传-菌群互作
Nature子刊:近8000人数据揭示遗传对肠道菌群的影响
宿主遗传可影响肠道菌群。近期,Nature Genetics背靠背发表了2篇基于大型单一人群队列的肠道微生物组GWAS研究。这项研究纳入了荷兰微生物组计划中的近8000名参与者,对肠道菌群宏基因组的组成(分类单元)和功能(通路)进行了全基因组关联研究(GWAS),鉴定出24个遗传位点(涉及37个SNP)与菌群分类单元和通路的关联,分析了潜在混杂因子(如用药、饮食和BMI)对这些关联的影响,用孟德尔随机化法探索了肠菌与宿主表型的因果关系,并通过功效分析强调了大样本量对于微生物组GWAS研究的重要性。有兴趣的读者可搭配阅读该团队同期发表的观点评论文章(见“延伸阅读”),讨论了微生物组GWAS的研究进展、技术现状、面临的挑战和未来的研究方向。
遗传-菌群互作
全基因组关联分析(GWAS)
肠道菌群
PUFA
多不饱和脂肪酸或加重克罗恩病
克罗恩病(CD)与西式生活习惯有关。本文重点关注西式饮食中的PUFA与CD的相关性。研究结果显示,PUFA可能引发代谢性肠炎,进而加重CD。
PUFA
克罗恩病
炎症性肠病
饮食
柔嫩梭菌
果糖才是柔嫩梭菌“益生”关键介质?
Gut microbes上近期发表的文章,对常见的益生元菊粉和柔嫩梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)的互作做了进一步探索。主要关注丁酸外的柔嫩梭菌代谢产物对肠上皮的影响。
柔嫩梭菌
"人-氧-细菌-厌氧”共培养系统
研究论文
炎症性肠病(IBD)
IBD患者的表型和基因型对血浆蛋白质组有什么影响?
Journal of Crohn's and Colitis发表的研究,分析了IBD表型、基因型与血浆蛋白质组的关系。研究结果表明,在一大批IBD患者中,基因型和人类血浆蛋白质组之间存在着复杂而丰富的相互作用,与人口统计学和临床特征密切相关。本研究强调了基因型、表型和循环蛋白之间的密切关联,或可有助于改善IBD疾病的防治。
炎症性肠病(IBD)
基因型
蛋白质组
饮食-菌群互作
饮食模式如何影响肠道菌群
来自Gut上发表的一项最新研究,在1500名受试者中发现,无论是否存在肠道疾病(克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠易激综合征),长期饮食模式与肠道菌群之间存在一致的关联。其中,加工食物、动物性食物、酒精及糖的摄入与炎症相关菌群特征相关,而植物性食物的摄入与短链脂肪酸产生菌及多糖代谢通路的富集、致病共生菌的减少相关。这些发现有助于进一步揭示饮食-菌群-肠道炎症反应之间的关系,对今后设计靶向肠道菌群以缓解肠道炎症的饮食干预有重要参考价值。
饮食-菌群互作
研究论文
队列研究
乳糖不耐受
双歧杆菌可能介导了乳糖不耐受的症状?
来自Gut上发表的一篇letter,发现乳糖不耐受者的肠道菌群中的双歧杆菌属丰度显著升高,且双歧杆菌属的丰度与乳制品摄入及肠道不适(包括腹痛、腹部不适、腹胀)呈正相关,进一步分析显示,双歧杆菌属部分介导了乳制品摄入与肠道不适之间的关联。
乳糖不耐受
研究论文
基础研究
饮食-菌群互作
队列研究
炎症性肠病(IBD)
Nature子刊:宿主遗传变异对肠道基因表达的影响,受炎症状态调控
超过240个基因风险位点与炎症性肠病(IBD)相关,但对它们如何在肠道组织中促进疾病发展人们所知甚少。Nature Communications近期发表的文章,鉴定出炎症依赖性的肠道顺式表达数量性状位点(cis-eQTLs),揭示出炎症状态调控宿主遗传变异对肠道基因表达的影响,或有助于确定参与炎症的细胞类型和通路以及指导未来的药物开发,为IBD患者的精准医疗提供参考。
炎症性肠病(IBD)
炎症
宿主遗传变异
IBD
炎症性肠病患者的小肠菌群组成及代谢潜能
Journal of Crohn's and Colitis上发表的一项最新研究,描述了IBD患者的小肠菌群的组成和代谢潜能,并发现IBD患者(尤其是小肠切除的)的结肠菌群与小肠菌群具有相似性,而且小肠菌群中的几个特征也在之前的报道中与IBD相关。表明研究小肠菌群或有助于揭示IBD病理发生的机制。
IBD
研究论文
队列研究
小肠菌群
IBD
双胞胎研究揭示,IBD相关菌群失调可能发生在发病之前
肠道菌群变化是IBD的原因还是结果尚未明确。来自Gastroenterology上发表的一项队列研究结果,对比了双胞胎、健康对照及不相关IBD患者的肠道菌群组成及功能,发现双胞胎中的健康者有着与双胞胎中的IBD患者相似的肠道菌群特征,且这些特征多与IBD相关。该研究结果提示,IBD相关菌群特征可能出现在IBD发病之前。
IBD
研究论文
基础研究
双胞胎
队列研究
炎症性肠病(IBD)
塑造IBD肠道菌群的遗传因素
肠道微生物群和宿主遗传在炎症性肠病(IBD)的发病机制中具有重要作用,这两个因素之间的相互作用及其在IBD病因中作用需要进一步研究。《Gut》近期发表的文章,揭示出免疫系统相关的常见和罕见遗传变异或是塑造肠道菌群的关键因素,或为发展疾病治疗新方法提供机制原理。
炎症性肠病(IBD)
全外显子组测序
基因-微生物相互作用
药物-菌群互作
Nature子刊:常用药物与肠道菌群组成和代谢功能的关联
肠道菌群可影响药物效力,反过来药物也影响肠道菌群。Nature Communications发表的一项最新研究,对荷兰3个队列的数据进行了分析,鉴定出19种常用药物与肠道菌群特征的关联,重点列举了质子泵抑制剂、二甲双胍、SSRI抗抑郁药以及非抗生素药物与菌群变化的关联。这些发现对于研究药物-菌群互作有参考意义。
药物-菌群互作
肠道宏基因组
队列研究
炎症性肠病
肠易激综合征
炎症性肠病
Science子刊:IBD及IBS患者的肠道菌群组成及功能变化
Science Translational Medicine上发表的一项最新研究,对近2000名受试者(包括355名IBD患者、412名IBS患者)的肠道菌群进行了宏基因组测序,对菌群组成及功能的异同进行了全面的剖析对比。
炎症性肠病
肠易激综合征
炎症性肠病
肠易激综合征
宏基因组测序
系统性红斑狼疮
干燥综合征vs系统性红斑狼疮,肠道和口腔菌群有何异同?
干燥综合征和系统性红斑狼疮,是两种有密切关联的系统性炎症性自身免疫疾病,在流行病学、临床、病原学和病因学等方面有相通之处。来自Journal of Autoimmunity上发表的一项最新研究,对比了干燥综合征患者、系统性红斑狼疮患者及健康人在肠道菌群及口腔菌群上的异同,发现两组患者的肠道菌群组成无显著差异,但均异于健康人,而两组患者的口腔菌群组成存在显著差异。
系统性红斑狼疮
干燥综合征
系统性红斑狼疮
干燥综合征
药物微生物组学
傅静远等:药物微生物组学助力个性化医疗(综述)
Protein & Cell中国肠道大会专刊发布荷兰格罗宁根大学傅静远主笔的综述,探讨药物微生物组学的进展,介绍了宿主-菌群-药物互作和饮食因素的影响,提出结合队列研究和体外测试模型,更好的研究这些因素在个体药物反应中的复杂机制,从而促进个性化医疗。
药物微生物组学
肠道菌群
药物代谢
个性化医疗
gut microbiome
sjøgren’s syndrome
ARD:唾液分泌少,影响口腔菌群组成
干燥综合征(Sjögren's syndrome)患者的唾液分泌显著减少,其口腔菌群与健康人也有显著差异。这项最新研究发现,相比于疾病状态的影响,患者的口腔菌群主要更多地来自于唾液分泌的减少。
sjøgren’s syndrome
干燥综合征
口腔菌群
唾液分泌
Autoimmunity
遗传关联研究
Nature:对菌群的影响,环境大于宿主基因!
# Nature再发菌群分析强文!# 宿主的遗传背景对人类肠道菌群的影响程度一直不甚明了。Nature杂志(IF:40.137)最新发布了以色列魏茨曼科学研究所Eran Elinav & Eran Sega课题组的研究成果,通过一系列遗传学和统计学相关性分析,指出环境因素比宿主基因对肠道菌群结构的影响更加显著,开创性地将“菌群相关性系数(microbiome-association index)”纳入计算模型,利用肠道菌群数据提高对血糖、肥胖等体质特征的预测精度。作者还鲜明提出,通过菌群来改善治疗效果,无须考虑太多宿主遗传背景,可针对人群特征推动。这篇文献具有较强的研究和应用参考价值,非常值得认真看看,特别推荐给大家。
遗传关联研究
人类遗传学
人肠道菌群
Genetic association study
Genetics
健康人菌群
Science:环境-饮食-微生物-宿主关系决定者
① 利用宏基因组技术对1135名荷兰人进行深度测序,研究微生物群与宿主的126种相关因素之间的关系,包括31种内在因素、12种疾病、19种药物组、4种吸烟因素及60种饮食因素;② 以上因素共同解释个体间微生物群差异的18.7%;③ 将110种因素与125个菌种联系起来发现肠道内分泌细胞分泌的粪便嗜铬粒蛋白A(CgA)与61种微生物相关,其丰度占微生物组成的53%;④ 微生物群多样性高的个体,CgA浓度更低;⑤ 结果有助于了解环境-饮食-微生物-宿主间的互作。
健康人菌群
宿主因素
嗜铬粒蛋白
环境-饮食-微生物-宿主
Steven B Smith
质子泵抑制剂
Gut:PPI对肠道菌群的影响大于抗生素等药物
① 质子泵抑制剂(PPI)的使用与肠道感染风险增加相关,尤其是艰难梭菌,而肠道微生物通过抵抗或促进病原体的定植在肠道感染中起重要作用;② 对1815名个体(其中211名使用PPI)进行肠道微生物分析,发现PPI的使用与肠道菌群多样性的显著下降和20%细菌分类群的变化相关;③ PPI使用者的肠道菌群中多个口腔细菌数量过多,且肠球菌属、链球菌属、葡萄球菌属和潜在致病菌大肠埃希氏菌等显著增加;④ PPI对肠道菌群的影响大于抗生素和其他常用药物。
质子泵抑制剂
肠道菌群
Faranak Fattahi
Lorenz Studer