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Martin Polz
文章数:7篇
牛瘤胃菌群
Nature子刊:碳利用能力不同的弯曲杆菌科如何共存?
牛瘤胃中不同微生物的活性已被证明可以调节宿主利用植物生物量的能力,而弯曲杆菌科是瘤胃上皮微生物组中丰度较高的成员。Nature Microbiology近期发表的文章,发现牛瘤胃的弯曲杆菌科的谱系已经分化成两个群体,两个群体的基因表达和酶组成都具有差异,导致其利用乙酸盐的能力具有差异,进而导致两个群体在机体中生存动力学具有差异。
牛瘤胃菌群
弯曲杆菌科
碳利用
噬菌体
Science:细菌如何分享防御基因,抵抗噬菌体?
噬菌体与细菌之间的关系促进了两者的进化,然而当前我们对细菌利用先天免疫系统抵抗噬菌体的机制仍知之甚少。发表在Science杂志上的这篇文章通过收集来自于自然环境——海洋的弧菌及其对应的噬菌体,揭示了该类细菌可以通过可快速周转的遗传移动元件来获得噬菌体抗性。在帮助我们进一步了解细菌如何获得和失去对噬菌体抗性的同时,该研究也提示我们在长期或反复使用噬菌体疗法的过程中,应当考虑细菌的这种快速获得噬菌体抗性的能力对治疗效果的影响。
噬菌体
可移动遗传元件
细菌-噬菌体互作
肠道致病菌感染
Nature子刊:祸不单行!腹泻可导致艰难梭菌感染
艰难梭菌感染(CDI)是全球住院患者腹泻的主要原因。尽管针对CDI的治疗和预防(如粪菌移植和使用抗生素)已初见成效,但对艰难梭菌定植的机制和及其发展进程并不十分清楚。《Nature Microbiology》上的一项研究表明,腹泻可导致艰难梭菌在患者肠道内定植并大量繁殖,治愈后则成为无症状的病菌携带者。该研究确定了影响艰难梭菌定植的历史事件及其在宿主体内随时间变化的数量动态,指出在胃肠道紊乱后针对此时期阻断艰难梭菌传播的重要性。
肠道致病菌感染
艰难梭菌感染
腹泻
细菌定植
16S rRNA
微生物生态学
Cell:PopCOGenT新方法鉴定微生物基因组间的基因流动
2001年人类基因组发布后,进入了后基因组时代,开展人类基因组的多角度挖掘,伴随着一系列的方法和软件的开发,实现了更多研究问题的手段。近年来微生物组研究也积累了大量数据,以人类微生物组计划公布的数据为基础,大家可以将之前很多想法付诸实践。近期Cell就有多篇基于HMP数据挖掘的文章,如本周内同期发表的《Cell:20种宏基因组学物种分类工具大比拼》(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381)、《Cell:挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白》(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1056603186)。本文是又一篇基于人类微生物组数据挖掘并开发方法的Cell文章,套路值得学习,软件值得跟进和使用。
微生物生态学
Reverse ecology
microbial ecology
Population structure
population genomics
群落组装
自组装微生物群落的相互作用存在多样性饱和限制
为了阐释多样性对群落功能的影响规律,作者通过连续稀释海水的方法得到不同多样性的群落,并进一步在群落稳定后测量其生产力指标。结果发现,多样性在促进群落生产力时存在饱和阈值,其数值大概为26个物种。
群落组装
微生物生态学
海洋菌群
碳利用率
呼吸速率测定
微生物系统
Nature子刊:微生物系统中的功能冗余
不同微生物系统间存在一个共同的特点——功能冗余,即同样的群落代谢功能可由多种不同类别的物种实现。Nature Ecology & Evolution近期发表观点性文章,认为这种开放微生物系统中的特性将功能、功能冗余和群落内微生物组成联系起来,对微生物系统的塑造有重要作用。
微生物系统
功能冗余
代谢组学
微生物生态学
基因组
Cell子刊:研究疾病感染,牡蛎这个动物模型好用
① 长牡蛎可作为动物模型,用于研究疾病动态过程中环境、病原细菌及宿主的相互关系;② 首先要确定的是致病原因是单个细菌克隆还是一个种群,以利于评估疾病爆发的诱因并设计合适的监测工具;③ SPF牡蛎可用于研究自然条件下的感染过程;④ 微生物和宿主基因相互作用,对牡蛎健康与否非常重要。
基因组
进化
生态
无特定抗原