Jaime Huerta-Cepas

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Jaime Huerta-Cepas

文章数：11篇

Nature：未培养微生物中的40万个新基因家族

尽管微生物培养技术已取得很多进展，但地球上仍有大量未培养微生物，其基因的特征和功能在很大程度上被归为微生物“暗物质”。Nature发表的这项最新研究，对5个数据库中来自82个生境（含肠道）的近15万个细菌和古菌基因组（宏基因组组装基因组和单扩增基因组），进行了系统性地比较分析研究，编制了专属于未培养原核生物的新基因家族目录FESNov，使细菌和古菌基因家族数量变为原有的3倍，极大扩展了对未培养微生物遗传库在功能和演化方面的认知，有助于未来的宏基因组学研究。

宏基因组微生物暗物质未培养微生物基因家族

全球微生物基因目录

Nature：复旦大学与多国合作构建全球微生物基因集并揭示其生物地理分布模式

复旦大学人类脑智能科学与技术研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克（Peer Bork）与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作研究，基于全球菌群的概念，将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统，运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘，构建了迄今为止最全面的全球微生物基因集，为全球菌群研究迈出了重要一步。该研究同时发现，大多数基因具有栖息地特异性，跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。该研究对于理解抗生素抗性的产生，以及未来抗菌药物的研发具有重要的意义，对于理解微生物与人类健康的关系具有重要的作用，该研究将为地球生态研究和人类健康研究做出重要贡献。

全球微生物基因目录抗生素抗性基因可移动遗传元件栖息地特异性罕见基因

功能注释工具

eggNOG-mapper v2：宏基因组功能注释的最新软件和配套最新数据库

本文作者描述了 eggNOG-mapper 的重大升级版本eggNOG-mapper v2，其提供了比其前身更高效、通用且可扩展的自动化功能注释工作流程。GitHub 上提供了独立版本（https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper），以及大量文档和使用示例（https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki）。

功能注释工具宏基因组数据集基因预测重叠群

海洋宏基因组

Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组

Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。

海洋宏基因组宏转录组海洋菌群宏基因组测序气候变暖

宏基因组分析工具

NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

本文是EMBL的生信大佬Peer Bork教授团队开发的可重复分析框架，并搭建了宏基因组分析的快速有参分析流程，方便同行实现主要物种肠道微生物组功能组成的快速分析。

宏基因组分析工具

微生物分类

Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库

eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库重大更新

eggNOG是一个公共数据库，包含了直接同源关系、基因进化史和功能注释。本次仅从4.5更新到5.0版，数据量就增加了一倍，共计算了分布在379个分类水平上的4.4百万个直系同源群（OGs），以及它们的相关序列比对、系统发育、HMM模型和功能描述，同时改进了在线使用的易用性。

数据库功能基因注释 eggNOG 宏基因组参考基因集

Nature：土壤菌群特点或影响全球物质循环

土壤菌群的高度多样性在全球物质循环中具有重要作用。本研究通过分析全球189个位点、7560余份土壤样本中的物种和功能基因多样性，发现环境因子和细菌-真菌的相互作用影响全球土壤菌群的丰度、结构和功能，或可为全球物质循环的区域性特点提供解释，值得专业人士关注。

土壤菌群菌群分布模式细菌-真菌拮抗作用 Pilar Guallar-Castillón Ruth Blanco-Rojo

MSB：人体肠道菌群中的亚种

这是 Molecular Systems Biology[IF：9.750]发表的针对2144个人体粪便宏基因组、676个人体口腔样本的大规模物种分析，特别是分析了亚种的数量和功能，巨量数据研究，都值得好好看看。

亚种 genetic variation metagenomics Microbiome Population structure

高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

eggNOG 功能注释同源基因鸟枪法宏基因组学功能基因注释

粪菌移植(FMT)

Science：粪菌移植菌能和原有菌和平共处么？

① 代谢综合征患者分为移植健康供体粪菌组、移植自身粪菌组，以健康人为对照；② 宏基因组测序对移植后的粪菌分析，与安慰剂组和健康个体相比，异体移植者物种组成改变较大，且持续3个月以上；③ 使用单核苷酸变异分析来追踪特定菌株，发现异体移植菌株水平上差异更大；④ 供体和受体的同种菌株相比于供体特异菌种，更容易在受体内共存；⑤ 不同受体、相同的供体表现出的治疗效果不一，可能与供体的的兼容性及受体的微生物组成及疾病状态相关；

粪菌移植(FMT) 供体菌株受体菌株共生宏基因组学