Samuel Forster

对常驻肠道微生物组的异常免疫反应可导致炎症性肠病（IBD）。近日，哈德逊医学研究所人员在Cell Reports Medicine发表最新研究，通过人群队列和体验实验证实，结肠和进化枝特异性的细胞死亡途径差异调节可能有助于整体粘膜免疫状态。总之，该研究强调了菌株特异性表型和考虑解剖位点在探索IBD中失调的宿主-细菌相互作用中的重要性。值得关注。

肠道菌群炎症性肠病研究论文基础研究培养组

结肠炎

Nature子刊：特定微生物驱动DSS小鼠肠炎严重程度

在人类疾病的小鼠模型中，特定的肠道细菌是否会驱动免疫表型的变化尚不清楚。Nature Microbiology发表的文章，为了量化DSS小鼠模型的变异性，并研究导致这种变异性的主要因素，利用来自同一个动物设施中579只基因相同的实验室小鼠进行了大规模实验。结合实验动物表型、微生物组分析和宏基因数据收集，最终确定了以前未描述的小鼠肠道细菌Duncaniella muricolit-ica和Alistipes okayasuensis。这两种细菌经常出现在世界各地的小鼠肠道中，会影响结肠炎DSS小鼠模型的结果，并可能作为致病菌发挥作用。

结肠炎 IBD 肠道菌群

可移动遗传元件（MGEs）

Nature子刊：人微生物组中参与耐药基因转移的可移动遗传元件

抗生素耐药菌是目前人类面临的重大健康威胁之一。抗生素滥用是导致耐药菌产生的重要的原因之一。当患者使用抗生素时，会导致肠道菌群组成的变化。在清除大多数的抗生素敏感型共生菌和致病菌的同时，会导致具有抗性基因（ARG）的共生菌不断富集。而有研究显示，这些具有抗性的共生菌可能通过移动遗传元件（MGE）的水平基因转移（HGT）而使得致病菌获得抗性。近年来，尽管在该领域人们已经发现一些HGT转移ARG的事件。但对人类肠道共生菌和致病菌之间的HGT的真实规模，和高风险的MGE认知不足。近期一篇发表在Nature子刊Nature Communications上的研究工作，系统地研究了病原菌和共生菌之间的HGT程度和规模，重点研究了ARG相关MGE的特征。该研究工作建立了MGE介导的ARG在人类肠道共生菌和病原菌之间的传播网络，提出广泛宿主范围的MGE应作为潜在ARG传播的管理目标。

可移动遗传元件（MGEs）致病菌与肠道共生菌的关系水平基因转移（HGT）抗生素抗性基因 (ARGs) 研究论文

细菌传播

肠道厚壁菌为了适应宿主的“取舍”策略

肠道细菌在与宿主的共生演化过程中，也在发生着持续的变化。Genome Biology近期发表的一项研究，通过对人肠道中广泛存在的厚壁菌门细菌的孢子形成能力进行了系统性分析，揭示了肠道厚壁菌的孢子形成能力与其对宿主的适应和传播之间的关系。

细菌传播孢子形成肠道菌群宿主适应

菌群-免疫互作

Nature子刊：人结肠菌群与免疫细胞图谱

Nature Immunology上发表的一项最新研究，对6名健康人结肠中的3个不同部位（盲肠、横结肠及乙状结肠）及肠系膜淋巴结中的免疫细胞进行了单细胞RNA测序，并对12名健康人的结肠菌群进行分析，详细描绘并对比了在结肠不同部位中的菌群及免疫细胞（包括B细胞、Th细胞、Treg等）组成，以及菌群与免疫细胞的互作。

菌群-免疫互作生态位菌群-免疫互作单细胞RNA测序肠系膜淋巴结

粪菌移植

Nature子刊：粪菌移植的未来（评论）

3个月前，美国FDA曾发出警示，报道了因粪菌移植导致的多重耐药菌感染致死的不良事件（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1060737877）。Nature Reviews Microbiology近期发表评论短文，就如何减少粪菌移植的安全风险发表意见，并提出更为优化和安全的基于菌群的药物或将是FMT疗法的未来方向。

粪菌移植安全性 Carlos J Rodriguez-Hernandez Richard J Lamont Juhi Bagaitkar

婴儿肠道菌群

Nature：剖腹产对新生儿肠道菌群的不良影响

婴儿出生后，会迅速定植来自母亲和环境中的微生物。此前对生命早期肠道菌群的研究大多受限于16S分析的分辨率和较小的样本量，且对新生儿期（≤1月龄）的研究不足。Nature上线的最新研究，发表了迄今为止最大规模的新生儿肠道菌群的宏基因组学研究。这项来自英国的研究发现，分娩方式是影响新生儿期肠道菌群组成的最主要因素，剖腹产使新生儿的菌群中富集医院环境相关的机会致病菌，且破坏了母婴间的拟杆菌传递，证实了剖腹产对早期肠道菌群的不良影响，但这些变化是否有长期健康影响还需进一步研究。

婴儿肠道菌群 Clinical microbiology metagenomics Microbiome paediatrics

艰难梭菌

Nature子刊：现代饮食和医疗系统促进艰难梭菌的演化

细菌如何在演化中获得更强的宿主适应能力？Nature Genetics近期发表的研究表明，能引起常见医院感染之一的肠道细菌艰难梭菌，在进化上形成了两个主要分支，其中一个分支演化出了更多利于其在人群中传播的特性，比如有更强的抵抗消毒剂的能力，并能更好地利用现代人饮食中的简单碳水化合物（如葡萄糖和果糖）来促进自身的传播和定植，说明现代医疗和饮食习惯在艰难梭菌的演化中施加了选择压力。

艰难梭菌物种形成 Yan Gu Yanrong Chen Lai Wei

新肠道细菌

Nature：发掘未知的肠道细菌

解读肠道菌群结构存在的宿主差异有助于阐释菌群对宿主健康的具体影响。Nature近期发表研究，鉴别出了1925种潜在肠道细菌，极大地丰富了已知肠道菌群种类和功能，尤其丰富了非洲和拉美地区人群的肠道菌群信息。该研究对详细阐释肠道菌群种类和功能具有参考价值。

新肠道细菌 Bacterial genomics metagenomics Microbiome 方法学

基因组数据库

Nature子刊：包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集

Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集，包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据，这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。

基因组数据库人粪便菌群宏基因组培养组学基础研究

膀胱菌群

Nature子刊：菌株培养测序分析女性膀胱菌群

宏基因组学分析表明，女性膀胱中存在固有菌群，然而由于缺乏菌株层面的基因组测序信息，难以进行菌株追踪和功能分析。Nature Communications[IF：12.124]本周发表的最新研究，分离、培养并测序了女性膀胱菌群中约2/3的菌株，并与阴道和肠道菌群进行对比，揭示出阴道与膀胱菌群的相似性，为开展菌群/特定致病菌或共生菌的功能性研究打下基础。

膀胱菌群泌尿生殖器分离培养宏基因组 Bacterial genetics

古菌

Nature Reviews：被低估的人体古菌组

人体肠道中可能10%以上的厌氧微生物是古菌。此前的菌群研究，大多使用细菌和古菌的通用引物，或许严重低估了菌群中的古菌组成及其健康相关的作用。近期Nature Reviews Microbiology[IF：26.819]发表了相关评论短文，推荐关注。

古菌 Mary I Butler Timothy G Dinan

共生菌

COM：如何明确有益菌与健康的因果关系？试试“科赫法则”！

我们知道传统意义上的“科赫法则”是用来确认特定的病原菌与疾病的因果关系的重要评判标准，而在菌群研究持续深入的当下，我们需要思考一个问题——如何明确有益的细菌与促进健康之间的因果关系？Current Opinion in Microbiology[IF：6.635]上的这篇文章无疑是用来回答这个问题的绝好参考！特别推荐。

共生菌科赫法则有益菌

益生菌

Nature Reviews：肠道细菌如何在人与人之间传播？（综述）

住在一起的人，肠道菌群为什么越来越像？人与人之间的肠道细菌能互相传播（“传染”）么？好好看看这篇综述，必有收获！

益生菌共生菌多样性菌群传播致病菌

厌氧菌培养

Nature：很多肠道细菌可培养！会生成孢子！

今天的Nature，打破常识，正本清源！这篇Letter，会是下一波肠道菌群研究高潮——表型研究的开始么？

厌氧菌培养细菌培养表型分析孢子细菌遗传