Yong Hou

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Yong Hou

文章数：8篇

宿主基因组多态性

刘小敏+张涛+贾慧珏：基因决定口腔微生物组组成

人类口腔内有超过十亿的口腔微生物组，这些微生物不仅仅在口腔中发挥重要的作用。而且可以通过吞咽的方式进入消化道的其他位置，例如肠道，从而影响肠道微生物组，对人体的健康产生重要的影响。多个宏基因组研究均提示，口腔微生物组与风湿性关节炎、结肠癌、2型糖尿病等疾病有一定的关系。肠道微生物组的研究发现，人类遗传因素与肠道微生物组组成具有相关性。但是，高度动态变化的口腔微生物组是否也与宿主遗传因素具有一定的相关性呢？这一问题目前尚没有证据证明。近期深圳华大生命科学研究院刘小敏、张涛和贾慧珏作为共同通讯作者，在Cell Discovery上发表的最新工作，首次通过大样品基因组测序探索了宿主基因组对口腔微生物的影响，发现了5个影响口腔微生物组的显著性位点，并应用人工智能学习的方法探索了基因组和微生物对牙周疾病的预测性能，取得了较好的结果。

宿主基因组多态性宏基因组关联分析 miRNA 机器学习口腔菌群

口腔微生物组

揭著业+贾慧珏：人类口腔微生物基因组目录

华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章，阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考，高度代表未用于基因组装，可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。

口腔微生物组宏基因组组装基因组(MAGs) 研究论文

遗传-菌群互作

张涛+贾慧珏+侯勇：深度剖析中国人的遗传-菌群关联

人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能，但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果，纳入近1300名中国人，首次通过深度的全基因组和宏基因组测序，分析了宿主遗传（常见变异、罕见变异和拷贝数变异）与肠道菌群之间的关联，并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用，有重要参考意义。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析性别差异

微生态变迁

纪立农+李俊桦等：Nature子刊揭秘成年人肠道微生态“变迁史”

肠道共生微生物伴随人类一生，影响宿主并受宿主的代谢、饮食等多重因素影响。Nature Aging近期发表了北京大学人民医院纪立农、深圳华大生命科学研究院李俊桦与研究团队的大人群数据研究，发现肠道共生菌群结构的宿主性别差异性、随宿主年龄的变化规律均具有跨人种的普适性，指出了宿主激素水平-肠道共生菌群-宿主代谢之间的重要关联。本研究开创性地探讨肠道共生微生态变化的普遍规律，对于揭示共生微生态-宿主互作、开发普适性的菌群干预手段具有重要意义，值得参考。

微生态变迁微生态-宿主互作大数据研究消化道微生态人

国内团队：绘制大肠癌的免疫微环境图谱

华南理工大学的姚学清、凌飞、林章凛和华大基因的Shiping Liu合作在Clinical and Translational Medicine发表文章，使用两种单细胞RNA测序技术（Smart-seq2和DNBelab C4）检测18例原发性和肝转移性结直肠癌（CRC）患者肿瘤样本，生成一个包含15,115个细胞的图集，对CRC中免疫细胞浸润进行深度分析，为CRC的免疫治疗提供了新的参考。

结直肠癌单细胞测序免疫浸润

国内团队：前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化

来自深圳华大基因研究院团队与苏州疾控中心团队合作在EBioMedicine上发表的一项最新研究，通过对未经治疗的2型糖尿病患者、前驱糖尿病患者及血糖正常的健康人的肠道宏基因组及宏蛋白组进行分析对比，鉴定出了2组患者在肠道菌群及功能上的变化。

2型糖尿病 metagenomics Metaproteomics prediabetes Treatment-naïve type 2 diabetes

肠道细菌参考基因组

华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究

华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。

肠道细菌参考基因组肠道菌群培养组学宏基因组学肠道菌群功能

食蟹猴肠道微生物组

华大基因：建立食蟹猴的肠道微生物组基因目录

食蟹猴在遗传和生理上与人类相似，是生物医学研究和药物研发的常用模式生物。华大基因在GigaScience发表一项最新研究，用宏基因组测序方法，建立了食蟹猴肠道微生物基因目录，分析了其功能通路，并与人、猪和小鼠进行比对，为今后以食蟹猴为模型进行肠道菌群和相关人类疾病的研究，打下坚实基础。

食蟹猴肠道微生物组 Macaca fascicularis gut microbiota gene catalog gut microbiome core genera