菌群分析

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文章数：7篇

用于交互式菌群分析和可视化的R包：animalcules

本文介绍了animalcules，这是一个R包，用于通过R Shiny提供的交互式界面或各种命令行函数进行交互式菌群分析。它是第一个支持所有16S rRNA、基于DNA的鸟枪宏基因组学和基于RNA测序的宏转录组学数据集分析的菌群分析工具包。 animalcules可以从GitHub网站https://github.com/compbiomed/animalcules上免费下载，也可以通过Bioconductor网站https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/animalcules.html进行安装。

菌群分析可视化交互式工具包生物标志物鉴定

动物共生菌群

共生细菌帮助野蜂抵抗真菌

共生菌群对野蜂的健康也可能具有重要作用。本研究发现了一种共生于野蜂体表、体内和蜂巢中的类芽孢杆菌，可能具有抑制真菌生长，维护野蜂健康的作用，对研究共生菌演化、共生菌-宿主互作具有参考价值。

动物共生菌群 16S metabarcoding American foulbrood Anti-microbial activity Bacterial genomics

粪菌移植(FMT)

粪菌移植改善患者的菌群结构与代谢谱

粪菌移植可有效治疗艰难梭菌感染。本研究阐释了粪菌移植对患者粪便菌群、胆汁酸组成变化以及脂肪酸成分的影响，尤其强调了患者在接受粪菌移植前后脂肪酸变化不显著，而且可能与饮食有关，值得相关专业人士参考。

粪菌移植(FMT) Archaea bile acids Clostridioides difficile Faecal microbiota transplantation

Nature子刊：合成生物学“纸片法”分析菌群和人体疾病标志物

麻省理工和哈佛大学的合成生物学大牛James Collins团队，继4年前发表基于RNA的检测埃博拉病毒的合成生物学纸片法，又于近期在Nature Communications发表了该方法的升级版，可用于菌群和人体疾病标志物的快速分析和诊断，有潜在临床转化价值。

菌群分析合成生物学生物标志物检测和诊断 Wei-Cheng You

菌群测序数据进行准确分类的新方法

来自Microbiome的一项最新研究，介绍了一个基于R的对菌群测序数据进行系统分类的分类器，比当前流行的几个分类器有更高的准确性。

菌群分析菌群分析 16S rRNA基因测序 Juhua Luo Juhua Luo

高通量测序分析

FM：菌群数据分析的局限性及解决之道（综述）

这篇综述值得菌群研究领域的专业人士特别关注，系统性总结了现有数据分析方法，对其中的局限性做了深入阐述并提出解决之道。特别推荐！

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生物信息学

Nature Reviews：给医生的菌群分析指南（必读综述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF：13.678]新online的重要综述，针对临床医生提供了菌群分析（微生物组分析）的手把手指南，这个要好好读，读明白了还要分享！

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