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文章数：6篇

自编码神经网路

Nature子刊：自编码神经网络在微生物群落动态研究中的应用

微生物群落广泛存在于地球生物圈的各个生境，且发挥着重要的作用。由于其具有高度动态变化对其动态变化的特征，因此有效模拟和判断一直是微生物群落分析和工程化应用的挑战。近期一篇发表在Nature子刊，Nature Communications上的研究论文显示，利用自编码神经网络方法，可以有效的把微生物生长动态过程压缩为低维度表征，并对其动态过程可以实现高度的重建。

自编码神经网路微生物群落群落重建机器学习研究论文

Nature子刊：水平基因转移或可促进菌群的功能稳定性

传统观点认为种群功能由其物种结构决定，但在一些微生物群落中，尽管物种会发生显著的波动，但整体功能却较为稳定。近日，杜克大学游凌冲及团队在Nature Chemical Biology发表最新研究，通过构建简单/复杂的群落，发现当基因转移速率加快，基因丰度对菌群结构的变化不再敏感。进一步通过构建含不同大肠杆菌的合成菌群，发现水平基因转移具有稳定群落功能的能力。总之，该研究为未来通过降低基因转移速率抑制致病性性状，设计更有效的治疗策略提供了新思路。

合成菌群水平基因转移（HGT）研究论文基础研究群落功能

微生物生态学

Nature子刊：区域划分如何影响微生物群落动态

微生物群落栖息的空间结构将全局环境划分为孤立或半孤立的局部环境，例如：一个个肠道隐窝将连续的肠上皮黏膜划分为多个半分隔的区域，这导致栖息于肠黏膜上的菌群也被分割为多个/大量的局部群落。这种空间分割对微生物群落的结构和动态的影响，尚不清楚。Nature Chemical Biology发表的这项研究对这一问题进行了探索，结合建模和定量实验，揭示了空间分割对微生物群落生物多样性的影响和机制。

微生物生态学

肠道细菌的通量化培养装置——微流控液滴培养MicDrop平台

肠道细菌的培养和筛选可以测试微生物的功能和治疗潜力，但人类肠道微生物群落的多样性阻碍对单个细菌类群的全面研究。mSystems发表的文章，研发了一种微流控液滴细菌培养平台MicDrop，可培养超过传统培养方法2.8倍的细菌类群，并对健康人肠道菌群对饮食多糖代谢能力进行研究。该装置或可改造，以适应更多的微生物分析需求。

细菌培养 Microbiome Microfluidics bacteria Gut

NAR：细菌基因组中寻找活性噬菌体——Prophage Hunter

鉴定活性前噬菌体对于研究噬菌体和细菌的共同进化、噬菌体生理学和生物化学以及用于多种应用的工程设计噬菌体至关重要的。 Prophage Hunter提供一站式网络服务，从细菌基因组中提取前噬菌体基因组、评估前体的活性、鉴定系统发育相关的噬菌体和注释噬菌体蛋白的功能。可以访问 https://pro-hunter.bgi.com/ 免费使用Prophage Hunter。

Hiroyuki Nakai Shin Kurihara Rika Hirano

【耐药专题】Nature子刊：抗生素可能不会显著促进水平基因转移

① 通常认为抗生素可促进水平基因转移，其调控水平基因转移的机制仍未知；② 该研究通过在抗生素介导的选择存在或不存在的状态下，对接合动力学进行定量分析，以求解决这个问题；③ 发现最广泛使用的亚致死浓度的抗生素不会显著增加接合效率；④ 建模和实验结果表明，接合动力学取决于抗生素介导的选择，它可以促进和抑制结合动力学；⑤ 抗生素促进水平基因转移的贡献可能被高估，这些发现有助于设计有效的抗生素治疗方案和评估抗生素使用的风险。

抗生素水平基因转移接合动力学接合效率 Annette Fagerlund