好雨

微生物组科学儿童健康其他

Science食品生产专栏近期发表的一篇观点性文章，探讨了如何在目前的基础上，更大规模，更有效地进行昆虫养殖，替代传统饲料成分。这一领域的挖掘不但能促进畜禽生产的可持续性，还能改善人类食品安全的保障，值得更多的研究。

昆虫替代饲料其他

肠道是抵御有害霉菌毒素的第一道防线。但霉菌毒素，如玉米赤霉烯酮（ZEN）是否通过肠道菌群损害机体生殖和免疫系统尚不清楚。重庆医科大学Shujin Wang和李希、中科院亚热带农业生态所吴信、国家粮食和物资储备局标准质量中心孙长坡及团队在Microbiome上发表文章，对此进行了详细的阐述。

肠道-生殖-免疫轴霉菌毒素研究论文

红甜菜根

红甜菜根花青素可调节健康成年人肠道菌群

红甜菜根富含生物活性物质，包括甜菜碱和多酚，具有抗炎作用。Food Chemistry近期发表的文章研究了食用红甜菜根汁与健康成人肠道菌群之间的关系。

红甜菜根人类肠道菌群研究论文

RORγt+细胞

Nature：RORγt+抗原呈递细胞驱动菌群特异性Treg分化

肠道菌群与免疫互作维系机体耐受和促炎之间的平衡。其中调节性T细胞（Treg）、TH17和滤泡辅助T细胞（TFH）是重要组分。Nature最新发表纽约大学医学院Dan Littman团队的文章，鉴别出掌控肠道菌群信号、联系T细胞并决定其分化的一种独特抗原呈递细胞（APC），Cd11c谱系、RORγt+ APC。

RORγt+细胞细菌特异性iTreg 研究论文

粪菌移植后

生活环境显著影响粪菌移植后小鼠的生理病理表型

无菌（GF）小鼠粪菌移植（FMT）是研究肠道菌群在代谢疾病中因果作用的重要手段。但FMT后的环境对菌群的定植和宿主的影响尚不清楚。Gut最近发表的文章对此进行了探究。

粪菌移植后饲养环境研究论文

Th17免疫

Cell：好菌换坏菌！高脂高糖如何破坏Th17免疫介导的代谢平衡

Cell重磅上线的文章，研究并阐述了在高脂饮食（HFD）诱导的肥胖（DIO）、代谢综合征和糖尿病前期情况下，动物肠道菌群、营养与免疫的复杂互作。揭示了以分节丝状菌SFB为代表的肠道共生菌诱导的Th17细胞具有代谢平衡和肠道保护作用。正常情况下脂质的吸收主要发生在空肠，HFD造成更多的脂肪进入回肠末端。此时Th17-IL-17是否能正常发挥功能，抑制CD36介导的上皮细胞脂质吸收就成了关键。文章内含海量数据，在菌群、营养成分和免疫端均有新发现，推荐阅读。

Th17免疫高脂高糖诱导的菌群失调研究论文

淀粉乳杆菌

朱伟云团队：揭示淀粉乳杆菌在肠道中的占优机制

乳杆菌在一些哺乳动物的小肠中占主导地位的原因目前尚不清楚。南京农业大学朱伟云团队在The ISME Journal 发表了最新研究成果，通过研究猪肠道中的优势菌淀粉乳杆菌（Lactobacillus amylovorus），发现其对多肽的营养偏好改变了氨基酸和肽转运相关基因的表达，增强了其对肽和氨基酸的利用能力，同时也发现淀粉乳杆菌对不同底物的差异代谢模式。该研究揭示了氨基酸利用是介导猪小肠中淀粉乳杆菌成为优势菌的关键机制，也为借助营养塑造菌群提供了新思路。

淀粉乳杆菌氨基酸利用研究论文

微生物组管理

Nature子刊：如何进行微生物组管理（观点）

全球生物多样性丧失和物种大规模灭绝严重威胁到人类的生存和发展。以微生物组为中心的干预措施，如益生菌和微生物移植，正在成为逆转生物多样性恶化、增强生态系统复原力的有效手段。Nature Microbiology最新发表的观点性文章，提出了“微生物组管理”（Microbiome stewardship）的概念，强调通过监测和适当控制微生物组，可更有效管理和维护生态系统的多样性，并以益生菌为切入点，指出了效益评估、风险评估、监管策略和循证框架在微生物组管理中的重要性。

微生物组管理生物多样性其他

宏基因组测序

Nature子刊：一种抗环境DNA污染的宏基因组DNA测序方法

宏基因组测序样品制备过程中难以避免被外界DNA污染。在Nature Communications近期发表的文章中，研究人员开发了一种基于物理标记的宏基因组测序方法SIFT-seq，可有效抵御测序样品制备过程中引入的环境DNA污染。SIFT-seq在低微生物量的宏基因组分析中拥有十分广阔的应用前景，如描述血液和尿液样本中的微生物DNA特征以及识别体液中潜在低丰度微生物感染源。未来可围绕SIFT-seq开发清除污染工具包，实现采样-测序-分析的完整解决方案。

宏基因组测序新方法研究论文

口服免疫

Science子刊：Th17与肠道Tfh无关？对IgA诱导也不重要？

Th17细胞存在于肠道派氏结和固有层位点，与病菌和共生菌群互作。一直有关于派氏结滤泡辅助性T细胞（Tfh）是由Th17细胞分化而来的说法。Science Immunology最新的研究并不支持这一说法，并且进一步发现Th17细胞缺失对于口服免疫诱导的IgA反应似乎也不重要。那么下一个问题就是，Tfh到底缘何而来？

口服免疫派氏结Th17 研究论文

结直肠癌

Nature子刊：单细胞测序明确结直肠癌两种上皮肿瘤细胞亚型

目前结直肠癌的共识分子亚型（CMS）分类依赖于整个肿瘤的转录组分析，然而潜在的上皮细胞多样性仍不清楚。新加坡基因组研究所等机构在Nature Genetics杂志上发表了最新研究，研究人员根据不同的基因表达、DNA拷贝数和基因调控网络，将结直肠癌患者肠上皮细胞分为两种亚型，并将其称为内在一致性（intrinsic-consensus）分子亚型（iCMS）。基于这些发现，研究团队改进了CMS分类，将新发现的内在上皮细胞亚型（I）和先前的微卫星不稳定状态（M）以及纤维化（F）相结合，定义为“IMF”分类。IMF分类为研究大肠癌的起源、演变和治疗策略提供了新的见解。

结直肠癌单细胞转录组研究论文医学研究

下颌淋巴结

Science子刊：口腔黏膜CD8+ T细胞绕过肠道快速清除病菌？

Science Immunology最近发表的文章，阐述口腔黏膜受到病菌侵袭时，获得性免疫如何启动防御机制，揭示了其中一类缺乏肠道归巢表型的细胞毒性CD8+ T的反应和功能。

下颌淋巴结 CD8+ T细胞研究论文

肠道微生物组与宿主互作

Science：肠道菌群与宿主的互作——从点到面的交流（综述）

肠道微生物组与宿主互作肠屏障功能综述多组学整合

人类肠道微生物组

傅静远等Nature：人类肠道微生物组、暴露组与遗传力

微生物组与肠道紊乱、代谢综合征和多种免疫疾病密切相关，越来越成为人们的共识。但是回到肠道研究的最初，究竟什么是健康的或不健康的肠道微生物组这一问题仍未被很好的回答。特别是关于人类菌群的研究，基于明确表型的大型、深入、标准化队列研究及综合分析仍是稀缺项。Nature刚刚上线来自荷兰格罗宁根大学傅静远等主导的基于荷兰微生物组项目（DMP）的研究，对荷兰人群肠道微生物组进行了全面的分析和概述，解析了遗传力与暴露组（Exposome）对菌群的影响，旨在促进微生物组靶向治疗的发展。这是继2021年，傅静远团队与合作者在Cell发表关于“人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性”后（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1049457684），在微生物组研究上的又一重大突破。

人类肠道微生物组暴露组研究论文基础研究

热休克蛋白

扬大蔡德敏团队：热休克蛋白介导的益生菌护肠作用

热休克蛋白（HSPs）作为一种保护性蛋白，在机体遭受应激时会发挥维持细胞稳态的作用。扬州大学动物科学与技术学院蔡德敏为通讯作者，刘好雨、顾芳和朱崔鹏为第一作者在Frontiers in Immunology上发表文章，通过口服罗伊氏黏液乳杆菌强化HSPs表达，有效减轻DSS对肠道屏障的损害程度，为通过饮食干预，预防和治疗肠道疾病提供一条新的解决途径。

热休克蛋白罗伊氏黏液乳杆菌 barrier function Gut microbiota heat shock proteins

簇细胞

Science子刊：肝外胆管系统中簇细胞与中性粒细胞的互作

簇细胞（tuft细胞）是一种少见的上皮细胞类型，虽然在胆囊和肝外胆管的黏膜普遍存在，但研究较少。Science Immunology最新发表的文章，揭示了胆汁酸循环中一种全新的簇细胞与免疫细胞的互作机制。

簇细胞中性粒细胞研究论文

群体感应信号分子

华中农大：群体感应信号分子损害宿主细胞的分子机制（综述）

近几十年来，人们对微生物群体感应（QS）的认识有了很大的提高，对微生物群体感应信号分子（QSSM）与哺乳动物宿主细胞的交互作用同样有了很深入的研究。Gut Microbes发表的来自华中农业大学陶诗煜及团队的综述文章，系统地总结了AHL（一种由革兰氏阴性菌产生的QSSM）对宿主细胞的影响及其潜在机制。回顾了AHL与肠道疾病之间的关系，并确认3-oxo-C12-HSL是一种在动物代谢性疾病发展中起关键作用的AHL。此外，文章还提出了目前研究的不足与未来研究的方向。推荐阅读！

群体感应信号分子 AHL 综述

巨噬细胞异质性

深度解析人结肠巨噬细胞异质性和生态位特异性功能

Journal of Experimental Medicine最新发表的文章，使用高分辨率时空单细胞分析，揭示人类结肠黏膜和肌层中的巨噬细胞包含多个转录状态不同的亚群，这些亚群显示出特定于生态位的定位和功能特性。

巨噬细胞异质性单细胞测序研究论文

ATP合成酶

Cell子刊：细菌胞壁肽促进肠道细胞线粒体稳态

Developmental Cell发表的文章，报道了细菌细胞壁衍生的肽聚糖胞壁肽在促进秀丽隐杆线虫的发育和觅食行为中的作用。并指出二糖胞壁肽是效应分子，宿主ATP合成酶是靶标。

ATP合成酶胞壁肽研究论文

非炎症性艰难梭菌定植

Nature子刊：鸟氨酸代谢与非炎症性艰难梭菌定植

艰难梭菌（Cd）感染每年在美国造成超过20万个住院病例和13000例死亡。Cd可在无症状携带者肠道定植，造成自身感染或感染他人。Nature metabolism发表letter，对相关分子机制进行了阐述。

非炎症性艰难梭菌定植鸟氨酸代谢其他

肠道特异性抗病毒保护

Cell子刊：环二核苷酸促进肠细胞特异性抗病毒免疫

肠道特异性抗病毒保护口服环状二核苷酸研究论文

口服轮状病毒疫苗

Nature子刊：全球框架下研究菌群对婴儿口服轮状病毒疫苗免疫原性的影响

口服轮状病毒疫苗（ORV）是少有的在不同发展阶段、收入水平国家均常规施用的疫苗，为相关评价、对比研究提供了宝贵的资源。Nature Communications最新发表的文章，对影响ORV设计和免疫方案、效价的因素进行了研究。

口服轮状病毒疫苗研究论文前瞻性队列研究疫苗应答菌群-免疫互作

上皮间树突状细胞

Cell子刊：剖析肠道生态位亚型，定义树突状细胞多样化功能

肠道组织中的树突状细胞（DCs）是一个复杂群体，具有多种亚型表达多种功能。具体微环境如何影响DCs多样化尚不清晰。Immunity发表的基础性研究，发现肠道常规树突状细胞cDC2s接收环境信号，从固有层迁移至上皮间并定植，改换生态位，相应地，转录组、表型和功能都会转变。

上皮间树突状细胞肠道生态位研究论文

抗生素药敏试验

王炜等：D-型氨基酸荧光探针——为细菌抗生素药敏试验加速

D-型氨基酸荧光探针（FDAA）是微生物学研究中的宝贵工具，对大多数细菌具有良好的耐受性，可高效标记细菌并反映细菌的代谢情况。来自上海交通大学医学院的王炜、杨朝勇、皋源、李敏及团队近期在Advanced healthcare materials上发表文章，建立了一种基于FDAA的抗生素药敏试验（FaAST）测试方法。

抗生素药敏试验 D-型氨基酸荧光探针（FDAA）研究论文 antibiotic susceptibility tests bacterial metabolic status

微生物结构变异

傅静远等Cell子刊：从微生物遗传组成的维度，解析人肠道菌群与胆汁酸代谢的关系

荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授及团队在Cell Host & Microbe发表文章，整合了荷兰LifeLines-DEEP（LLD）和300-Obesity（300-OB）两个人群队列共计1437名受试者的肠道微生物宏基因组、胆汁酸代谢谱以及多维度表型数据，以微生物基因组结构变异（SV）为切入点，系统探究了肠道微生物遗传组成与胆汁酸代谢的关联。有趣的是，肠道微生物遗传组成关联和相对丰度关联之间的重叠较少，表明SV作为一个新的数据维度，可以提供菌群组成无法反映的额外信息，值得深入挖掘。

微生物结构变异胆汁酸代谢研究论文 human gut microbiome bile acid metabolism

菌群-肠-脑轴

北京协和医学院：粪菌移植或可通过菌群-肠-脑轴缓解帕金森病

菌群-肠-脑轴研究论文 AKK菌粪菌移植帕金森病

结直肠癌（CRC）

模拟农场生活环境可预防小鼠的大肠癌？

结直肠癌（CRC）野生化研究论文

结直肠癌

华西医院：大肠癌中，KRAS突变诊断、治疗的新进展（综述）

刚刚发表在Molecular Cancer上的四川大学华西医院毕锋及其团队的一份综述工作，总结了KRAS蛋白在细胞周期正常调控中的重要作用及其突变后造成结直肠癌（CRC）发生的具体机制。KRAS基因点突变，尤其是12位发生的点突变，造成了KRAS蛋白功能变化，使细胞增殖存活，从而诱发癌症。其中不同点突变类型，其患者预后效果存在差异。因此临床检测KRAS突变类型尤为重要。目前新兴技术的出现拓宽了检测限，增加准确性。同时，靶向治疗KRAS蛋白突变的药物G12C共价抑制剂也有了早期临床试验较好的治疗效果，而其他新兴疗法也逐渐出现。在未来，KRAS中更普遍的点突变类型G12D和G12V将作为新的靶点，进行药物研发。此外，KRAS点突变共价抑制剂药物治疗的具体机制还有待研究，同时KRAS点突变共价抑制剂相较下游MAPK和PI3K信号通路抑制剂有非剂量依赖毒性的优点，可在联合给药治疗中降低毒性。

结直肠癌 KARS蛋白突变综述

遗传性肥胖

宿主的肥胖基因选择了促肥胖的微生物功能基因？

宿主基因可以决定肠道菌群结构，但由于影响肥胖性状的因素较多，尚无合适的模型可揭示宿主遗传与菌群的直接相关关系。Communications biology近期发表的一篇文章通过盲肠宏基因组获得的微生物基因，进行加性对数比转换，结合多因分析，揭示了宿主基因如何决定肠道内核心微生物功能基因，并形成肥胖表型的相关机理。该研究为遗传性肥胖症的治疗拓宽了视野。

遗传性肥胖微生物基因加性对数研究论文