往、昔℡

微塑料（MPs）通常指直径小于5mm的塑料颗粒，口服（食物和水）是人类接触MPs的主要途径，MPs遗留在肠道中会引起肠道毒性。现代人群通常会进行节食来控制体重，当食物摄入不足时，身体对侵入性污染物的敏感性可能会增加。然而，MPs对饮食限制（DR）人群的潜在影响仍未知。南京师范大学和中国药科大学团队联合发表于Science of the Total Environment上的研究，将小鼠分为饮食限制（DR）组和正常组，暴露于聚苯乙烯微塑料（PSMPs）5周，研究DR是否会影响PSMPs对小鼠的毒性。结果表明，DR会加剧PSMPs引起的小鼠肠道屏障功能障碍和肝损伤，暗示了污染物的生物效应可能受到饮食习惯的影响。

饮食限制聚苯乙烯微塑料研究论文基础研究肠道菌群

粪菌移植

粪菌移植对动物行为的影响（荟萃分析）

Neuroscience and Biobehavioral Reviews上发表的一项荟萃分析结果，总结了64项研究的数据，粪菌移植可改变动物行为，证实了肠-脑轴的存在。

粪菌移植荟萃分析肠-脑轴

血脑屏障

肠菌调节血脑屏障，或可缓解阿尔茨海默症

越来越多的证据表明，肠道菌群失调与血脑屏障（BBB）通透性增加有关，还会影响阿尔茨海默病（AD）的发病机制。近日，根特大学研究人员在EMBO Journal发表最新研究，发现肠道菌群及其代谢物会影响上皮细胞，而上皮细胞对于血脑脊液屏障的完整性至关重要。AD小鼠中受损的血脑屏障和血脑脊液屏障可以通过补充SCFA来挽救，且这种治疗可以抑制AD的病理学，值得关注。

血脑屏障肠脑轴研究论文基础研究肠道菌群

剖腹产

剖腹产小鼠的肠屏障-菌群失衡，使其易发炎症

肠道菌群与宿主的相互作用多发生在肠屏障，且最初的肠道菌对于生命早期肠道屏障的成熟也很必要。母代对子代肠道菌群的传承非常重要。但是在剖腹产手术中，这一关系被破坏。最近的研究表明，剖腹产或破坏生命早期肠道屏障-肠道菌群平衡。本文就此问题，以剖腹产小鼠为模型，探究生命早期肠道菌群-肠屏障改变对肠道炎症的影响。研究结果显示，生命早期剖腹产引发的肠菌-宿主改变或可提高其后期生长过程炎症敏感性。

剖腹产炎症研究论文

SARS-CoV-2

轻度SARS-CoV-2感染导致肠道菌群长期不稳定

多项研究观察到，在需要住院治疗的SARS-CoV-2感染的严重病例中，肠道微生物群被破坏。但轻度SARS-CoV-2感染对肠道微生物群的影响知之甚少。mBio近期发表的文章，发现即使是轻微的SARS-CoV-2感染，也会破坏肠道微生物生态。

SARS-CoV-2 肠道菌群

噬菌体

染色体折叠和前噬菌体激活揭示肠道细菌的特定基因组结构

细菌及其病毒、噬菌体是肠道菌群中最丰富的群落，但目前这两者间的相互作用尚不清楚，尤其是肠道环境对细菌及其相关噬菌体的影响。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，利用基于邻近连接的测序（Hi-C）研究细菌中功能性和活性噬菌体的精确识别，为研究不同条件（健康与疾病）下噬菌体与细菌间的相互作用提供了策略。

噬菌体

姜炎+吴仲文+任志刚：口腔真菌标志物鉴定新冠阳性

这是发表在Advanced Science上的一份工作，由热心肠智库专家任志刚及其合作伙伴完成。他们针对新冠患者、康复患者、疑似病例、疑似病例康复者以及健康对照的舌苔样本进行了ITS测序，以评估其真菌组的变化。他们发现新冠患者的真菌组的多样性进一步增加，子囊菌门和担子菌门占比进一步上升，机会致病菌白色念珠菌属、酵母菌属和Simplicillium属风度增加。其中通过分类预测模型发现两个长隐球菌OTU（OTU4和OTU925）可作为区分新冠患者的生物标志物。

口腔菌群

Cell子刊：口腔微生物组的结构功能和宿主健康（综述）

这是发表在Cell Host and Microbe,的一份综述工作。作者讨论了口腔微生物组复杂多样的空间构成，以及种内和种间多重互作模式，并以此调节群落整体功能。作者也阐述了口腔菌群失调与牙周炎等口腔疾病的关系，同时菌群失调也会造成超越口腔的系统性影响。作者在最后探讨了针对口腔菌群失调和炎症的潜在治疗策略，包括使用补体靶向药物和氧化铁纳米颗粒。

口腔菌群

GPMeta

国内团队：从宏基因组序列中加速识别病原体的新工具GPMeta

宏基因组测序由于其无偏性和低成本特性，是临床微生物检测中识别病原体的有力工具。然而，在临床相关的时间框架内对序列进行分类的挑战阻碍了测试技术的临床实践。近日，华大基因Zengquan He、Dongfang Li、Xuebin Wang及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，开发了GPMeta（https://github.com/Bgi-LUSH/GPMeta），可以快速且准确地从复杂的微生物组数据中识别病原体，相比其他工具性能较好，值得关注。

GPMeta 病原体鉴定研究论文基础研究生信工具

宏基因组组装基因组 (MAGs)

国内团队：基于宏基因组测序数据组装方法的基准测试

宏基因组组装是一种利用宏基因组测序数据重建微生物基因组的有效方法，多种组装工具也被开发用于简化组装并解决微生物基因组中序列重复的问题。然而，目前还没有对宏基因组测序技术进行全面评估，也缺乏选择合适的宏基因组组装工具的实用指南。近日，香港浸会大学张璐及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，使用由一系列测序技术生成的32个宏基因组测序数据集，对19种主流组装软件工具进行了全面的基准测试，发现通过杂合组装是提高总组装长度、获得近乎完整MAGs有希望的方法，值得关注。

宏基因组组装基因组 (MAGs) 组装工具研究论文基础研究宏基因组

宏基因组

鞠峰团队：剔除重复数据可提高宏基因组组装和分箱效率

宏基因组测序文库构建时引入的重复序列不仅会给定量分析带来偏差，而且还会导致覆盖剖面的错误，给宏基因组组装和分箱带来不良影响甚至失败，但这个问题很少被注意到，而且它对下游基本生物信息学过程的影响仍然不清楚。近日，西湖大学鞠峰及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，基于五种典型数据（即人类肠道、生物反应器污泥、地表水、湖泊沉积物和森林土壤），发现剔除重复数据有助于提高组装和分箱的效率，还可节约计算成本。总之，该研究为微生物组研究中更经济高效的宏基因组分析提供了经验参考。

宏基因组提出重复数据研究论文基础研究序列组装

差异丰度分析

在微生物组测序数据中，如何选择差异丰度分析方法？

如今，差异丰度分析（DAA-C）是微生物组数据分析中一项中心统计任务，DAA-C工具可有效筛选微生物候选物进而有利于进一步验证相关发现，但目前的相关工具的结果仍存在较大的差异，阻碍了相关生物学结果的解释。近日，美国梅奥医学中心的研究人员在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，基于真实数据对11种DAA-C相关工具的性能进行了基准测试，发现线性模型方法（如LinDA、MaAsLin2和LDM）比基于广义线性模型的方法性能相对更稳健。此外，发现没有一种评估方法在各种设置中是最佳的，性能最佳的方法主要取决于生物学真相和数据特征，其中LinDA方法在假阳性控制和功率间能有较好的权衡，值得相关人员进一步测试。

差异丰度分析微生物组数据研究论文基础研究生信分析工具

MetaBinner

复旦大学：从复杂微生物群落中实现高性能分箱新工具MetaBinner

随着测序技术和生物信息学的快速发展，分箱工具不断革新以促进基因组的完整性和低污染率。近日，复旦大学的朱山风及团队在Genome Biology发表最新研究，开发出了从复杂微生物群落中恢复基因组的高性能和独立的集成装箱方法MetaBinner（https://github.com/ziyewang/MetaBinner），通过模拟和真实数据集测试该工具的性能也优于现有工具，值得关注和进一步测试。

MetaBinner 分箱工具研究论文基础研究宏基因组学

HiFi测序

使用HiFi测序有助于识别MAG中的罕见突变

HiFi reads是基于Sequel II平台推出的CCS测序模式产生的兼具长读长和高准确度的测序序列，有利于生成更完整的MAG，也促进了识别潜在的突变位置。近日，美国加州大学圣地亚哥分校在Genome Research发表最新研究，开发了strainFlye流程，通过相关数据集测试证明可以较好地鉴定和分析HiFi reads组装的MAG中的罕见突变，值得相关人员测试。

HiFi测序罕见突变研究论文基础研究生信分析工具

咖啡酰奎宁酸

上海药物研究所：罗伊氏乳杆菌和咖啡酰奎宁酸协同作用，或可改善肥胖

先前研究报道，大量摄入富含咖啡酰奎宁酸（CQA）的膳食补充剂（如绿咖啡豆提取物），可有效维持机体代谢稳态。肠道是CQA暴露的第一个部位，肠道菌群及其代谢物在CQA对肥胖相关疾病的效果中所起的作用仍未被充分探究。近日，上海药物研究所谢岑及团队在Microbiome发表最新研究，发现补充CQA通过调节肠道菌群和丙酸可逆转HFD诱导的肥胖。此外，罗伊氏乳杆菌联合低剂量CQA对肥胖的治疗效果优于单独治疗，有助于降低CQA的剂量和频率。总之，该研究证实了罗伊氏乳杆菌、丙酸盐和褐色脂肪组织间的功能轴在CQA通过生热调节抗肥胖中发挥重要作用，也为未来靶向肠道菌群提高生物利用度较差的草药成分改善相关疾病提供了新见解。

咖啡酰奎宁酸肥胖研究论文基础研究益生菌

口腔菌群

国内团队：口腔鳞状细胞癌患者的口腔菌群变化

南京市口腔医院的王翔团队、闫福华团队与上海市同济医院的Zhengqin Ye团队在Microbiology spectrum上发表的一项最新研究，对比了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者、口腔癌前病变（OPL）患者及健康对照的口腔菌群差异，发现黏膜（而非牙龈菌斑或唾液）样本中的菌群多样性、组成及功能差异较大。

口腔菌群口腔癌口腔鳞状细胞癌研究论文基础研究

肥胖

高淀粉饮食或可促使肥胖小鼠保持胰岛素敏感性？

肥胖通常与肝脏和肌肉的胰岛素抵抗有关，会增加患2型糖尿病的风险，但发现部分肥胖人群仍然对胰岛素敏感。近日，澳大利亚悉尼大学研究人员在eLife发表最新研究，基于动物模型，探讨给小鼠喂食高脂肪（Hi-F）、高淀粉（Hi-ST）及标准饮食对其体重、葡萄糖耐量、胰岛素敏感性和组织脂质的影响，发现尽管脂肪组织过多，但喂食Hi-ST饮食的小鼠仍保持较好的葡萄糖耐受性和胰岛素敏感性，这表明营养摄入类型可能是决定葡萄糖稳态的一个重要因素。Hi-ST和Hi-F小鼠骨骼肌和肝脏中脂质组成差异也进一步支持了这一观点，即单个脂质种类可能是影响胰岛素抵抗更重要的决定因素（而不是总脂质水平），改变这些特定脂质的干预措施可能更有助于缓解相关代谢疾病。

肥胖胰岛素敏感性研究论文基础研究高淀粉饮食

帕金森病

Nature子刊：肠道菌群在帕金森病中的潜在作用

越来越多的证据表明帕金森病 (PD) 很可能从肠道开始并扩散到大脑。近日，发表在Nature Communications的这篇文章，通过大规模宏基因组学研究PD中肠道菌群的作用，发现PD中广泛存在菌群失调，确定了导致菌群失调的物种，并通过功能分析确定了肠道中可能导致PD的微生物基因和通路。

帕金森病肠道菌群肠-脑轴

结肠炎

组蛋白甲基转移酶可调节T细胞脂质代谢以影响肠道炎症

T细胞在炎症性肠病（IBD）的发生发展中起着重要作用，IBD患者的慢性肠道炎症与肠道组织驻留的效应T细胞和调节性T细胞数量与功能紊乱相关。此前有研究表明，组蛋白甲基转移酶G9a与T细胞的分化与命运决定有关。近日Gastroenterology发表研究文章，发现G9a可以调控T细胞的胆固醇生物合成途径而影响其分化命运，药物抑制或基因敲除G9a可以缓解T细胞相关的小鼠结肠炎，为G9a抑制剂在IBD等免疫相关疾病治疗中的应用提供了证据支持。

结肠炎 T细胞介导的结肠炎组蛋白甲基转移酶G9a 调节性T细胞 (Treg) 胆固醇代谢

粘蛋白

FUT8调控粘液中的粘蛋白组成，从而影响溃疡性结肠炎的进展

粘液屏障保护机体免受病原体侵害，粘蛋白是其主要成分。PNAS上发表的一项最新研究结果，发现岩藻糖基转移酶8（FUT8）在溃疡性结肠炎患者的炎症远端结肠中高表达，伴随着多种粘蛋白水平的上调。机制上，FUT8通过促进MUC1向细胞膜的运输，并增加MUC2与MUC5AC的胞外分泌，以增强粘蛋白与细胞表面的粘附，从而调控细胞表面的粘液组成，以及肠道上皮细胞与细菌的互作，最终影响肠道炎症的发生发展。

粘蛋白研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）细胞系实验

帕金森病（PD）

新发帕金森病患者的肠道菌群特征

先前研究发现，帕金森病（PD）患者的肠道菌群改变，常被认为是其发病机制之一，但相关研究没有充分考虑、调整PD相关药物和疾病持续时间等混杂因素对肠道菌群的影响。事实上，几乎所有的PD患者都已经使用过多巴胺能药物，并在诊断几年后被纳入研究。近日，荷兰格罗宁根大学研究人员在NPJ Parkinson's disease发表最新研究，纳入两个未治疗的新发PD队列（共包含192个PD患者和172个健康人），发现PD患者的肠道菌群在诊断时已经发生改变，不存在多巴胺能药物产生的混杂效应。与先前研究相比，未接受治疗的PD患者在物种分类上的差异更小。总之，该研究为未来基于肠道菌群进一步缓解PD提供了新见解。

帕金森病（PD）肠道菌群研究论文基础研究疾病治疗

合成菌群

Cell子刊：合成定制小鼠肠道菌群或可实现

大量未知的微生物基因及其分类限制了肠道菌群的研究，而通过培养肠道微生物有助于其分子和实验研究。近日，发表在Cell Host & Microbe的这篇文章，发现小鼠肠道培养的细菌具有分类学和功能多样性，并利用miBC菌株对微生物-宿主相互作用进行模块化功能研究的概念验证实验，发现某些细菌在调节宿主免疫反应中具有直接作用，并为研究特异性的小鼠肠道细菌合成菌群 (SYN) 开辟了途径。

合成菌群肠道菌群小鼠

长期航行

上海长海医院：航海半年后，船员肠道菌群和代谢谱有何变化？

长期航行中，保持海员的健康是一项艰巨的任务，目前对船员远航后肠道菌群及代谢物如何变化仍知之甚少。近日，上海长海医院廖专、邹文斌及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，纳入30名航行6个月的船员，发现长期航行后船员的肠道菌群和代谢物发生显著改变。未来通过膳食调整或补充益生菌可抵消有益代谢物水平的降低，进而改善长期航海船员的健康。

长期航行肠道菌群研究论文基础研究菌群与宿主互作

数据库

哈尔滨医科大学：人和小鼠肿瘤组织中微生物组的综合数据库—microbioTA

研究已经发现各种微生物在癌症组织中定植，并在癌症诊断和预后中发挥着重要作用，许多研究致力于开发更好的癌症相关微生物组数据。然而，目前还没有独立、全面的开放资源对癌症相关微生物组数据进行编目，这限制了对微生物与癌症进展间关系的探索。近日，哈尔滨医科大学研究人员Liang Cheng、Lei Shi、张学及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，开发了人和小鼠肿瘤组织中微生物组的综合数据库—microbioTA（http://bio-annotation.cn/microbiota），该数据库允许用户浏览、搜索、可视化和下载各种组织的微生物数据及相关分析结果，值得关注。

数据库组织微生物研究论文基础研究生物信息学平台

胆碱能

瑞金医院：β-淀粉样蛋白诱导肠道菌群失调，伴随胆碱能抗炎途径抑制

先前研究报道，阿尔兹海默病（AD）及轻度认知障碍患者存在肠道菌群失调，但相关菌群失调机制尚不清楚。胆碱能抗炎途径（尤其在肠道内）是中枢神经系统调节外周免疫稳态的重要途径，但胆碱能抗炎途径功能障碍和肠道菌群失调有何关联，仍需探究。近日，瑞金医院陈生弟、汤荟冬及团队在Journal of Neuroinflammation发表最新研究，通过注射Aβ1-42构建AD小鼠模型，发现Aβ在中枢神经系统中可导致肠道菌群失调，加速淀粉样物质生成，这与抑制胆碱能抗炎途径有关。

胆碱能 β-淀粉样蛋白研究论文基础研究神经元损伤

宏基因组数据分析

Nature子刊：使用Kraken套件进行宏基因组数据分析

测序数据的生信分析对于准确和完整表征微生物群落至关重要。为促进宏基因组分析的高效性和可重复性，近日发表在Nature Protocols的研究，作者开发了Kraken suite（含Bowtie2、Kraken2、Bracken、Pavian等软件）用于宏基因组数据分类、量化和可视化的流程。该流程可很好应用于对给定的宏基因组数据中物种的定量分析，也可对人类患者临床样本进行致病菌检出分析，特别适合熟悉Unix命令行环境的相关人员，值得尝试。

宏基因组数据分析软件研究论文基础研究生物信息学流程

智能胶囊

智能胶囊或可用于靶向采集结肠菌群

目前，粪便样本常用于评估肠道菌群与饮食间的相互作用，但这种方式仍存在无法全面提供肠道菌群空间变化信息的弊端。近日，美国普渡大学研究人员在Acta Biomaterialia发表最新研究，开发一种无电子智能胶囊，可对结肠区域内菌群进行定点采样。该设备可快速膨胀收集肠腔中液体及其菌群，并在采样后会自动关闭，通过多项测试发现其稳定性、耐受性以及精确性良好。总之，该设备的开发为消化病学研究和临床应用提供了新途径。

智能胶囊微生物群采样研究论文基础研究结肠菌群采样

植物聚糖

细菌如何利用植物N-聚糖

肠道菌群通过不同的碳水化合物活性酶（CAZymes）降解复合聚糖，为机体提供营养物质。植物N-聚糖普遍存在于植物产生的蛋白质中，但这些复杂分子如何通过肠道菌群分解还未被充分探索。近日，PNAS发表研究发现，植物N-聚糖作为营养物质通常附着于植物蛋白上，是肠道细菌的食物来源，拟杆菌属下的物种可以通过编码特定的酶分解这种聚糖。此外，还发现一些酶对昆虫的N聚糖也有较好的活性，值得关注。

植物聚糖拟杆菌属研究论文基础研究肠菌酶

肠道菌群

菌株层面的维生素代谢和需求或可影响菌群结构

维生素干预能改变部分肠道微生物的丰度甚至改变整个肠道菌群的多样性。Gut Microbes近期发表的一项研究，确定了816种肠道来源菌株的必需（必须由外界提供）和可选（当不可用时可合成）维生素需求属性，发现了肠道中的菌株往往具有互补的维生素特性。值得关注的是，该研究采用的GEMNAST工作框架不仅能将单个菌株的维生素代谢和营养需求与肠道菌群的结构联系起来，还可推广至其它营养素，将为肠道生态学研究和共丰度群落的发掘提供机制基础。

肠道菌群维生素

胆囊切除术

国内团队：胆囊切除术会诱导胆汁酸代谢调节免疫细胞改善IBD

胆囊切除术（PC）是胆道外科常用的手术，部分患者术后会伴有胃肠道并发症和较高患结直肠癌的风险，但患炎症性肠病的风险并没有显著增加。近日，北京大学人民医院刘玉兰及团队在Gut Microbes发表最新研究，探究胆囊切除后对结肠炎小鼠的影响，以及PC患者粪便胆汁酸、粘膜菌群和免疫细胞间的关联，发现PC引起的次级胆汁酸积累通过抑制单核细胞/巨噬细胞的招募改善结肠炎，可能与激活LXRα相关通路有关。未来仍需进一步验证胆囊切除术与缓解结肠炎的潜在机制，值得关注。

胆囊切除术结肠炎研究论文基础研究胆汁酸代谢