马迎飞团队Nature子刊:揭示人肠道古菌病毒多样性

Nature Communications [IF:17.694]
① 对先前发表研究的2971个宏基因组的古菌基因组重叠群进行了大规模鉴定;② 从已鉴定的古菌基因组重叠群和UHGG(统一人类胃肠道基因组)的1162个古菌基因组中获得了间隔物;③ 基于古菌间隔物收集和古菌病毒中存在的蛋白质同源特征,该文建立了古菌病毒检测管道;④ 并在人类肠道中获得了1279种古菌病毒;⑤ 该工作有助于更好地表征人类肠道中的古菌病毒及其古菌宿主,并提供人类肠道菌群的补充视图。
【主编推荐语】中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队近期在Nature Communications发表研究,对人类肠道中的古菌和古菌病毒进行了全面的宏基因组数据挖掘。研究结果表明,人肠道古菌和古菌病毒存在很高的多样性,本研究鉴定的新的人肠道古菌病毒填补了相关的知识空白,并可作为人肠道古菌病毒组的扩充,本研究将为深入了解人体肠道内古菌病毒的多样性和蛋白功能提供前所未有的见解,以供人们更好地了解人类肠道生态系统,该文为人类肠道菌群的研究提供了新视角。(@刘永鑫-农科院-宏基因组)
Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of archaeal virome in the human gut
2022-12-29, doi:10.1038/s41467-022-35735-y

国内团队:重症先心病新生儿的肠道菌群失调特征,及其对健康的潜在影响

Microbiome [IF:16.837]
① 对45名患有重症先天性心脏病(CCHD)新生儿、50名健康对照的粪便样本进行深度宏基因组测序和代谢组学分析;② CCHD新生儿肠道菌群失调,表现为双歧杆菌耗竭、肠球菌过度生长,并与代谢紊乱高度相关;③ 双歧杆菌和肠球菌的遗传变异导致CCHD代谢紊乱;④ 以长尾噬菌体为代表的温和噬菌体病毒组通过改变菌群的适应性,塑造肠道细菌组成;⑤ 肠球菌的过度生长通过代谢物介导CCHD的肠道屏障损伤和炎症反应,并与全身炎症和手术预后不良相关。
【主编推荐语】生命早期的肠道菌群对于维持宿主代谢和免疫稳态至关重要,患有重症先天性心脏病(CCHD)的新生儿存在营养不良和免疫失衡的重大风险,但其肠道菌群与CCHD病理生理学的联系尚不清楚。近日,上海儿童医学中心张浩和中国医学科学院阜外医院李守军作为共同通讯作者,中国医学科学院阜外医院黄源、陆文龙和曾敏作为共同第一作者,与团队在Microbiome上发表文章,发现与代谢组学紊乱相关的肠道菌群失调与CCHD新生儿的免疫失衡和不良临床结果有关,表明重建最佳的肠道菌群对维持CCHD患儿的代谢和免疫平衡或有重要意义。(@圆圈儿)
Mapping the early life gut microbiome in neonates with critical congenital heart disease: multiomics insights and implications for host metabolic and immunological health
2022-12-30, doi:10.1186/s40168-022-01437-2

戴海龙+张志刚+于雪:肠道菌群或可辅助诊断心血管疾病

Microbiology spectrum [IF:9.043]
① 收集心血管病病人与无病对照组粪便样本,发现吸血弧菌属、瘤胃球菌属和艾森伯格菌与轻度冠状动脉狭窄(MCS)、稳定型心绞痛(SA)和急性心肌梗死(AMI)相关;② 在MCS与SA诊断上,基于纯菌群指标的模型比临床指标更准确;③ 菌群指标可提高临床指标对AMI诊断的准确性;④ AMI的菌群指标Sporobacter和艾森伯格菌分别与临床指标肌酸激酶(CK)和血红蛋白(Hb)负相关;⑤ 作为AMI组的对照指标,多尔氏菌属与CK呈负相关,但与Hb呈正相关。
【主编推荐语】肠道菌群受到多种因素的影响,包括年龄、体重指数(BMI)和高血压,而这些因素与冠状动脉疾病(CAD)高风险具有相关性。那么,肠道菌群是否与CAD的发展或其他CAD的风险因素相关?昆明医科大学延安附属医院的戴海龙、云南大学的张志刚和中国医学科学院的于雪及团队在Microbiology spectrum发表文章,纳入36例轻度冠状动脉狭窄(MCS)、91例稳定性心绞痛(SA)、48例不稳定性心绞痛(UA)、66例急性心肌梗死(AMI)和65例非冠心病对照,分析其粪便菌群。结果显示,虽然多种因素(包括年龄、性别、BMI和高血压)对肠道菌群都有干扰作用,但对干扰因素进行矫正后,研究鉴定出与CAD发展相关的肠道菌群指示物,这些肠道指示菌或可用于心血管疾病的诊断或治疗。(@章台柳)
Diversified Shifts in the Cross Talk between Members of the Gut Microbiota and Development of Coronary Artery Diseases
2022-10-27, doi:10.1128/spectrum.02804-22

同济大学:粪菌移植和补充短链脂肪酸或可改善慢性脑缺血诱导的结肠功能紊乱

Journal of Neuroinflammation [IF:9.587]
① 粪菌移植(FMT)和短链脂肪酸(SCFA)补充改善慢性脑缺血(CCH)导致的肠道菌群丰富度、多样性降低的菌群失调;② FMT和SCFA补充通过增加瘤胃球菌属N15_MGS_57的丰度,增加肠内乙酸含量;③ FMT和SCFA补充通过改善Tregs和Th17细胞之间的平衡、抑制炎症性IL-17信号传导,阻止IRF4/STAT3复合物互作,促进线粒体ETC活性和氧化磷酸化,防止结肠炎症和线粒体能量代谢失调;④ FMT和SCFA补充是慢性脑灌注不足诱发结肠功能障碍的有效候选治疗手段。
【主编推荐语】这是发表在Journal of Neuroinflammation上的一份工作,由同济大学海舰、苏少华及其团队完成。作者通过双侧颈总动脉闭塞对大鼠进行慢性脑缺血(CCH)造模,进行了宏基因组和代谢组的测定。其中,粪菌移植正常大鼠菌群(FMT)和补充短链脂肪酸(SCFA)两组可显著改善CCH导致的菌群丰富度和多样性降低,同时可改善菌群的SCFA代谢功能。FMT和SCFA通过富集瘤胃球菌属N15_MGS_57,来增加乙酸盐的含量,通过增加与改善Tregs和Th17细胞之间的平衡,线粒体ETC活性相关的乙酸盐含量来进一步调节SCFAs的微生物代谢,以防止结肠炎症和线粒体能量代谢失调。(@Johnson)
Fecal microbiota transplantation and replenishment of short-chain fatty acids protect against chronic cerebral hypoperfusion-induced colonic dysfunction by regulating gut microbiota, differentiation of Th17 cells, and mitochondrial energy metabolism
2022-12-26, doi:10.1186/s12974-022-02675-9

Cell 子刊:微生物组可以用来预测生态系统特征(观点)

Trends in Microbiology [IF:18.23]
① 微生物群落可以有效的整合过去和现在生态系统中的生物和非生物特征,是生态系统过程中的主要参与者;② 将微生物群落作为未来生态系统过程的指标,可形成预测作物质量、土壤健康和易感染性等的高精确度预测模型;③ 在建立预测模型时,需要考虑准确性与可解释性,权衡偏差与变异性,并兼顾微生物组数据特有的方法学特征;④ 微生物组数据中存在尚未开发的预测潜力,可以通过应用统计/机器学习工具加以利用。
【主编推荐语】微生物组可以反应生态系统的特征,同时也直接参与生态系统的过程。因此,可以利用微生物组来预测生态系统的过程和状态。Trends in Microbiology发表的综述文章,讨论了利用微生物组来预测生态系统的方法,以(1)帮助农民、林务人员、医生和兽医决定最佳的管理方法来优化生态系统服务,以及(2)指导微生物组的操作工作,从而帮助解决人类最紧迫的问题,如环境退化、抗生素抗性或食物短缺等。(@NL)
The forecasting power of the microbiome
2022-12-20, doi:10.1016/j.tim.2022.11.013

猪蛔虫肠道菌群与宿主微生物组有何关联及特征?

Microbiome [IF:16.837]
① 使用猪蛔虫卵感染猪,收集感染和未感染猪及蛔虫的肠内容物,发现感染猪空肠的菌群丰富度显著降低,其丰富度降低与蠕虫负荷无关;② 蛔虫菌群丰富度明显低于未感染和感染的宿主肠道,蛔虫微生物群落与感染部位的宿主微生物群落更相似;③ 感染宿主的来源和优势类群是造成蛔虫微生物组成差异的主要驱动因素,蠕虫菌群组成与其性别和宿主体内寄生虫负荷无关;④ 鉴定出可区分宿主和寄生虫菌群的细菌(如来自狭义梭菌属1和乳杆菌属的ASVs)。
【主编推荐语】猪蛔虫病是由猪蛔虫寄生于猪小肠引起的一种线虫病,呈世界性流行,集约化养猪场和散养猪均广泛发生。这些病原体与宿主肠道菌群密切接触,并在自己的肠道内藏匿细菌。目前,关于感染部位的细菌宿主微生物组的知识有限,而关于寄生虫微生物组的数据更稀缺。近日,来自柏林的研究人员在Microbiome上发表最新研究,发现蛔虫会选择性地从猪的肠道环境中可用的微生物池中获得自己的微生物组,蠕虫菌群组成与其性别和宿主体内寄生虫负荷无关,与感染宿主的来源和优势类群有关。总之,该研究初步探明了寄生虫微生物组及其与宿主微生物组之间的相互依赖关系,为未来制定合理的干预措施提供了指导,值得关注。(@九卿臣)
Guts within guts: the microbiome of the intestinal helminth parasite Ascaris suum is derived but distinct from its host
2022-12-16, doi:10.1186/s40168-022-01399-5
Immunity领衔:3文聚焦肠道T细胞研究新知
本期话题:T细胞,黏膜免疫,IBD,肥胖,纳米医学,仿生探针,植物乳杆菌,小檗碱,感染,昼夜节律
2023-01-03
38分Cell子刊:9位专家纵论肿瘤微生物组前沿
本期话题:肿瘤菌群,肝癌,Akk菌,大肠癌,多组学,基因突变,AGR2,铁死亡,阑尾癌,内镜
2023-01-02
12月,最值得看的30篇肠道健康文献!
2022年12月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2023-01-01
10文聚焦肥胖:肥胖加重新冠症状?如何治疗肥胖?
内脏脂肪组织,新冠病毒感染,索马鲁肽,青少年肥胖,纳米药物,三碘甲状腺原氨酸疗法,糖尿病,睡眠不足,昼夜节律失调,癌症免疫治疗
2022-12-31
《自然·综述》年度回顾:用“吃”抗老的新学问
本期话题:生物钟,衰老,禁食,猕猴桃,替代蛋白,黄斑变性,茶,咖啡,心血管,瓜尔胶,膳食纤维
2022-12-30
华东理工Cell子刊:用智能工程菌诊疗IBD
本期话题:工程菌,IBD,蜜蜂,长寿,菌群成像,环境肠功能障碍,ICU,帕金森病,生命早期,黏蛋白聚糖,宏分泌蛋白组
2022-12-29
31分Cell子刊:促心血管疾病的肠菌新途径
本期话题:心血管,菌群代谢物,丁酸,GVHD,生殖,1型糖尿病,寄生虫,线粒体,大肠癌,食用菌
2022-12-28
肠道菌群和膳食纤维或影响新冠疫苗反应?GUT再添新证
本期话题:疫苗反应,IBD,药物,纳米医学,丁酸,食用色素,饮食模式,术后复发,BCR
2022-12-27
多文关注:肿瘤微环境中的代谢物如何影响大肠癌免疫治疗?
本期话题:肿瘤微环境,氨,透明质酸,含硫氨基酸,CHD6-TMEM65,免疫治疗,肿瘤菌群,癌症转移,新辅助化疗,阿达格拉西布,索托拉西布,瑞普替尼
2022-12-26
饮食干预:控制糖尿病,不限食量也能行?
本期话题:饮食干预,饮食限制,饮食模式,进食时间,无麸质饮食,抗炎饮食,膳食脂肪,黄酮醇,苹果多酚,藜麦
2022-12-25