陈卫+李明锟+陆文伟:主食、民族、城市化等因素如何影响中国人的肠道菌群

NPJ Biofilms and Microbiomes [IF:7.29]
① 分析中国8个民族、28个省份、63个市县的2678名健康志愿者的粪便菌群;② 中国人群的菌群中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和放线菌门丰度最高,聚类可分为四种肠型:普氏菌属富集、拟杆菌属富集、埃希氏菌属富集型、混合型;③ 地理因素可最多地解释菌群差异,以小麦为主者相比以大米为主食者,有更多的S-腺苷-L-甲硫氨酸生物合成或葡聚糖-1,3-β-葡萄糖苷酶的基因;④ 城市化会降低个体内多样性、增加个体间多样性,并增加拟杆菌属肠型比例。
【主编推荐语】江南大学的陈卫院士、陆文伟和中国科学院北京基因组研究所李明锟与团队在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表的一项最新研究,对我国不同地区、不同民族的2678名健康志愿者的粪便菌群进行分析,同时收集记录地理、人口、饮食、城市化、生活方式和采样月份等信息,鉴定出了中国人群肠道菌群的4种肠型,并分析了地理区域、主食类型及城市化等不同因素对肠道菌群的影响。(@aluba)
Chinese gut microbiota and its associations with staple food type, ethnicity, and urbanization
2021-09-06, doi:10.1038/s41522-021-00245-0

国内团队:好好吃饭能降低大肠癌风险

Frontiers in Nutrition [IF:6.576]
① 饮食因素是结直肠癌死亡和DALY率的主要原因,其分别可解释全球结直肠癌死亡和DALYs的32%和34%,全谷物、牛奶、钙的低摄入和红肉高摄入是疾病负担的主要饮食风险因素;② 从1990至2019 年,与饮食相关的结直肠癌的死亡人数和 DALYs 增加了一半,男性的年龄标准化死亡率等ASRs指标均高于女性;③ 由于饮食风险,亚洲尤其是东亚的结直肠癌负担最高,中国一直是饮食风险导致的结直肠癌死亡人数和 DALYs 最高的国家,其次是美国、印度和日本。
【主编推荐语】近日抗癌博主“阿健要努力活着”因直肠癌离世,年仅30多岁,让人惋惜,确诊直肠癌后他在短视频记录了自己一年多的变化,从正常体重逐渐变得形销骨立。近期浙江大学医学院附属第一医院代志军和暨南大学附属第一医院吕军作为共同通讯作者在Frontiers in Nutrition发表的一项研究根据全球疾病负担研究(GBD)2019的数据,探究与饮食因素相关的结直肠癌负担的地理和时间变化趋势,结果表明更有针对性的干预措施以解决可改变的饮食风险因素,将显著降低结直肠癌死亡和伤残调整寿命年(DALYs)。主编推荐《中国居民膳食指南》“红宝书”可作为我国普通居民健康饮食的重要参考。(@临床营养Dr.Chen)
Dietary Risk-Related Colorectal Cancer Burden: Estimates From 1990 to 2019
2021-08-24, doi:10.3389/fnut.2021.690663

国内团队Cell子刊:CRISPR引导的细菌靶向遗传筛选系统

Cell Reports [IF:9.423]
① ShCAST系统介导的转座子筛选是一种强大而可靠的必需基因鉴定方法;② Cas12k 引导的转座酶介导微生物中的位点特异性转座;③ 本研究使用 Cas12k 引导的转座酶开发了基因组工程方法 STAGE,可用于基因型-表型关系的高通量分析;④ 在铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌为材料的的实验中,实现了高通量的突变体构建;⑤ 该研究的亮点还包括基于 STAGE 的转录因子突变文库的生成,必需基因和抗生素抗性相关因素的鉴定。
【主编推荐语】近日,中山大学骆观正课题组与上海科技大学季泉江课题组合作,在Cell Reports期刊发表了题为“Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase”的研究论文,开发了名为Site-specific Transposon-Asisted Genome Engineering (STAGE)的新方法,该方法允许在多种微生物(例如铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌)中进行高通量的Cas12k介导的基因敲除筛选。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase
2021-08-31, doi:10.1016/j.celrep.2021.109635
延伸阅读: 【宏基因组】
清华陈国强团队:工程化益生菌治疗结肠炎
本期话题:工程益生菌,IBD,肠黏膜免疫,标志物,乳糜泻,淋巴内皮,生信,古菌,测序技术
2021-09-14
为了健康,世界都在拼:国家推动减糖,超市改变货架
本期话题:减糖,超市陈列,坚果,骨折,原发性胆汁性胆管炎,胆汁酸,艰难梭菌,口腔菌群,膳食纤维,中性粒细胞减少症
2021-09-13
验血测肠癌!中国突破接连登上胃肠顶刊
本期话题:ctDNA甲基化,ctDNA,内镜筛查,肾细胞癌转移,肿瘤菌群,瞬时性细菌感染,梭杆菌,同源重组,岩藻多糖
2021-09-12
食道微生物,下一个热点?Cell子刊:小心"坑"!
本期话题:食管菌群,生物钟,肥胖,慢性肾病,抗生素耐药基因,NAFLD,肠-脑轴,芳香烃受体,地中海饮食,低FODMAP饮食,IBS,胆汁酸
2021-09-11
24.5万人跟踪:酱油也危险,超加工食品促"绿色癌症"
本期话题:超加工食品,IBD,血栓,五谷虫,膳食纤维,膳食脂肪,高蛋白饮食,牛油果,药物递送,IgA
2021-09-10
今日Nature:药没效果?可能是白白喂给肠道细菌"吃"了
本期话题:菌群-药物互作,抗生素,菌株水平分析,肠粘膜,IgA,Th17,抗体应答,胆汁酸,新冠
2021-09-09
王军军等最新Microbiome:绿茶多酚或能调肠菌治肠炎
本期话题:绿茶多酚,TMAO,心血管,四氢姜黄素,新冠,黄斑变性,益生菌,生信
2021-09-08
PNAS聚焦"宠物之忧":弓形虫或增肠炎风险
本期话题:IBD,寄生虫感染,IBD治疗药物,透明质酸,MAIT细胞,miRNA,胞外囊泡
2021-09-07
39分长综述细解:以菌群为中心,真能突破肿瘤免疫?
本期话题:菌群干预,肿瘤免疫,肿瘤早筛,孕期增重,肥胖,免疫治疗,抗生素,患者分层,饮食
2021-09-06
Nature Food:饮食的一小步,健康的一大步
本期话题:膳食改变,环境与人体健康,膳食-基因互作,食品安全、卡拉胶、LCCP、膳食模式、膳食脂肪、类黄酮、维生素B
2021-09-05