Science:新方法!记录细菌基因表达,揭示肠道中发生了啥

Science [IF:47.728]
① 构建工程大肠杆菌,通过基于CRISPR的Record-seq方法,在转录组层面记录细菌在穿过小鼠肠道过程中对肠腔环境的适应性基因表达信息;② 该方法可记录细菌在不同饮食、病理(肠炎)、其他肠菌或菌群存在时的反应(如细菌代谢和应激的变化,以及与其他肠菌的互作),并能保留粪便RNA-seq无法反映的近端肠道和短暂发生的细菌转录信息,可用于对宿主肠道进行无创评估;③ 用条形码标记不同菌株进行多重Record-seq,能分析这些菌株在肠内共定植时各自的转录谱。
【主编推荐语】肠道内的细菌通过不断调整其基因表达,来适应与饮食和疾病有关的肠内环境。Science发表的一项最新研究,报道了一种新工具Record-seq系统。基于这种方法构建的工程菌,其瞬时表达的mRNA在逆转录酶Cas1-Cas2复合物的作用下,会被整合到质粒编码的CRISPR阵列中,从而"记录"细菌在小鼠肠道内的基因表达历史,并能阐明细菌对肠道环境扰动(如饮食、炎症和其他肠菌)的反应。该方法可用于对肠道进行无创测量,在菌群基础研究和诊断应用方面具有潜力。(@mildbreeze)
Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells
2022-05-12, doi:10.1126/science.abm6038

施莽+安同庆等:用“全感染组”方法解析猪传染病的病因

Microbiome [IF:14.65]
① 使用宏转录组学测序对136例临床发病猪和12例非疾病对照猪的样品进行病原微生物探查;② 共检测到34种RNA病毒、9种DNA病毒、7种细菌和3种真菌,其中包括肺孢子虫属的两个新种;③ 大多数病原体只在患病动物中出现(在患病动物中数量更高),但其他病原体在健康对照组中也存在,表明存在机会感染;④ 多数病例存在混合感染,一些病例的发生和病原体丰度高度相关;⑤ 在相关病原体的背景下,多病原体模型比单病原体模型与病理指标的相关性更好。
【主编推荐语】全球养猪行业不断受到传染病的影响,导致大规模死亡、贸易限制和产量大幅下降。由于猪病的病种多、病原复杂、存在混合感染和隐性感染现象。目前,仅靠监测单一病原体不能充分体现病原感染的全貌,因此需要建立一种广谱的病原微生物监测技术平台。近日,中山大学施莽、农科院哈尔滨兽医研究所安同庆及团队在Microbiome发表最新研究,通过全感染组分析猪的病因,共检测到34种RNA病毒、9种DNA病毒以及多种细菌和真菌,发现多数发病猪体内普遍存在病毒、细菌或真菌的混合感染。此外,相比于单一病原体,使用多重病原体去解释大多数猪疾病的效果更好。总之,该研究为未来进一步防治猪传染病提供新参考。(@九卿臣)
A total infectome approach to understand the etiology of infectious disease in pigs
2022-05-10, doi:10.1186/s40168-022-01265-4

浙江大学:组织黏附凝胶生物涂层治疗IBD

Bioactive Materials [IF:14.593]
① 通过邻硝基苯甲醛NB修饰明胶制备获得分子涂层GelNB,紫外激发后可与肠道组织表面氨基结合形成生物物理屏障;② 体外实验表明GelNB可选择性地吸收营养物质,降低其对肠道刺激,同时可以促进黏膜修复与再生并抑制炎症;③ DSS和TNBS诱导的两种结肠炎小鼠模型体内实验发现,GelNB表现出良好的驻留性能,并通过维持肠黏膜屏障、调节肠道菌群生物屏障、调节体内免疫反应来治疗结肠炎;④ 体内实验也发现,GelNB疗效优于结肠炎临床药物美沙拉嗪。
【主编推荐语】这是发表在Bioactive Materials上来自浙江大学梁岳龙、欧阳宏伟、沈波及团队的一份工作,主要介绍了一种可黏附在肠黏膜上的凝胶生物涂层可以用于结肠炎的治疗。这种生物材料用于修复角膜的工作在去年被发表在该期刊,该团队又对其进行了改进,使之能在复杂的肠道环境长期驻存,并行使修复屏障、调节菌群、调节免疫的功能。值得注意的是,该疗法比目前临床用药美沙拉嗪疗效更好。(@Johnson)
GelNB molecular coating as a biophysical barrier to isolate intestinal irritating metabolites and regulate intestinal microbial homeostasis in the treatment of inflammatory bowel disease
2022-04-21, doi:10.1016/j.bioactmat.2022.04.001

华西医院:肠外补充n-3多不饱和脂肪酸改善胃癌术后的预后

Clinical Nutrition [IF:7.324]
① 120例行择期胃癌根治术的患者随机分为n-3 PUFAs组和对照组,前组在术后1-5天的肠外营养中添加了n-3 PUFAs;② n-3 PUFAs组的免疫指标(淋巴细胞计数、CD3+、CD4+、CD4+/CD8+)和营养指标(总蛋白、白蛋白、前白蛋白)均显著高于对照组,而炎症指标(CRP、IL-6、TNF-α)低于对照组;③ n-3 PUFAs组术后并发症发生率(7%)显著低于对照组(20%),且首次排气和排便时间更早;④ 术后住院时间、非计划的30天再入院或术后再手术两组均无差异。
【主编推荐语】近期四川大学华西临床医学院(华西医院)护理学院李卡作为通讯作者在Clinical Nutrition发表的一项研究发现胃癌患者行胃切除术后,相比肠内营养联合无n-3 PUFAs的肠外营养,在此基础上额外在肠外营养中添加n-3 PUFAs有助于提高术后免疫指标水平,抑制过度炎症反应,并改善患者营养状况。总体而言,n-3 PUFAs在促进胃切除术患者康复方面是安全有效的,但本研究的随访期短,还难以评估n-3PUFAs的远期效应。注:本研究肠外营养的n-3 PUFAs供给方式是0.2 g/kg/d的10%鱼油脂肪乳剂(100 mL含EPA 1.25~2.82 g, DHA 1.44~3.09 g)。(@临床营养陈彬林)
Effects of EN combined with PN enriched with n-3 polyunsaturated fatty acids on immune related indicators and early rehabilitation of patients with gastric cancer: A randomized controlled trial
2022-04-06, doi:10.1016/j.clnu.2022.03.018
张晨虹等Nature子刊:解析菌群生态网络,探索脂肪肝个性化治疗
本期话题:脂肪肝,菌群网络,细菌间互作,细菌代谢,发酵饮食,营养不良,双胞胎,肿瘤,猫,机器学习
2022-05-12
抗病毒,肠道菌群有何功劳?Immunity深挖机制
本期话题:抗病毒免疫,抗生素耐药性,蜜蜂,生信,菌群-饮食互作,定植抵抗
2022-05-11
国内团队18分综述:详解新冠患者的菌群变化
本期话题:新冠肺炎,新冠后遗症,IBD,Treg,菌群-免疫互作,特应性皮炎
2022-05-10
3篇高分研究一览大肠癌类器官的应用潜力
本期话题:类器官,癌症干细胞,放疗,工程菌,肿瘤疫苗,免疫治疗,外显子组,表观遗传学,阿司匹林
2022-05-09
Nature重磅:微生物“人造肉”,环保食品的新宠?
本期话题:微生物蛋白,新型食物,环境,基因编辑作物,超加工食品,地中海饮食,膳食纤维,能量密度,个性化营养
2022-05-08
肠-膀胱轴:尿路感染,肠菌有责?
本期话题:尿路感染,菌群代谢物,壳寡糖,促炎因子,菊粉,巧克力,抗炎饮食,茶
2022-05-07
今日Science:少吃、在对的时间吃,小鼠延寿35%
本期话题:长寿与衰老,热量限制,FMT,昼夜节律,合生制剂,双歧杆菌,膳食纤维,心血管,生信
2022-05-06
膳食纤维可预防肥胖和相关慢病?17页综述详解
本期话题:糖尿病,肥胖,心血管,膳食纤维,健康饮食,地中海饮食,饮食环境,肠菌,减肥
2022-05-05
菌群和饮食如何影响抑郁?Cell子刊揭示新机制
本期话题:肠脑轴,抑郁,蜜蜂,海洋菌群,生信,IBS,益生菌,FMT,复杂疾病
2022-05-04
于君、李晓星等GUT新证:新冠病毒如何伤肝胆?
本期话题:新冠病毒,IBD,乳糜泻,SMAD4,ILC,抗生素,食物过敏,肠-胰腺轴
2022-05-03