今日Science：细菌在肠道中有何经历？新方法详细记录

Science：新方法！记录细菌基因表达，揭示肠道中发生了啥

① 构建工程大肠杆菌，通过基于CRISPR的Record-seq方法，在转录组层面记录细菌在穿过小鼠肠道过程中对肠腔环境的适应性基因表达信息；② 该方法可记录细菌在不同饮食、病理（肠炎）、其他肠菌或菌群存在时的反应（如细菌代谢和应激的变化，以及与其他肠菌的互作），并能保留粪便RNA-seq无法反映的近端肠道和短暂发生的细菌转录信息，可用于对宿主肠道进行无创评估；③ 用条形码标记不同菌株进行多重Record-seq，能分析这些菌株在肠内共定植时各自的转录谱。

Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells

2022-05-12, doi:10.1126/science.abm6038

延伸阅读：【Science】【ScienceDaily】

新方法工程菌细菌基因表达宿主-菌群互作细菌间互作 FLORIAN SCHMIDT Jakob Zimmermann TANMAY TANNA Andrew J Macpherson RANDALL J PLATT

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北肿团队：Claudin18.2 CAR-T治疗胃肠道癌症安全有效

Nature Medicine [IF:53.44]

① 招募37名Claudin18.2阳性的胃肠道癌症患者，接受2.5×10^8、3.75×10^8或5.0×10^8剂量的Claudin18.2 CAR-T（CT041）细胞治疗；② 94.3%的患者发生1/2级细胞因子释放综合征（CRS），未发生3级以上的CRS或神经毒性，未发生治疗相关死亡或剂量限制毒性；③ 总应答率（ORR）为48.6%，疾病控制率为73.0%，6个月的持续缓解率为44.8%；④ 在胃癌患者中，ORR及DCR分别达到了57.1%及75.0%，6个月的总生存率为81.2%。

Claudin18.2-specific CAR T cells in gastrointestinal cancers: phase 1 trial interim results

2022-05-09, doi:10.1038/s41591-022-01800-8

CAR-T细胞治疗研究论文医学研究 1期临床试验胃肠道癌症 Claudin18.2 Changsong Qi Jifang Gong Jian Li Lin Shen

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施莽+安同庆等：用“全感染组”方法解析猪传染病的病因

Microbiome [IF:14.65]

① 使用宏转录组学测序对136例临床发病猪和12例非疾病对照猪的样品进行病原微生物探查；② 共检测到34种RNA病毒、9种DNA病毒、7种细菌和3种真菌，其中包括肺孢子虫属的两个新种；③ 大多数病原体只在患病动物中出现（在患病动物中数量更高），但其他病原体在健康对照组中也存在，表明存在机会感染；④ 多数病例存在混合感染，一些病例的发生和病原体丰度高度相关；⑤ 在相关病原体的背景下，多病原体模型比单病原体模型与病理指标的相关性更好。

A total infectome approach to understand the etiology of infectious disease in pigs

2022-05-10, doi:10.1186/s40168-022-01265-4

病原菌感染宏转录组学研究论文基础研究其它哺乳动物（猪羊牛等）感染性疾病/传染病 Xinyi Huang Weichen Wu Tongqing An Mang Shi

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浙江大学：组织黏附凝胶生物涂层治疗IBD

Bioactive Materials [IF:14.593]

① 通过邻硝基苯甲醛NB修饰明胶制备获得分子涂层GelNB，紫外激发后可与肠道组织表面氨基结合形成生物物理屏障；② 体外实验表明GelNB可选择性地吸收营养物质，降低其对肠道刺激，同时可以促进黏膜修复与再生并抑制炎症；③ DSS和TNBS诱导的两种结肠炎小鼠模型体内实验发现，GelNB表现出良好的驻留性能，并通过维持肠黏膜屏障、调节肠道菌群生物屏障、调节体内免疫反应来治疗结肠炎；④ 体内实验也发现，GelNB疗效优于结肠炎临床药物美沙拉嗪。

GelNB molecular coating as a biophysical barrier to isolate intestinal irritating metabolites and regulate intestinal microbial homeostasis in the treatment of inflammatory bowel disease

2022-04-21, doi:10.1016/j.bioactmat.2022.04.001

生物材料炎症性肠病 Qijiang Mao Haoqi Pan Yiyin Zhang Yi Zhang Bo Shen Hongwei Ouyang Yuelong Liang

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山东大学：工程菌治疗小鼠的高尿酸血症

Gut Microbes [IF:10.245]

① 将枯草芽孢杆菌的尿酸盐代谢酶PucL和PucM、大肠杆菌的尿酸盐转运蛋白YgfU和过氧化氢酶KatG、透明颤菌的血红蛋白Vhb重组表达于大肠杆菌中，构建大肠杆菌Nissle 1917工程菌株；② 大肠杆菌工程菌株可在低氧或缺氧条件下有效降解尿酸；③ 通过静脉注射尿酸，建立高尿酸血症小鼠模型；④ 灌胃或静脉注射大肠杆菌工程菌株，可显著降低小鼠血清中尿酸的水平，缓解高尿酸血症。

Engineered Escherichia coli Nissle 1917 with urate oxidase and an oxygen-recycling system for hyperuricemia treatment

2022-05-01, doi:10.1080/19490976.2022.2070391

工程菌高尿酸血症研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） Rui Zhao Yongzhen Xia

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壳寡糖缓解糖尿病前期大鼠的肾脏损伤

Carbohydrate Polymers [IF:9.381]

① 高脂饮食（HFD）饲喂大鼠，诱导肥胖、葡萄糖耐受不良和肾功能障碍等糖尿病前期表型；② 壳寡糖(COS)缓解模型大鼠胰岛素抵抗，肠道脂质吸收，对肾脏具有保护作用；③ COS刺激肠道CaSR/AMPK/紧密连接组装，通过钙敏感受体增强肠道屏障的完整性，从而降低系统低度炎症；④ COS可缓解模型鼠氧化应激，通过平衡AMPK和mTOR活性，激活肾自噬；⑤ COS通过降低肠道脂质吸收和肾炎症-自噬-凋亡轴减少糖尿病前期并发症。

Chitosan oligosaccharide mitigates kidney injury in prediabetic rats by improving intestinal barrier and renal autophagy

2022-03-24, doi:10.1016/j.carbpol.2022.119405

糖尿病前期壳寡糖肠道屏障自噬 Prempree Sutthasupha Anusorn Lungkaphin

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华西医院：肠外补充n-3多不饱和脂肪酸改善胃癌术后的预后

Clinical Nutrition [IF:7.324]

① 120例行择期胃癌根治术的患者随机分为n-3 PUFAs组和对照组，前组在术后1-5天的肠外营养中添加了n-3 PUFAs；② n-3 PUFAs组的免疫指标（淋巴细胞计数、CD3+、CD4+、CD4+/CD8+）和营养指标（总蛋白、白蛋白、前白蛋白）均显著高于对照组，而炎症指标（CRP、IL-6、TNF-α）低于对照组；③ n-3 PUFAs组术后并发症发生率（7%）显著低于对照组（20%），且首次排气和排便时间更早；④ 术后住院时间、非计划的30天再入院或术后再手术两组均无差异。

Effects of EN combined with PN enriched with n-3 polyunsaturated fatty acids on immune related indicators and early rehabilitation of patients with gastric cancer: A randomized controlled trial

2022-04-06, doi:10.1016/j.clnu.2022.03.018

n-3脂肪酸胃癌 Jie Yang Xingxia Zhang Ka Li

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Science子刊：新型抑制剂阻断结直肠癌中β-catenin/BCL9复合物形成和Wnt信号

Science Advances [IF:14.136]

① 开发一种高通量 AlphaScreen 检测方法，筛选破坏 β-catenin/BCL9 相互作用并抑制致癌 Wnt 信号传导的小分子；② 小分子C1和C2抑制 β-catenin/BCL9复合物的形成，同时抑制结直肠癌（CRC）细胞的增殖；③ C1可特异性阻断Wnt的转录活性，下调Wnt/ β-catenin靶标基因的表达，同时没有表现出脱靶毒性；④ 抑制剂C1通过增加胆固醇酯化和脂滴积累破坏胆固醇稳态，在CRC小鼠中具有抗肿瘤活性，同时不会引起全身性消瘦或显示明显的体内毒性迹象。

A novel β-catenin/BCL9 complex inhibitor blocks oncogenic Wnt signaling and disrupts cholesterol homeostasis in colorectal cancer

2022-04-29, doi:10.1126/sciadv.abm3108

结直肠癌 Wnt 胆固醇稳态 β-catenin/BCL9 复合物 Helen Tanton Tomasz Sewastianik Ruben D Carrasco

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iMeta：国内团队开发蛋白质赖氨酸乳酸化位点预测工具DeepKla

iMeta [IF:N/A]

① 本研究，作者提出第一个用于识别水稻中的赖氨酸乳酸化 (Kla) 位点的计算工具DeepKla；② 使用有监督的嵌入层、卷积神经网络、双向门控循环单元和注意力机制层构建模型；③ 综合实验结果证明 DeepKla 具有出色的预测能力和鲁棒性；④ 基于所提出的模型，作者建立了一个名为 DeepKla 的在线服务，可在 http://lin-group.cn/server/DeepKla 上免费访问；⑤ DeepKla 算法的源码可在GitHub (https://github.com/linDing-group/DeepKla) 获取。

DeepKla: An attention mechanism-based deep neural network for protein lysine lactylation site prediction

2022-03-15, doi:10.1002/imt2.11