今日Nature双发：聚焦肠菌代谢物和海洋微生物组

Nature：间歇性禁食促神经再生，菌群代谢物立大功

① 小鼠坐骨神经损伤模型中，间歇性禁食（IF）能促进神经再生和修复，伴随血清中吲哚-3-丙酸（IPA）等菌群代谢物升高；② 粪菌移植和万古霉素处理实验表明，肠道菌群中的革兰氏阳性菌介导了IF的促神经再生作用，且IPA参与其中；③ 定植产IPA的生孢梭菌或直接注射IPA，能增强模型小鼠的轴突再生、表皮神经支配和感觉功能恢复；④ RNA测序及中和抗体实验表明，IPA促进中性粒细胞趋化性，增加其向神经损伤处的招募，从而促进小鼠神经再生。

The gut metabolite indole-3 propionate promotes nerve regeneration and repair

2022-06-22, doi:10.1038/s41586-022-04884-x

延伸阅读：【Medical Xpress】【奇点网】

神经再生肠道菌群代谢产物肠道菌群吲哚-3-丙酸中性粒细胞趋化性间歇性禁食 Simone Di Giovanni Elisabeth Serger

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Nature：深挖海洋菌群的生物合成潜力

Nature [IF:69.504]

① 对全球1038个海水样本进行宏基因组测序，获得26293个宏基因组组装基因组（MAG），与已报道的830个MAGs、5969个单细胞扩增基因组和1707个参考基因组进行整合，建立海洋微生物组学数据库（OMD）；② 挖掘OMD，预测了39055个潜在的生物合成基因簇（BGC），大多属于未被表征的基因簇家族；③ 发现一个未知菌科（Ca. Eudoremicrobiaceae）具有很高的BGC多样性；④ 分析这类细菌编码的2个RiPP BGCs，揭示出独特的天然产物结构和酶。

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

2022-06-22, doi:10.1038/s41586-022-04862-3

延伸阅读：【Nature】

海洋菌群生物合成基因簇 Lucas Paoli Shinichi Sunagawa Jörn Piel Serina L Robinson

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陈廷涛+李胜杰：用工程菌递送GLP-1，改善小鼠帕金森病

Bioengineering & Translational Medicine [IF:10.684]

① 将GLP-1基因整合到大肠杆菌Nissle1917（EcN）染色体中，构建工程菌EcN-GLP-1，在MPTP诱导的帕金森病（PD）小鼠模型中检验其神经保护作用；② 口服EcN-GLP-1改善了PD小鼠的运动障碍和神经病理症状（增加酪氨酸羟化酶阳性神经元，减少α-突触核蛋白积累，抑制小胶质细胞和星形细胞的激活），减少大脑炎症；③ EcN-GLP-1还改善了PD小鼠的结肠炎症和肠屏障功能障碍，恢复失调的肠道菌群，减少Akk菌属和颤螺菌属、增加普雷沃菌属的水平。

Neuroprotective effects of an engineered Escherichia coli Nissle 1917 on Parkinson's disease in mice by delivering GLP-1 and modulating gut microbiota

2022-06-07, doi:10.1002/btm2.10351

工程菌 GLP-1 帕金森病肠-脑轴肠道菌群神经 Heng Wu Jing Wei Tingtao Chen Shengjie Li

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帕金森病中，丁酸的降低与表观遗传变化相关

Movement Disorders [IF:9.698]

① 纳入帕金森病（PD）患者和对照个体各55人，分析肠道菌群和短链脂肪酸的变化与PD症状和表观遗传变化的关系；② PD患者的粪便丁酸水平降低、产丁酸菌（如罗斯氏菌属、Romboutsia）丰度降低，这些变化与PD的抑郁症状相关；③ 含丁酸相关甲基化位点的基因中包括一些PD风险基因，并与PD血液白细胞（主要是中性粒细胞）和大脑神经元中发生表观遗传变化的位点显著重叠；④ PD与胃肠道疾病、自身免疫疾病和精神疾病有重叠的丁酸相关DNA甲基化变化。

Bacterial Butyrate in Parkinson's Disease Is Linked to Epigenetic Changes and Depressive Symptoms

2022-06-20, doi:10.1002/mds.29128

帕金森病肠-脑轴丁酸表观遗传 Aoji Xie Filip Scheperjans

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间歇性禁食能否改善精神障碍？

Critical Reviews in Food Science and Nutrition [IF:11.208]

① 纳入8项随机临床试验和6项非随机临床试验，涉及562名受试者，综合分析间歇性禁食（IF）对普通人群精神障碍（抑郁、焦虑和情绪状态）的影响；② 组间分析表明，与对照组相比，IF对抑郁分数有显著的积极影响，标准化均数差（SMD）为0.41；③ 而组内分析表明，IF对焦虑或情绪状态无显著影响；④ 总之，IF对普通人群的精神障碍无负面影响，对抑郁症状可有适度的改善作用。

Does intermittent fasting impact mental disorders? A systematic review with meta-analysis

2022-06-17, doi:10.1080/10408398.2022.2088687

间歇性禁食精神障碍抑郁焦虑情绪系统综述与荟萃分析 Rubén Fernández-Rodríguez Arthur E Mesas

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浙大团队：深海细菌可入侵肠道菌群，危害小鼠健康

Journal of Advanced Research [IF:12.822]

① 106份深海沉积物样品中，13份样品的分离菌能入侵小鼠肠道菌群，导致菌群发生显著变化；② 其中9份样品的分离菌可损害小鼠健康，引起糖代谢恶化、肝损伤和炎症症状；③ 比如，从深海沉积物中分离出的蜡样芽孢杆菌DP040能侵入小鼠肠道菌群，改变肠道微生物结构，导致小鼠出现炎症症状；④ 具有致病性的9个深海沉积物样本分布在印度洋、大西洋和太平洋的热液喷口、海洋盆地和深渊海沟中；⑤ 深海可能是潜在致病菌的重要来源。

Alien species invasion of deep-sea bacteria into mammal gut microbiota

2022-06-09, doi:10.1016/j.jare.2022.05.011

致病菌深海微生物肠道菌群病原菌入侵小鼠 Xiaobo Zhang Mengqi Chu

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刘斌+赵超：木犀草素衍生物GLQ.Cr通过调节肠道菌群等途径改善糖尿病

Journal of Advanced Research [IF:12.822]

① 以木犀草素为先导化合物，利用自由基反应、C-N交叉偶联反应和配位反应合成6, 8 -胍基木犀草素醌-铬配合物（GLQ.Cr）；② GLQ.Cr通过改善肝脏和胰腺功能以及调节肠道微生物群缓解2型糖尿病小鼠的高血糖症状；③ GLQ.Cr主要通过影响肝脏过氧化物酶体增殖激活受体（PPAR）信号通路来调节异常的糖代谢；④ 通过粪菌移植技术发现，GLQ.Cr能通过调节肠道菌群结构，增加短链脂肪酸含量，改善2型糖尿病小鼠血糖水平、胰岛功能以及组织炎症反应。

Amelioration of type 2 diabetes by the novel 6, 8-guanidyl luteolin quinone-chromium coordination via biochemical mechanisms and gut microbiota interaction

2022-06-11, doi:10.1016/j.jare.2022.06.003

糖尿病类黄酮木犀草素肠道菌群 Xiaodong Ge Mohamed A Farag Chao Zhao Bin Liu

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中山大学：色氨酸及其菌群代谢物IPA，与冠心病患者死亡风险降低相关

American Journal of Clinical Nutrition [IF:8.472]

① 纳入1829例冠心病患者，中位随访9.2年，发现色氨酸及其菌群代谢物吲哚-3-丙酸（IPA）的血浆水平与患者的心血管死亡和全因死亡的风险降低相关；② 与色氨酸和IPA水平低的患者（Q1）相比，二者水平高的患者（Q4）的心血管死亡风险分别降低38%和29%，全因死亡风险降低33%和25%；③ 血浆色氨酸和IPA水平每增高1个标准差，心血管死亡风险降低16%和14%，全因死亡风险降低13%和14%；④ 血浆色氨酸和IPA水平与心血管和全因死亡率之间呈线性关联。

Associations between plasma tryptophan and indole-3-propionic acid levels and mortality in patients with coronary artery disease

2022-06-21, doi:10.1093/ajcn/nqac170

心血管色氨酸吲哚-3-丙酸肠道菌群代谢产物死亡率前瞻性队列冠心病 Wenhua Ling Qing Li

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国内团队开发微生物网络分析和可视化R包—ggClusterNet

iMeta [IF:N/A]

① 开发了名为ggClusterNet的R包，用于更加容易的进行网络数据分析挖掘和可视化；② ggClusterNet包中设计了数十种网络布局算法，用于更好的展示微生物网络模块化信息；③ 作者进一步将这些功能封装整合成两个函数network.2() 和 corBionetwork()，分别用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘；④ ggClusterNet在github（https://github.com/taowenmicro/ggClusterNet/）和Gitee（https://gitee.com/wentaomicro/ggClusterNet）上开放使用。

ggClusterNet: An R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple network layouts

2022-06-13, doi:10.1002/imt2.32