Nature:符合昼夜节律的限时进食如何促进健康长寿?

Nature [IF:49.962]
① 一种间歇性限时进食(iTRF)方法(隔天进行“过午不食”式的20小时禁食),能在果蝇中抗衰老(推迟肌肉和肠道的衰老标志物表达)、延长寿命;② iTRF能增强昼夜节律性的生物钟和自噬基因表达,且其作用也依赖于这二者;③ 敲除核心生物钟基因或抑制自噬介导因子表达,以及改为白天禁食/夜间进食或在白天诱导自噬,均使iTRF失效;④ 增强夜间的自噬,能在随意进食的果蝇中起到与iTRF一样的有益作用,是iTRF抗衰老、促长寿的主要机制。
【主编推荐语】限时进食(TRF)是将进食控制在特定时间段内的一种禁食方法。近年研究表明TRF有助于改善代谢健康,可能有潜在的抗衰老作用。Nature发表的一项最新研究发现,一种符合昼夜节律的间歇性TRF(iTRF)方法能在果蝇中有效延缓衰老、延长寿命。进一步研究发现,iTRF的这种作用机制不同于其他的促长寿干预(热量限制、限制膳食蛋白质、抑制胰岛素样信号),也不依赖于肠道菌群,而是通过增强生物钟调控的夜间自噬作用来发挥其健康效益的。这些发现为研发促进健康长寿的饮食和药物干预手段,提供了新的理论和证据支持。(@mildbreeze)
Circadian autophagy drives iTRF-mediated longevity
2021-09-29, doi:10.1038/s41586-021-03934-0

香辛料有助改善24h动态血压

American Journal of Clinical Nutrition [IF:7.045]
① 对有心脏代谢疾病风险升高的71位超重/肥胖成年人进行随机、交叉、对照喂养试验,参与者在每日供能2100kcal的相似饮食背景下接受低、中或高剂量香辛料烹饪膳食共4周;② 三个剂量对LDL胆固醇(主要结果)的影响无显著差别;③ 与中剂量香辛料(3.3g/日)相比,高剂量(6.6g/日)显著降低了24h平均收缩压,与低剂量(0.5g/日)相比,高剂量降低了24h平均舒张压;④ 三种剂量香辛料饮食对诊室血压、血糖指标和血管功能的影响无显著差异。
【主编推荐语】近期发表于American Journal of Clinical Nutrition的一项研究表明,在心脏代谢疾病风险升高的超重/肥胖成年人中,与使用低、中剂量香辛料烹饪相比,高剂量香辛料干预4周有改善24h动态血压的趋势。本研究使用的香辛料包含肉桂,香菜,姜,孜然,欧芹,黑胡椒粉,大蒜,姜黄,洋葱粉,红辣椒,迷迭香等24种药草和香料。(@临床营养Dr.Chen)
Herbs and spices at a relatively high culinary dosage improves 24-hour ambulatory blood pressure in adults at risk of cardiometabolic diseases: a randomized, crossover, controlled-feeding study
2021-09-12, doi:10.1093/ajcn/nqab291

通过零膨胀分位数法 (ZINQ) 对微生物组数据进行非参数关联检验

Microbiome [IF:14.65]
① 本研究提出了ZINQ,它使用两部分分位数回归模型来适应菌群数据中的零膨胀;② 对于给定的分类群,ZINQ 包括逻辑回归中的有效检验以对零计数进行建模,然后是一系列基于分位数等级得分的检验,对非零部分的多个分位数进行了调整,并针对零膨胀进行了调整;③ 作为一种基于回归和分位数的方法,该方法是非参数的并且对不规则分布具有鲁棒性,同时允许协变量调整;④ 由于没有做出分布假设,ZINQ 可以应用于已在任何规范化策略下处理过的数据。
【主编推荐语】本研究提出了 ZINQ,这是一种微生物群与二分或定量临床变量之间基于分位数的关联检验,基于一系列场景中的真实数据和对真实数据集的应用的全面模拟表明,与现有检验相比,即使它提供了更好的假阳性控制,ZINQ 通常具有相等或更高的功效,其为当前的菌群差异丰度分析提供了强大而可靠的替代方案。这项工作为菌群数据的关联检验提供了一种稳健而强大的非参数回归方法。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Powerful and robust non-parametric association testing for microbiome data via a zero-inflated quantile approach (ZINQ)
2021-09-02, doi:10.1186/s40168-021-01129-3

Rob Knight团队:Faith系统发育多样性的高效计算及其在菌群特征分析中的应用

Genome Research [IF:9.043]
① Stacked Faith的系统发育多样性(SFPhD)通过实现一种计算效率高的算法,能够在更大的规模上计算这种被广泛采用的多样性指标;② 与以前的方法相比,该算法减少了所需的计算资源量,从而产生了更易于访问的软件,同时减少了碳足迹;③ 新算法得到的结果与先前的算法得到的结果相同;④ 作者进一步证明,在 FINRISK 研究的宏基因组数据中,Faith's PD 的系统发育方面为检测年轻和年长人群之间的多样性差异提供了更大的能力。
【主编推荐语】基于系统发育、系统基因组树和稀疏数据分析的算法和资源进步的推动,作者开发了一种新的算法——即 Stacked Faith 的系统发育多样性 (SFPhD),用于快速计算 Faith's PD。此外,作者旨在证明基于系统发育分析的在宏基因组研究中是值得关注的角度,之前在这些研究中该指标不常使用。基准测试的代码可在 GitHub (https://github.com/biocore/faiths-pd-benchmarking) 上找到。对 FINRISK 宏基因组数据进行基准测试所需的数据和代码也可在 GitHub 上获得。SFPhD 代码可在 unifrac Python 包 (https://github.com/biocore/unifrac) 中找到。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Efficient computation of Faith's phylogenetic diversity with applications in characterizing microbiomes
2021-09-03, doi:10.1101/gr.275777.121

朱怀球团队:DeePhage——区分宏病毒组中的毒性和温和噬菌体衍生序列的工具

GigaScience [IF:6.524]
① DeePhage 使用“one-hot”编码形式来详细表示 DNA 序列;② 通过卷积神经网络检测序列特征以获取有价值的局部特征;③ DeePhage 在 5 倍交叉验证上的准确率高达 89%,比 2 个类似工具 PhagePred 和 PHACTS 高出近 10% 和 30%;④ 在真实的宏病毒组中,DeePhage 在使用 BLAST 作为注释时正确预测了最高比例的重叠群,没有明显的偏好;⑤ 在相同的计算配置下,DeePhage 与 PhagePred 和 PHACTS 相比,运行时间分别减少了 245 和 810 倍。
【主编推荐语】北大朱怀球团队在本研究中提出了一种新的计算方法 DeePhage,它可以直接快速地将每个读长或重叠群判断为有毒或温和的噬菌体衍生片段,特别是用于宏基因组学分析,通过直接检测来自宏基因组和宏病毒组的温和病毒片段,该研究进一步提出了一种新策略来探索菌群中的噬菌体转化。检测这种转变的能力为人们提供了对人类疾病潜在治疗方法的新见解。DeePhage 可通过 http://cqb.pku.edu.cn/ZhuLab/DeePhage 或https://github.com/shufangwu/DeePhage 免费获得。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
DeePhage: distinguishing virulent and temperate phage-derived sequences in metavirome data with a deep learning approach
2021-09-08, doi:10.1093/gigascience/giab056
两位中国院士分别突破,动物菌群研究登上Microbiome
本期话题:土壤动物,大熊猫,类黄酮,鱼,鸟类,猪,牛,遗传-菌群互作,工程菌,TMAO,NO
2021-09-29
中国团队多点开花:6文一览近期进展
本期话题:IBD,巨噬细胞,粪便滤液,新冠,肠干细胞,造血干细胞,B细胞,环境污染物
2021-09-28
中国力量:中山大学接连发表食管癌和大肠癌突破
本期话题:免疫治疗,DNA甲基化,WEE1抑制剂,KRAS/BRAF突变,DNA修复通路,Tetraspanin 6,AIM2,微生物组
2021-09-27
少吃点如何助长寿?近百分综述强力阐述
本期话题:饮食限制,长寿,瓜尔胶,膳食纤维,多酚,果汁,糖,膳食脂肪,膳食碳水化合物,大豆坚果
2021-09-26
钙卫蛋白有什么功能? GUT综述“一网打尽”
钙卫蛋白,IBD,人工智能,蛋白质组,多重图像分析,E-NTPD8,粪菌移植,饮食干预,数据库,药物研发,蚊媒疾病
2021-09-25
如何在胃肠道更好给药?顶刊报道2项重量级突破
本期话题:药物递送系统,遗传-饮食互作,饮食-菌群互作,关节炎,葡萄膜炎,LPS,益生菌涂层
2021-09-24
危重病人吃益生菌?JAMA:恐怕无效甚至促感染
本期话题:益生菌,ICU,味精,肠肝轴,熊果酸,自身免疫病,心血管,花生,海藻糖,乳清蛋白
2021-09-23
Nature子刊报道调血糖/战肥胖全新思路:靶向肠系膜
本期话题:肠系膜,琥珀酸,间歇性禁食,NAFLD,SCFA,糖尿病,超加工食品,骨骼肌,农业
2021-09-22
肠道奇谈:寄生虫治肠炎,菌群免疫齐相助
本期话题:新冠肺炎,肠屏障功能,结肠炎,神经退行性疾病,紫檀芪,益生菌,昆虫,谷子面粉,蠕虫
2021-09-21
肠道菌群如何影响肌肉健康?迄今最详尽综述来了
本期话题:肌肉,益生菌,水产品,大肠癌,肝转移,脂肪肝,TMAO,阿尔茨海默病
2021-09-20