溃结肠道生态系统的不同稳定状态

Gastroenterology [IF:22.682]
① 分析溃疡性结肠炎患儿治疗前及治疗期间的粪便钙卫蛋白浓度及16S rRNA数据;② 肠道菌群和宿主炎症状态(依据粪便钙卫蛋白浓度)均可分为4种状态,;③ 纵向队列研究表明炎症水平改善伴随菌群结构变化,但存在不同宿主炎症状态和菌群结构类型的组合,即肠道生态系统的替代状态;④ 治疗期间,肠道生态系统状态可进入到中间/过渡型的替代稳定状态,阻碍了生态系统恢复至更健康的状态,因此联合抗炎和菌群治疗应能取得更好效果。
【主编推荐语】肠道菌群与宿主的相互作用在健康与疾病中有重要作用。有假说认为,在健康和疾病下,肠道生态系统有着不同的稳定状态,需要采用相应的综合治疗策略来跨越不同状态间的阻碍,使肠道生态系统恢复到健康状态。Gastroenterology近期发表的研究,对400多名溃疡性结肠炎患儿的肠道菌群和肠道炎症状态进行纵向分析,鉴定出在疾病状态和治疗过程中肠道生态系统的多种替代稳定状态,为靶向炎症和菌群的联合治疗策略提供了新的理论依据。(@mildbreeze)
Dynamic properties of the intestinal ecosystem call for combination therapies, targeting inflammation and microbiota, in ulcerative colitis
2021-09-08, doi:10.1053/j.gastro.2021.08.057

功能宏组学为长读长和短读长的组装提供重要见解

Briefings in Bioinformatics [IF:11.622]
① 四种不同复杂性宏基因组组装方法(SR、LR 和 HY)不仅在整体组装性能上有显著差异,而且在推断的功能潜力上也有显著差异;② 测序和组装方法影响基因和蛋白质推断,展示了不同的组装方法如何影响基因和蛋白质推断,这与下游功能分析特别相关;③ 宏组学使宏基因组重建的关键评估成为可能;④ 独立于参考的解决方案,利用二代和三代测序方法的协同作用,从而改善宏组学数据的整合。
【主编推荐语】本研究中,作者评估了四种不同复杂性的宏基因组样本的仅有短读长、仅有长读长和混合组装的方法,揭示了组装方法对从低多样性到高多样性的样品,从模拟群落到人类粪便和瘤胃宏基因组的预测基因和蛋白质的影响。作者提出了一种与参考无关的解决方案,该解决方案利用多组学数据集成的协同效应,使用长读长测序数据对菌群进行原位研究。本研究的发现为宏基因组重建的关键评估铺平了道路。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Functional meta-omics provide critical insights into long- and short-read assemblies
2021-08-27, doi:10.1093/bib/bbab330

Nature子刊:古菌基因组的标准化物种分类方法

Nature Microbiology [IF:17.745]
① 提出了一种标准化的古菌分类法,其源自 122 个连接的蛋白质系统发育,该系统发育可解决多系群并根据相对进化差异对等级进行标准化;② 该分类法基于 2,392 个古菌基因组,其中 93.3% 需要对其现有分类法进行一次或多次更改,这主要是由于分类不完整;③ 确定了 16 个古细菌门,并从之前的 Euryarchaeota 和一个门中重新分类了 3 个主要的单系单元,该门将 Thaumarchaeota-Aigarchaeota-Crenarchaeota-Korarchaeota超门合并为一个单一门。
【主编推荐语】本研究提出了古细菌域(发布 R04-RS89)的基因组分类数据库 GTDB(GTDB; gtdb.ecogenomic.org)分类法,包括来自培养和未培养生物的 2,392 个基因组。该分类学版本限定了 16 个门,包括来自 Euryarchaeota 主要单系单元的 3 个门和由 Thaumarchaeota–Aigarchaeota–Crenarchaeota–Korarchaeota(TACK)超门合并产生的一个门。古菌分类法可在 GTDB 网站 (https://gtdb.ecogenomic.org/) 上公开获得,作者通过在线论坛 (https://forum.gtdb.ecogenomic.org) 邀请社区参与和对分类法问题的反馈。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
A standardized archaeal taxonomy for the Genome Taxonomy Database
2021-06-21, doi:10.1038/s41564-021-00918-8
延伸阅读: 【宏基因组】
为了健康,世界都在拼:国家推动减糖,超市改变货架
本期话题:减糖,超市陈列,坚果,骨折,原发性胆汁性胆管炎,胆汁酸,艰难梭菌,口腔菌群,膳食纤维,中性粒细胞减少症
2021-09-13
验血测肠癌!中国突破接连登上胃肠顶刊
本期话题:ctDNA甲基化,ctDNA,内镜筛查,肾细胞癌转移,肿瘤菌群,瞬时性细菌感染,梭杆菌,同源重组,岩藻多糖
2021-09-12
食道微生物,下一个热点?Cell子刊:小心"坑"!
本期话题:食管菌群,生物钟,肥胖,慢性肾病,抗生素耐药基因,NAFLD,肠-脑轴,芳香烃受体,地中海饮食,低FODMAP饮食,IBS,胆汁酸
2021-09-11
24.5万人跟踪:酱油也危险,超加工食品促"绿色癌症"
本期话题:超加工食品,IBD,血栓,五谷虫,膳食纤维,膳食脂肪,高蛋白饮食,牛油果,药物递送,IgA
2021-09-10
今日Nature:药没效果?可能是白白喂给肠道细菌"吃"了
本期话题:菌群-药物互作,抗生素,菌株水平分析,肠粘膜,IgA,Th17,抗体应答,胆汁酸,新冠
2021-09-09
王军军等最新Microbiome:绿茶多酚或能调肠菌治肠炎
本期话题:绿茶多酚,TMAO,心血管,四氢姜黄素,新冠,黄斑变性,益生菌,生信
2021-09-08
PNAS聚焦"宠物之忧":弓形虫或增肠炎风险
本期话题:IBD,寄生虫感染,IBD治疗药物,透明质酸,MAIT细胞,miRNA,胞外囊泡
2021-09-07
39分长综述细解:以菌群为中心,真能突破肿瘤免疫?
本期话题:菌群干预,肿瘤免疫,肿瘤早筛,孕期增重,肥胖,免疫治疗,抗生素,患者分层,饮食
2021-09-06
Nature Food:饮食的一小步,健康的一大步
本期话题:膳食改变,环境与人体健康,膳食-基因互作,食品安全、卡拉胶、LCCP、膳食模式、膳食脂肪、类黄酮、维生素B
2021-09-05
4文聚焦肝病:跟菌群多相干?
本期话题:肠肝轴,肝性脑病,病毒组,杨梅黄酮,AHR,维生素D,肠脑轴,农药,甜味剂,核桃
2021-09-04