蔺蓉:胶囊内镜与肠道信息采集

2021中国肠道大会 [IF:N/A]
① 胶囊内镜作为一种无创性检查则具有舒适安全、易于接受及可探及小肠等一系列优点;② 胶囊内镜允许操作员直接可视化观察胃肠道粘膜,可确定最佳采样部位,通过磁控到达目标位置,并通过外部采样命令灵活采样,十分可控和稳定;③ 胶囊内镜可主动抽吸收集特定区域的肠道菌群,通过对比胶囊内镜组与手术组在不同疾病模型中所获得的肠道微生物群,代谢图谱和KEGG通路均表明两种采样方式能获得相似的样品。
【主编推荐语】5月29日上午的中国菌群移植大会上,华中科技大学同济医学院附属协和医院教授蔺蓉发表演讲,指出胶囊内镜作为一种无创性检查则具有舒适安全、易于接受及可探及小肠等一系列优点,新型的磁控采样胶囊内镜,能以可视化的方式,无创、准确地获取胃肠道的生物信息,采集肠道内容物用于菌群和代谢组分析等。(@戴敏)
胶囊内镜与肠道信息采集

苏晓泉:菌群16S扩增子测序的功能校正算法Meta-Apo

2021中国肠道大会 [IF:N/A]
① 同一微生物样本基于16S扩增子与WGS产生的结果会因PCR扩增偏好性及基因组关联信息的差异而存在偏差;② Meta-Apo可极大地减少甚至消除这种偏差;③ 对来自4个身体部位超过5000例人体微生物组的16S 扩增子样本测试发现,Meta-Apo仅使用15个WGS: 16S扩增子配对样本进行训练,就可显著降低两种测序之间功能解析的差异;④ Meta-Apo还可在WGS和16S扩增子样品之间进行跨平台功能比较,极大地改善基于16S扩增子的菌群诊断。
【主编推荐语】5月29日上午的新技术大会上,青岛大学苏晓泉教授报告了菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo。利用Meta-Apo可以让低成本的16S扩增子测序产生与WGS相近的、可靠的、高分辨率的菌群功能图谱。Meta-Apo能够综合16S扩增子测序的较低成本和WGS的较高精确度两方面的优势,使大规模的菌群研究受益匪浅。对于之前和新兴菌群项目,借助Meta-Apo等新工具,16S扩增子的测序和分析策略将继续为菌群的功能研究做出贡献。作者在GitHub上提供了Meta-Apo优化的C ++实现(https://github.com/qibebt-bioinfo/ meta-apo)。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Meta-Apo:微生物组16S扩增子测序的功能校正算法

朱杰:人类口腔宏基因组组装的基因组集

2021中国肠道大会 [IF:N/A]
① 目前宏基因组数据大多集中在粪便样本上,而口腔宏基因组数据尚不足;② 使用3346个口腔宏基因组样本及已经发表的808个样本,组装成56214个宏基因组组装基因组(MAG),3589 个种水平基因组中有 64%尚未被公开发表;③ 由此产生的基因组集代表了世界各地的样本,其中包含许多来自不可单一培养的候选门级辐射类群 (CPR) 的基因组,能够以此发现新的分类群;④ 这些数据为未来研究人类口腔微生物组提供了可参考的基因组数据库。
【主编推荐语】目前口腔微生物库eHOMD中约750个分类单元,其中只有57%被正式命名。5月29日上午的新技术大会上,深圳华大生命科学研究院助理研究员朱杰发表演讲,在人类口腔开展了宏基因组分析,基于4000余个自有和公共样本,组装成5万余个宏基因组基因组,按95%去冗余获得3589个种水平基因组,绝大多数为本领域新发现的种类。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Human oral metagenome assembly
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2021-05-20
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