LoopSeq:合成长读长的超准确微生物扩增子测序

Microbiome [IF:11.607]
① LoopSeq 读长足够长且准确,可以直接从复杂样本中识别微生物基因和物种;② 全长 LoopSeq 读长的每碱基错误率为 0.005%,超过了其他长读长测序技术报告的准确度;③ 18S-ITS和真菌和细菌分离物的基因组测序证实,LoopSeq测序保持了读长高达6kb长度的准确性;④ LoopSeq 与标准 Illumina 扩增子测序相比,在长度和准确性方面数量级的提高,使得从复杂到低生物量菌群样品的精确物种水平和菌株鉴定成为可能。
【主编推荐语】长读长测序提供了识别更广泛的物种和区分种内菌株的潜力,但在复杂的宏基因组中获得足够的准确性仍然具有挑战。本文展示了如何使用短读长测序仪生成长度和准确性相结合的微生物DNA读长的方法LoopSeq。作者描述并分析验证 LoopSeq,这是一种商用的合成长读长(SLR)测序技术,其利用了已经广泛可用的短读长测序仪,它可从标准短读长生成高度准确的长读长。使用标准短读长测序仪生成准确和菌群测序长读长的能力将加速高质量微生物序列数据库的构建,并消除精确微生物基因组学道路上的一个重大障碍。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Ultra-accurate microbial amplicon sequencing with synthetic long reads
2021-06-05, doi:10.1186/s40168-021-01072-3

GutSMASH:自动识别肠道菌群中的主要代谢基因簇的网站

Nucleic Acids Research [IF:11.501]
① Gutsmash网络服务器在以用户友好的使用方式下挖掘厌氧细菌基因组的初级代谢基因簇 (MGC) ;② gutSMASH能够预测已知的 MGC,还能够预测对人类(或动物)健康具有重要意义的新分子基因簇及与能量获取相关的基因簇;③ 使用两个自定义数据库(KnownClusterBlast 和 ClusterBlast)执行比较基因组分析,以评估预测 MGC 的新颖性、评估其分类分布并识别结构变体;④ 将 MGC 基因注释为功能类别,并用特定颜色突出显示这些类别。
【主编推荐语】人类菌群中厌氧细菌衍生的初级代谢物很重要,但不存在预测负责其产生的基因簇的工具。为此,本文推出了gutSMASH。GutSMASH 可以预测 41 种不同的已知途径,包括涉及生物能量学的初级代谢基因簇 (MGC)。为了使该工具更加用户友好和易于访问,作者开发了gutSMASH网络服务器,网址https://gutsmash.bioinformatics.nl/。用户可以输入 GenBank 程序集登录名或上传 FASTA 或 GenBank 格式的基因组文件。或者,用户可以启用其他分析,以进一步了解预测的MGC。交互式 HTML 输出提供了一种用户友好的方式来浏览功能基因注释和与参考基因簇以及其他基因组中预测的基因簇的序列比较。因此,该网络服务器提供了一个简化且用户友好的界面,以分析肠道菌群的代谢潜力。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
The gutSMASH web server: automated identification of primary metabolic gene clusters from the gut microbiota
2021-05-21, doi:10.1093/nar/gkab353
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本期话题:大肠癌,Apc突变,肠干细胞,肠癌筛查,耐药性,KMT2A,半乳凝素-1,胰腺癌,乳腺癌
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今日Cell:14周胎儿带菌,或参与免疫发育!
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5月,最值得看的30篇肠道健康文献!
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