香港大学张彤 Nature子刊:基于组学的抗生素耐药基因风险评估框架

Nature Communications [IF:14.919]
① 依据抗生素耐药基因(ARGs)在人类相关环境的富集度、基因移动性和宿主致病性为主要因素开发了ARGs风险等级的评估框架,将ARGs分为四个风险等级;② ARGs广泛存在,与环境无关,仅有30%ARGs与抗生素使用相关;③ 3.6%的ARGs属于当前或未来威胁的高风险(一、二级)ARGs;④ 鉴定了73个一级ARGs,35个为已知高风险ARGs,另外新发现的38个ARGs具有显著的临床相关性;⑤ ARGs广泛存在于正常人的肠道菌群中,但仅有8.9%的基因组中包含高风险ARGs。
【主编推荐语】病原微生物的抗生素耐药性已经成为威胁人类健康的关键因素。抗生素耐药基因(ARGs)是微生物耐药的主要机制,ARGs广泛存在于自然界中,然而并不是所有的ARGs都会威胁公共健康。因此,如何有效识别和评价潜在的高风险ARGs对于人类有针对性的开展主动预防具有重要的意义。近期国内香港大学张彤团队在Nature子刊,Nature Communications上发表了他课题组最新的研究成果,他们基于组学的信息成功开发一套崭新的ARGs评估框架,该框架以抗性基因是否高度集中于与人类相关的环境中、在微生物种间的可转移性,以及在宿主(人类)内的可致病性为主要因素,将ARGs按照风险程度分成了四个级别,系统地评估了ARGs对人类所构成的风险。(@Zhonghua)
An omics-based framework for assessing the health risk of antimicrobial resistance genes
2021-08-06, doi:10.1038/s41467-021-25096-3

人体肠道菌如何转化胆汁酸?

mSystems [IF:6.496]
① 评估72株人类肠道细菌,表明不同菌株转化初级胆汁酸(胆酸、鹅脱氧胆酸)和次级胆汁酸(脱氧胆酸)的效率不同;② 表现出3a-、7a-或12a-羟基类固醇脱氢酶(HSD)相对活性和特异性的胆汁酸转化菌,分别有25株、38株、12株;③ 其中7a-去羟基化活性分布在多个细菌属,同时也发现了C-6和C-7的羟基转化;④ 结合初级和次级胆汁酸的氨基酸在肠道微生物中广泛存在,同时发现了44种新的微生物共轭胆汁酸。
【主编推荐语】肠道细菌通过化学修饰宿主合成的初级胆汁酸,即次级胆汁酸,可作为信号分子,调节宿主的脂质、葡萄糖和能量代谢,并通过选择性抗菌特性影响肠道微生物组成。然而,目前还不足以预测某一特定微生物如何影响胆汁酸代谢,从而影响宿主生理。mSystems最近发表的文章,对人体肠道中常见的72种细菌的胆汁酸转化能力进行了系统的体外研究。结果发现肠道细菌具有广泛的转化和结合胆汁酸的能力,同时也确定了新的结合次级胆汁酸。本研究结果或可有助于更好地了解肠道微生物群是如何影响胆汁酸池的。(@nana)
Dominant Bacterial Phyla from the Human Gut Show Widespread Ability To Transform and Conjugate Bile Acids
2021-08-31, doi:10.1128/mSystems.00805-21
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