Nature子刊:如何撰写人类微生物组研究论文?最新指南来了(专家共识)

Nature Medicine [IF:53.44]
① 一个多学科专家组制定了STORMS检查表,以指导如何简明、完整地报告人类微生物组研究;② 检查表分为6部分(摘要、引言、方法、结果、讨论和其他信息)、17大项;③ 方法部分是重点,涉及参与者(研究人群,建议提供分析样本量流程图)、实验室方法、数据源、关于因果推断的研究设计考虑、生物信息学和统计学方法、可重复性研究等方面;④ 结果部分主要关注对研究人群的描述性数据和微生物组结果数据(如分类单元、差异丰度分析等)。
【主编推荐语】人类微生物组研究具有特别的跨学科性质,涉及流行病学、生物学、生物信息学、转化医学和统计学等多个学科。其研究设计和结果报告具有挑战性,不能直接套用常用的观察性或遗传性流行病学研究的报告指南。因此,一个由微生物组流行病学研究人员组成的多学科小组,将观察和遗传研究的指南改编为适用于人类微生物组研究的报告指南,形成了一个称为“加强微生物组研究的组织和报告”(STORMS)的检查表工具,以指导人类微生物组研究的论文写作,促进稿件准备、同行评审、读者对发表论文的理解以及对已发表结果的比较分析。相关的专家共识声明文章已在Nature Medicine发表,并已被部分期刊采纳,可至https://stormsmicrobiome.org查看详情。(@mildbreeze)
Reporting guidelines for human microbiome research: the STORMS checklist
2021-11-17, doi:10.1038/s41591-021-01552-x

Nature Reviews:微生物组组装的优先效应(综述)

Nature Reviews Microbiology [IF:60.633]
① 微生物组装的优先效应机制包括生态位优先、生态位促进或抑制修饰,这影响到微生物群落的组成和稳定性;② 通过综合实验性方法、完全观测数据集方法、确定分类群及检测时间序列样品,可以在复杂微生物群落中直接测试和预测优先效应;③ 跨系统的共同原则认为优先效应不仅仅受到种群密度的影响,还取决于一系列空间和时间尺度的影响,而且微生物群落中经常出现分离和聚合现象;④ 但是,衡量微生物群优先效应仍面临着概念上和实际的挑战。
【主编推荐语】新物种在群落中的建立可能取决于它们到来的顺序和/或时间,这种现象被称为优先效应。优先效应可以影响微生物群的组成和功能,进而对宿主健康造成影响。在Nature Reviews Microbiology发表的这篇综述中,作者概述了优先效应的机制及其重要性,列举了动植物相关微生物群和环境微生物群的例子,介绍了检测微生物群落优先效应的方法,并讨论了跨系统的共同原则(包括生态进化动力学和时空尺度等)。(@mildbreeze)
Priority effects in microbiome assembly
2021-08-27, doi:10.1038/s41579-021-00604-w
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今日Nature双发:调免疫脆弱拟杆菌 & 促癌转移棕榈油
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2021-11-11
奇!深挖“皮-肠”轴:皮肤有炎症,为何肠炎也严重?
本期话题:肠-皮肤轴,小肠菌群,FMT,高尿酸血症,中药,心血管,糖尿病,双歧杆菌,肠道运输
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