翟冰等Nature子刊:肠道真菌群或可影响造血干细胞移植的临床结局

Nature Microbiology [IF:17.745]
① 收集156名进行造血干细胞移植的患者在治疗前和期间的1279份粪便样本,用测序和培养方法分析肠道真菌和细菌;② 肠道真菌的密度和多样性比较稳定,但其组成每天都有明显变化;③ 鉴定出发生真菌失调的一类患者,以近平滑念珠菌复合菌种的定植和扩张为特征,且粪便中可培养出活真菌;④ 这些患者有独特的细菌-真菌互作谱,细菌密度降低,与近平滑念珠菌共定植的主要是葡萄球菌属和链球菌属;⑤ 这些患者的总生存率较低,移植相关死亡率较高。
【主编推荐语】造血干细胞移植治疗可引起患者肠道菌群的扰动,此前有不少研究重点分析了该过程中肠道细菌的变化及其与患者临床结局的关系,但肠道真菌在其中的变化和作用尚不清楚。近期,中科院深圳先进院翟冰作为共同第一作者在Nature Microbiology发表研究,对进行造血干细胞移植的患者的肠道真菌和细菌组成的时序变化,进行了细致的分析,发现以近平滑念珠菌扩张为特征的肠道真菌群失调与患者治疗后较高的死亡率有关。该研究强调了关注肠道真菌群在造血干细胞移植治疗中的重要性,为改善患者预后提供了新的干预思路。(@mildbreeze)
Haematopoietic cell transplantation outcomes are linked to intestinal mycobiota dynamics and an expansion of Candida parapsilosis complex species
2021-11-11, doi:10.1038/s41564-021-00989-7

赵立平团队:“功能群”分析或是人类肠道菌群研究的突破口

Genome Medicine [IF:11.117]
① 肠道微生物组数据存在高维度和高稀疏性的特点,这使得鉴定出驱动疾病表型的微生物困难重重;② 目前基于分类单元和基于基因的菌群分析方法,能有效降低数据维度和稀疏性,但都存在缺陷;③ 比如:忽视了未知的细菌和基因,且由于同一分类单元内不同成员间可存在巨大的功能差异,而难以建立分类单元与疾病表型的联系;④ 应采用更具有生态相关性的分析方法,通过将微生物(菌株)聚集成“功能群”来识别与疾病有因果关系的候选肠道细菌。
【主编推荐语】肠道菌群研究为探索疾病机理打开了一扇新的大门,但目前这一领域的研究存在着难以找到真正的“致病”微生物等难题。罗格斯大学、上海交通大学的赵立平团队在Genome Medicine发表观点文章,讨论了目前常用的菌群分析方法中存在的缺陷,提出了更具有生态学意义的基于“功能群”的研究策略,并列举了两个实例,说明了如何将这种研究思路应用于宏基因组和16S测序的数据分析,值得专业人士关注。(@mildbreeze)
Guild-based analysis for understanding gut microbiome in human health and diseases
2021-02-09, doi:10.1186/s13073-021-00840-y

陈卫华+刘智+赵兴明:人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap

Nucleic Acids Research [IF:16.971]
① mBodyMap收集63148个来自136个项目的22个人体部位样本(与健康和56种疾病有关),含6247个物种和1645个属;② 数据库构建是为促进人类宏基因组数据可重用性和可获得性,有助于用户更好了解多部位菌群失调与疾病间的关系;③ 根据人类疾病和身体部位对样本分层,利于用户快速找到对疾病中感兴趣的菌群,实现跨数据集比较和可视化;④ 未来还会添加人体多部位新数据(宏基因组和病毒组),允许用户实现跨样本比较、差异分析和数学建模。
【主编推荐语】华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者,在Nucleic Acids Research发表文章,报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释,并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性,并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本,以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率,mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问:https://mbodymap.microbiome.cloud。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
mBodyMap: a curated database for microbes across human body and their associations with health and diseases
2021-10-28, doi:10.1093/nar/gkab973

国内团队:弓形虫与抗PD-L1协同促进肿瘤消退

Journal for ImmunoTherapy of Cancer [IF:13.751]
① 刚地弓形虫RH株敲除GRA17基因后无毒,将其瘤内注射能够抑制荷瘤小鼠肿瘤生长,增加瘤内淋巴细胞浸润,其抑制作用主要由分泌IFN-γ的CD8+T细胞介导;② 通过激活宿主系统免疫,并非自身系统性传播,从而抑制远端非注射部位肿瘤生长;③ 上调肿瘤细胞的PD-L1表达,增强免疫细胞抗原处理和T细胞功能;④ 与PD-L1抑制剂具有协同作用,共同触发靶向和远端肿瘤消退,延长小鼠生存;⑤ NK和CD8+T细胞,尤其是NK细胞,对联合治疗是必需的。
【主编推荐语】中国农业科学院兰州兽医研究所的朱兴全团队与宁波大学医学院的陈佳团队,近期与合作者在Journal for ImmunoTherapy of Cancer上发表文章,发现瘤内注射刚地弓形虫GRA17敲除株和anti-PD-L1协同作用显著延长黑色素瘤、LLC肺癌、结肠腺癌模型小鼠的生存,抑制肿瘤生长。这种抑制肿瘤生长的现象不仅发生在局部,也发生在远端肿瘤,这与刚地弓形虫激活宿主的天然免疫和适应性免疫有关,最终IFN-γ+ CD8+ T细胞介导了肿瘤的完全消退。(@章台柳)
Synergy between type I Δ immunotherapy and PD-L1 checkpoint inhibition triggers the regression of targeted and distal tumors
2021-11-01, doi:10.1136/jitc-2021-002970
延伸阅读: 【ScienceDaily】

国内团队:N6甲基腺苷阅读器IMP2或发挥促肠癌作用

Journal of Hematology and Oncology [IF:17.388]
① m6A阅读器蛋白IMP2与lncRNA ZFAS1有相互作用,且依赖于m6A修饰,随后在结直肠癌(CRC)增殖和进展过程中增加OLA1的招募、ATP的水解和糖酵解;② 在结直肠癌细胞和配对的结直肠癌队列(n=144)中,IMP2和ZFAS1显著过度表达,且m6A水平升高,这些指标或是预测大肠癌预后的独立生物标志物;③ IMP2调节ZFAS1表达,增强结直肠癌细胞增殖、集落形成和凋亡抑制,具有促癌作用。
【主编推荐语】中国医科大学的魏敏杰、吴慧哲和中国医科大学附属第一医院的王振宁作为共同通讯作者,在Journal of Hematology and Oncology发表文章,发现在大肠癌中,ZFAS1在RGGAC/RRACH元件的+843腺苷位点发生m6A修饰,IMP2与其直接互作,促进ZFAS1的RNA稳定。稳定的ZFAS1识别OLA1的OBG型功能域,促进了ATP结合位点的暴露,增强了蛋白质活性,最终加速了ATP水解和Warburg效应。(@章台柳)
N6-methyladenosine reader IMP2 stabilizes the ZFAS1/OLA1 axis and activates the Warburg effect: implication in colorectal cancer
2021-11-07, doi:10.1186/s13045-021-01204-0

徐州医科大学:缺乏纤维的饮食可通过肠脑轴损伤大脑功能

Microbiome [IF:14.65]
① 长期缺乏膳食纤维(FD)使小鼠出现认知损伤,伴随海马突触超微结构受损;② FD小鼠存在CaMKIId及其相关突触蛋白(包括GAP43和SV2C)的缺陷,伴有神经炎症和小胶质细胞对突触的吞噬;③ FD小鼠存在肠道菌群失调(拟杆菌减少、变形菌增多),与认知缺陷显著相关,且菌群失调先于认知损伤;④ FD削弱了小鼠的肠道屏障、使黏液层变薄,并减少了SCFA生成,SCFA的减少促进了认知障碍的发生。
【主编推荐语】饮食健康与大脑的认知功能关系密切。​长期缺乏膳食纤维是否能通过肠-脑轴来损害认知和大脑功能?徐州医科大学于英华、黄旭峰和郑葵阳作为共同通讯作者,近期在Microbiome发表研究,对这一问题进行了回答。该研究首次报道了缺乏纤维的饮食能通过改变肠道菌群-海马轴导致小鼠认知障碍,这在病理学上不同于正常的大脑衰老。这些发现提示,要注意缺乏膳食纤维对大脑功能的不利影响,增加纤维摄入或能帮助降低与饮食有关的认知衰退和神经退行性疾病风险。(@mildbreeze)
A fiber-deprived diet causes cognitive impairment and hippocampal microglia-mediated synaptic loss through the gut microbiota and metabolites
2021-11-11, doi:10.1186/s40168-021-01172-0
临床营养多重要?Lancet子刊详述排除膳食缓解IBD
本期话题:克罗恩病排除膳食,膳食蛋白质,糖尿病,素食,植物性膳食,认知功能,补钙,蜂胶,鱼
2021-11-14
聚焦人工智能:中南大学获肠癌识别重要突破
本期话题:机器学习,肿瘤早筛,结肠镜筛查,他汀类药物,免疫检查点治疗,丝氨酸代谢,小肠神经内分泌肿瘤
2021-11-13
今日Cell:肠道菌群只是自闭症的“果”而非“因”?
本期话题:饮食-菌群互作,自闭症,乳化剂,磷酸钙,益生元,锌,IBS,肠脑轴,肠炎,海草,腹部脂肪
2021-11-12
今日Nature双发:调免疫脆弱拟杆菌 & 促癌转移棕榈油
本期话题:菌群代谢物,免疫调控,膳食棕榈酸,癌症转移,肠脑轴,IBS,IBD,抑郁,阿尔茨海默,肠上皮细胞
2021-11-11
奇!深挖“皮-肠”轴:皮肤有炎症,为何肠炎也严重?
本期话题:肠-皮肤轴,小肠菌群,FMT,高尿酸血症,中药,心血管,糖尿病,双歧杆菌,肠道运输
2021-11-10
疫苗研发不给力?Cell子刊:实验鼠菌群不够接地气
本期话题:菌群-免疫互作,疫苗,寄生虫,克罗恩病,致病菌感染,血管活性肠肽,饮食-免疫互作,肠道屏障,消化不良,粪菌移植
2021-11-09
中山大学接连突破,大肠癌治疗与检测均获重要进展
本期话题:胃食管反流病,特瑞普利单抗,肿瘤相关巨噬细胞,抗生素,具核梭杆菌,高脂饮食,CR,深度学习,主要组织相容性复合物
2021-11-08
以食为药,抗癌抗衰?9文一览营养学近期重要进展
本期话题:模拟禁食饮食,全谷物,膳食纤维,肝病,饮酒,咖啡,生酮,自闭症,农药残留,塑化剂污染
2021-11-07
9文聚焦口腔菌群:全角度影响疾病与健康
本期话题:口腔菌群,古人,牙周病,炎症,肠癌放疗,克罗恩病,胃癌,慢性红斑型念珠菌病,龋齿,纳米药物
2021-11-06
今日Science:寄生虫感染,肠屏障失守,“英雄蛋白”出手!
本期话题:抗菌蛋白,精准营养,化疗,抗生素,酒精性肝病,大骨节病,脑瘤,乳腺癌,细菌疗法
2021-11-05