刘洋彧等Nature子刊:利用MAGs剖析人类肠道菌群在新冠中的作用

Nature Communications [IF:17.694]
① 纳入6个独立队列514个新冠肺炎相关的鼻咽和粪便样本,恢复11584个宏基因组组装基因组(MAG),去冗余获得5403个MAG,代表872个种;② 新冠肺炎患者肠道菌群中许多物种的菌株丰富度显著降低;③ 利用非冗余MAG可准确区分新冠肺炎病例和健康个体,并预测新冠肺炎的进展;④ 新冠肺炎中促发性MAG(Enterocloster bolteae等)与保护性MAG(Blautia_A obeum等)的功能通路不同;⑤ 促发性MAG的戊糖磷酸途径更完整,这些结果在3个独立队列中可验证。
【主编推荐语】新冠病毒已席卷全球,目前还缺乏有效的防治措施,患者常伴有胃肠道症状。近日,哈佛大学医学院刘洋彧及团队发表在Nature Communications的最新研究,纳入六个独立队列共514个新冠肺炎相关的鼻咽和粪便样本,通过重建宏基因组组装基因组(MAGs)探究人类肠道菌群在新冠中的作用,获得了11584个MAGs。发现新冠患者多种物种的菌株丰富度显著降低,相关代谢途径和健康个体也不同,值得关注。(@九卿臣)
Dissecting the role of the human microbiome in COVID-19 via metagenome-assembled genomes
2022-09-06, doi:10.1038/s41467-022-32991-w
延伸阅读: 【宏基因组】

华西第二医院Nature子刊:人类生命早期肠道微生物组基因集+3.2万个MAG

Nature Communications [IF:17.694]
① 纳入多个国家的6122个3岁以下儿童的宏基因组样品,重建了生命早期肠道基因组目录(ELGG),含32277个MAGs,代表2172个物种;② 超80%生命早期肠道宏基因组序列可在ELGG中检测到,显著增加了38%的系统发育多样性,超60%ELGG物种缺乏代表分离株;③ 相比成人,儿童中多数优势物种的同种基因组在基因多样性和功能上存在差异;④ ELGG中基因组编码超8000万个蛋白质序列,构成了超400万个蛋白质簇的早期肠道蛋白质目录,其中29.5%缺乏功能注释。
【主编推荐语】人类肠道微生物组的年龄特异性参考基因组可以为宏基因组分析提供更高的分辨率,有利于改善分类学分类、菌株水平的基因组研究和功能表征。近日,四川大学华西第二医院王少璞及团队在Nature Communications发表最新研究,纳入6122个3岁以下儿童的宏基因组样品,重建了生命早期肠道基因组目录,含32277个MAGs,代表2172个物种,极大地扩展了人类生命早期肠道基因组目录,为人类早期肠道菌群的研究提供了新的视角,值得相关人员关注。(@九卿臣)
A compendium of 32,277 metagenome-assembled genomes and over 80 million genes from the early-life human gut microbiome
2022-09-01, doi:10.1038/s41467-022-32805-z

浙大团队:智能手机表面的微生态

Microbiology spectrum [IF:9.043]
① 调查智能手机表面(SS)及用户惯用手(DH)和非惯用手(NH)菌群特征;② 三者以放线菌门、变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为主;③ 相比手部菌群,SS菌群系统发育多样性显著下降,群落组装的确定性过程较强,且与NH菌群相似性高于DH菌群;④ 使用SS菌群识别机主的准确率达70.6%;⑤ 单个SS上平均存在175万个细菌,且代谢活动至少保持48小时;⑥ 扫描电镜观察到SS上疑似生活在人类细胞碎片和食物残渣上的微生物;⑦ 简单的手机清洁可显著减少细菌载量。
【主编推荐语】智能手机现在是最常用的个人物品之一,其使用率和接触频率都达到了前所未有的高度。因此智能手机上的微生物群落特征可能与使用者的手部微生物群落具有高度相似性。然而,对于惯用手和非惯用手与智能手机之间的关系的理解仍然十分有限。此外,人们对智能手机上微生物群落的组装过程知之甚少。来自浙江大学动物科学学院的邵勇奇教授团队在Microbiology Spectrum上发表了一项关于智能手机表面的细菌群落特征的研究,扩展了我们对智能手机表面微生物生态的理解,可能有助于制定电子设备清洁/卫生指南,以支持公共健康。(@EADGBE)
Smartphones as an Ecological Niche of Microorganisms: Microbial Activities, Assembly, and Opportunistic Pathogens
2022-08-30, doi:10.1128/spectrum.01508-22

国内团队:人类肠道富集高致病性肺炎克雷伯菌

Gut Microbes [IF:9.434]
① 收集全球667个人类肠道肺炎克雷伯菌(Kp)的宏基因组组装基因组(MAGs),发现大多数高毒力肺炎克雷伯菌(hvKp)基因组来自中国数据集;② 从中国七个省份154份健康人粪便中收集并分离肠道Kp,显示健康人群中发现hvKp携带率适中(4%-5.19%),且都存在高毒性克隆STs;③ 对全球肠道Kp数据库中的22个hv/MDR Kp MAG、95个中国人肠道Kp分离株和NCBI中11568个Kp基因组进行系统发育分析,表明肠道hvKp与致命临床菌株间存在密切关系。
【主编推荐语】越来越多的临床报道高毒力肺炎克雷伯菌(hvKp)可引起严重感染,然而关于hvKp在人体肠道中的定植与分布未知。近日中国科学院北京微生物研究所冯婕团队联合中国疾病预防控制中心徐建国团队在Gut Microbes发表文章,收集了全球人类肠道肺炎克雷伯菌基因组,并基于遗传注释描述hvKp 的分布,发现人类肠道作为hvKp的储存库发挥作用,并且与临床感染具有显著关联。(@圆圈儿)
The human gut serves as a reservoir of hypervirulent Klebsiella pneumoniae
2022-08-24, doi:10.1080/19490976.2022.2114739

肠道菌群与乳腺组织肥大细胞互作促进了乳腺癌扩散

Cancer Immunology Research [IF:12.02]
① 建立激素受体阳性(HR+)乳腺癌小鼠模型,移植肿瘤前用抗生素破坏菌群稳态;② 正常乳腺非肿瘤组织中,菌群失调会增加肥大细胞积累,移植肿瘤后仍持续存在,通过PDGF信号激活成纤维细胞;③ 移植失调菌群也会增加肥大细胞数量,其活化促进了HR+肿瘤细胞扩散,并在响应菌群失调和肿瘤发生前转变为促转移表型;④ CCL2-CCR2信号是菌群失调诱导的肥大细胞积累和肿瘤扩散所必需的;⑤ 癌旁组织胶原蛋白水平增加与肥大细胞丰度及HR+肿瘤复发正相关。
【主编推荐语】激素受体阳性(HR+)乳腺癌是乳腺肿瘤中一种常见的类型,常用化疗与内分泌治疗干预,先前研究发现,肠道菌群失调和乳腺癌有关。近日,美国弗吉尼亚大学研究人员近日在Cancer Immunology Research发表最新研究,构建HR+乳腺癌小鼠模型,移植肿瘤前用抗生素破坏菌群稳态,发现菌群失调或移植失调菌群都会增加肥大细胞数量,其活化促进了HR+肿瘤细胞扩散。总之,该研究为未来针对肥大细胞干预HR+乳腺癌提供了新的靶点,值得关注。(@九卿臣)
Reciprocal interactions between the gut microbiome and mammary tissue mast cells promote metastatic dissemination of HR+ breast tumors
2022-08-30, doi:10.1158/2326-6066.CIR-21-1120
延伸阅读: 【Medical Xpress】

两岸团队携手突破:人工智能辅助评估结肠镜检查前的肠道准备

American Journal of Gastroenterology [IF:12.045]
① 纳入1434名接受结肠镜检查的患者,730名使用AI-CNN模型对肠道准备质量进行评估,704名作为对照组进行例行评估;② 基于波士顿肠道准备量表(BBPS)评分,两组之间对肠道准备质量的评估结果(“通过”或“不通过”)无显著差异;③ 在AI-CNN模型组中,评估结果为“通过”的患者的BBPS评分显著高于对照组,提示AI-CNN模型可进一步提升肠道准备充分患者的肠道准备质量。
【主编推荐语】充分的肠道准备是结肠镜检查成功的关键。南方医科大学深圳医院的龚伟、夏瑰丽与厦门大学附属中山医院的许鸿志作为通讯作者,厦门长庚医院吕元博作为第一作者,携手台湾省长庚纪念医院团队,在American Journal of Gastroenterology上发表的一项随机单盲对照试验结果,开发了一种新型人工智能卷积神经网络(AI-CNN)模型,相比于例行评估,AI-CNN模型对肠道准备质量的评估结果类似。(@aluba)
A Novel Convolutional Neural Network Model as an Alternative Approach to Bowel Preparation Evaluation Before Colonoscopy in the COVID-19 Era: A Multicenter, Single-Blinded, Randomized Study
2022-07-04, doi:10.14309/ajg.0000000000001900
今日Nature五连发:肠菌与免疫+肠脑多点突破
本期话题:免疫耐受,Treg,抗原呈递细胞,胰蛋白酶,肠脑轴,分泌型抗体,衰老,演化,微生物源脂质
2022-09-08
今日Cell:超复杂合成菌群,为肠道菌群研究再添新利器
本期话题:合成菌群,食物消化,器官移植,胆汁酸,肠屏障,脂肪肝病,抗衰老,骨质疏松
2022-09-07
免疫细胞迁移:肠道如何成为炎症性疾病的“核心”?
本期话题:免疫细胞迁移,乳糜泻,扁桃体菌群,肠道超声,IBD,钙卫蛋白,NSAID,菌群-免疫互作
2022-09-06
人工智能+传统病理分期,助力大肠癌治疗决策
本期话题:人工智能预测分期,图像分析,具核梭杆菌,种族,筛查,持久性细胞,胆汁酸,上皮细胞,禁食
2022-09-05
茶的益处再添新证!追踪50万人,每天2杯茶可降低早死风险
本期话题:茶,癌症,饮酒,临床营养,植物性饮食,帕金森病,衰老,北欧饮食,蛋白质,维生素E,豆类
2022-09-04
菌群/营养/代谢,多视角聚焦糖尿病和肥胖
本期话题:糖尿病,肥胖,铁稳态,个体化治疗,饮食干预,减肥手术,益生菌,益生元,鞭毛蛋白,FMT
2022-09-03
今日Cell:肠菌也“挑食”?新方法深入解析
本期话题:饮食-菌群-宿主互作,IBD,微流控单细胞技术,多组学,益生菌,新冠,番茄
2022-09-02
8月,最值得看的30篇肠道健康文献!
2022年8月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2022-09-01
Cell重磅:“垃圾食品”扰乱菌群-免疫互作,让肠道更吸油
本期话题:Th17,肺菌群,嗜酸性粒细胞,IBD,银屑病,微生物生态学,病毒感染,益生菌
2022-08-31
31分Nature子刊:免疫细胞维护肠屏障的新招数
本期话题:ILC3,新冠,IBS,药物递送,IBD,疫苗,胰腺炎,2型免疫应答,嗜酸性食管炎
2022-08-30