苏晓泉团队开发菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo
热心肠小伙伴们 2021-03-24
来自青岛大学苏晓泉团队开发了Meta-Apo(Metagenomic Apochromat),这是一种菌群16S扩增子测序的功能校正算法,可以极大地减少甚至消除由于PCR扩增偏好性以及16S rRNA基因-全基因组关联信息的差异从而导致的同一微生物组样本基于16S扩增子的功能谱与WGS产生的结果之间存在偏差,使两种方法得出结论更加一致。

近期,来自青岛大学苏晓泉团队开发了Meta-Apo(Metagenomic Apochromat),这是一种菌群16S扩增子测序的功能校正算法,可以极大地减少甚至消除由于PCR扩增偏好性以及16S rRNA基因-全基因组关联信息的差异从而导致的同一微生物组样本基于16S扩增子的功能谱与WGS产生的结果之间存在偏差,使两种方法得出结论更加一致。另外,Meta-Apo还可以在WGS和16S扩增子样品之间进行跨平台功能比较,可以极大的改善基于16S扩增子的菌群诊断。总而言之,利用Meta-Apo,可以让低成本的16S扩增子测序产生与WGS相近的、可靠的、高分辨率的菌群功能图谱。对于之前和新兴微生物组项目,借助Meta-Apo等新工具,16S扩增子的测序和分析策略将继续为菌群功能研究做贡献。

专家简介
苏晓泉
青岛大学计算机科学技术学院教授
苏晓泉,博士,教授,博士生导师。泰山学者青年专家,山东青创人才引育团队带头人,CCF高级会员,国家留学基金公派访问学者,青岛大学特聘教授。研究方向为生物信息学与大数据科学,已在该领域内mBio、mSystems、Bioinformatics、Adv. Intell. Syst.等期刊发表学术论文50余篇,主持国家自然科学基金面上/青年项目、国家重点研发计划任务、山东省自然基金重大基础项目、中科院重点部署项目子课题等,相关成果获得10项软件著作权。主持开发的“微生物组搜索引擎”(mse.ac.cn),入选“中国生物医药技术十大进展”,并被新华社、科技日报、AsianScientist等国内外媒体报道评价为“A Google For Microbiome Research”。
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