① 招募含735名上呼吸道症状的门诊患者，使用多重RT-PCR确定349名参与者的感染性病毒类型，并通过高通量测序解析其上呼吸道微生物组特征；② 甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒和人鼻病毒感染形成的口咽菌群表现出三种不同的生态失调模式，Veillonella在所有呼吸道病毒感染组中均显著富集；③ 流感病毒感染后，呼吸道病原菌预测生长速度增加，而共生菌如婴儿链球菌和缓症链球菌，可能对这些病原菌的过度生长起到定植抗性作用。

① 纳入67名肺癌患者、32名健康人，研究唾液、口咽、鼻腔的菌群对肺菌群的塑造作用；② 口腔和鼻腔菌群是肺菌群的重要来源，但对肺菌群的贡献度有较大个体差异，可划分2种肺菌群类型（肺型）：HOIT（高口腔输入型，富集口腔菌）和LOIT（低口腔输入型，富集鼻腔菌）；③ 肺型与群落组装和功能、微生物互作模式及临床参数存在关联，HOIT肺菌群有更高的抗生素抗性和毒力基因、较低的微生物网络稳健性、较差的肺功能、较高的促炎细胞因子水平；④ 肺型的部分特点可通过口腔菌群指示，体现了人体共生菌群的协同变化特征。

① 纳入不同食物、不同年龄采集的28份光滑双脐螺肠道样品，利用分箱技术获得84个MAGs，代表9个门和38个科，其中65个和14个MAGs注释到属和种；② 与陆生动物肠道优势门类（厚壁菌门和拟杆菌门）不同，光滑双脐螺以拟杆菌门和变形菌门为主；③ 光滑双脐螺肠道细菌中含多种参与淀粉、半纤维素和几丁质等多糖降解基因，还具有完整的反硝化通路，可将水体氨氮毒素转化为无毒害物质；④ 食物和年龄对光滑双脐螺的肠道菌群结构和碳氮代谢有显著影响。

① 纳入48名克罗恩病（CD）患者和16名非CD患者（对照），对肠系膜脂肪组织（mAT）进行多组学分析；② CD患者的mAT菌群与对照不同，且与mAT的宿主转录组和代谢组的变化相关，mAT中存在变形菌门细菌与CD进展相关；③ 在结肠炎模型小鼠中，共定植从CD mAT中分离出的5个菌株能加剧疾病，其中，A. pulmonis（Ap）可显著促炎，在加剧结肠炎中起主要作用；④ Ap可损伤小鼠肠道黏液层、移位至mAT，在CD患者的mAT和黏膜层中Ap水平也显著升高。

① 收集123例肺结核患者支气管肺泡灌洗液标本，进行宏基因组测序，研究肺部微生物的特征；② 82%的肺结核患者呈细菌学检测阳性；③ 结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、Kluyveromyces lactis、Pyricularia pennisetigen在细菌学检测阳性组（BC）被富集，副流感嗜血杆菌在细菌学检测阴性组（BN）被富集；④ BN和BC组肺结核患者的微生物相互作用存在差异，如BC组微生物间相互作用降低；⑤ 结核分枝杆菌丰度与白蛋白水平、胸腔等临床特征相关。

① 纳入37名流感病毒感染患者（25名感染H3N2、6名感染H1N1、6名感染乙型流感病毒），收集鼻拭子、咽拭子及血液样本；② 根据呼吸道菌群的基因表达谱可将患者分为2组，并鉴定出2组患者菌群组成、功能通路及抗生素耐药基因的差异；③ 部分细菌属与特定抗生素耐药基因的表达相关，例如链球菌属及莫拉克斯氏菌属与β-内酰胺耐药基因呈正相关，葡萄球菌属与四环素耐药基因呈负相关；④ 宿主对于流感病毒感染的应答与呼吸道菌群组成及基因表达相关。

① 收集215名感染了甲型流感病毒（H3N2）或乙型流感病毒的受试者的鼻咽样本，分析鼻咽菌群组成；② 感染流感病毒的类型与鼻咽菌群的组成显著相关；③ 是否接种过流感病毒疫苗也与鼻咽菌群组成相关，并受到感染流感病毒类型的影响；④ 在未接种过疫苗的老年感染者中，鼻咽菌群中7个分类群的丰度显著升高，其中狡诈菌属及葡萄球菌属与肺炎相关；⑤ 在健康人及感染者中共鉴定出4中不同的鼻咽菌群群落类型，健康人的群落类型集中分布于其中一种。